TkA02G454210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G454210

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 115671968-115673655 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1145 bp · TkA02G454210|TK1151|cDNA

GAAATTGCACACGTAATCACAAACCTGATCTCTTGCGACAGCAATCACACTAAAATAATGATCCGCGTGTCTCGGTAACGTTTTAACAAAATTCCTCCGGCACAAAATGTCTGCTATTAGAATCCATCCTCCTGCGACGGCGTTATCGGTATCTATCAAACACCTTACCTGCAACCCAAATACCCACCTCTTCACCACCAATTGTCGCAATTTAAAGCGTTCAGCCTTCAGAAGAAACCTAACCGTCTTCGCTATGTCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

795 bp · TkA02G454210|TK1151|CDS

ATGTCTGCTATTAGAATCCATCCTCCTGCGACGGCGTTATCGGTATCTATCAAACACCTTACCTGCAACCCAAATACCCACCTCTTCACCACCAATTGTCGCAATTTAAAGCGTTCAGCCTTCAGAAGAAACCTAACCGTCTTCGCTATGTCGTCCGACCCTCTCGAAGTCTGCGCCAAATCGTCTATCACCGTTCCCAATAGGCTCGGCGATTGCCCTTTTACGCAGAGAGTATTGCTGACTCTGGAGGAGAAGCATCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

264 aa · TkA02G454210|TK1151|PROTEIN

MSAIRIHPPATALSVSIKHLTCNPNTHLFTTNCRNLKRSAFRRNLTVFAMSSDPLEVCAKSSITVPNRLGDCPFTQRVLLTLEEKHLPYNLKLIDLGNKPEWFLSISPEGKVPVVKLDDKWIADSDVITKTVEEKFPEPPLSTPPEKSSVGSKIFSTYIGFLKSKDAGDGTEQALLNELSTFNDYLKENGPFINGKDISGADLSLGPKLYHMEIALGYYKKWSVPDSLPHLKTYMKTVFSLESFTKTMPLTEDVIEGWRP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G454210`
TK1151 ID	TkA02G454210
OH-1004 ID	LXL04_014034
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G454210

位置 Chr02:115671968-115673655 (-)

描述 Similar to DHAR2: Probable glutathione S-transferase DHAR2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g16710`	显示双重功能。	暂无已核实直接文献
`At1g19570`	显示双重功能。	A plant homolog of animal chloride intracellular channels (CLICs) generates an ion conductance in heterologous systems.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m607241200
`At1g75270`	显示双重功能。	Functional divergence in the glutathione transferase superfamily in plants. Identification of two classes with putative functions in redox homeostasis in Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m202919200 Cytosolic dehydroascorbate reductase is important for ozone tolerance in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1093/pcp/pci246

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0232600`	参与抗坏血酸稳态。	暂无已核实直接文献
`Os05g0116100`	参与抗坏血酸稳态。	Scavenging reactive oxygen species by rice dehydroascorbate reductase alleviates oxidative stresses in Escherichia coli.2008 · PMID: 19011360 Homologous expression of cytosolic dehydroascorbate reductase increases grain yield and biomass under paddy field conditions in transgenic rice (Oryza sativa L. japonica).2013 · DOI: 10.1007/s00425-013-1862-8 Structural understanding of the recycling of oxidized ascorbate by dehydroascorbate reductase (OsDHAR) from Oryza sativa L. japonica.2016 · DOI: 10.1038/srep19498

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014034 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0010193 response to ozone 生物过程

GO:0010731 protein glutathionylation 生物过程

GO:0019852 L-ascorbic acid metabolic process 生物过程

GO:0033355 ascorbate glutathione cycle 生物过程

GO:0034220 monoatomic ion transmembrane transport 生物过程

GO:0043903 regulation of biological process involved in symbiotic interaction 生物过程

GO:0070301 cellular response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0080151 positive regulation of salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19570

ath:AT1G75270

ath:AT5G16710

dosa:Os05g0116100

dosa:Os06g0232600

osa:4337622

osa:4340581

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.965

排名 1 · TkA02G454210 · TK1151

线粒体0.066

排名 2 · TkA02G454210 · TK1151

细胞质0.034

排名 3 · TkA02G454210 · TK1151

过氧化物酶体0.018

排名 4 · TkA02G454210 · TK1151

细胞核0.016

排名 5 · TkA02G454210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02798GST_N10-27 aa

PF22441CLIC-like_N67-137 aa

PF13417GST_N_371-140 aa

PF02798GST_N71-129 aa

PF13409GST_N_272-134 aa

PF17172GST_N_4105-140 aa

PF10568Tom37105-136 aa

PF00043GST_C164-242 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G454210	`PF02798`	GST_N	10	27	9.9e-08	32.9
TkA02G454210	`PF22441`	CLIC-like_N	67	137	5.2e-08	33.7
TkA02G454210	`PF13417`	GST_N_3	71	140	2.8e-18	66.7
TkA02G454210	`PF02798`	GST_N	71	129	9.9e-08	32.9
TkA02G454210	`PF13409`	GST_N_2	72	134	6.1e-18	65.9
TkA02G454210	`PF17172`	GST_N_4	105	140	0.00057	21.2
TkA02G454210	`PF10568`	Tom37	105	136	0.13	13.4
TkA02G454210	`PF00043`	GST_C	164	242	0.0017	19.3
TkA02G454210	`PF14497`	GST_C_3	171	242	0.0014	19.5
TkA02G454210	`PF13410`	GST_C_2	172	236	1.7e-05	25.6
TkA02G454210	`PF16865`	GST_C_5	187	237	0.11	13.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LE52`	拟南芥	sp\|Q8LE52\|DHAR3_ARATH Glutathione S-transferase DHAR3, chloroplastic	65.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FWR4`	拟南芥	sp\|Q9FWR4\|DHAR1_ARATH Glutathione S-transferase DHAR1, mitochondrial	59.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FRL8`	拟南芥	sp\|Q9FRL8\|DHAR2_ARATH Glutathione S-transferase DHAR2	59.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q67UK9`	水稻	sp\|Q67UK9\|DHAR2_ORYSJ Probable glutathione S-transferase DHAR2, chloroplastic	76.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q65XA0`	水稻	sp\|Q65XA0\|DHAR1_ORYSJ Probable glutathione S-transferase DHAR1, cytosolic	59.800%	Swiss-Prot	高置信

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