TkA02G453100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G453100

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 115329371-115333841 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3542 bp · TkA02G453100|TK1151|cDNA

ATAAAGTATAGATTAAAGAGTAGGCCCATAGTCGATAAAAAATTTCTTTCACCCAATAAAAATTTCAAACTCTTTTCATTTCCCGCTCCCCATTTCGAAAATCAGATTCGAGAAGAGAAAGAGAGAAAGCCACACAGATTTGCTTTCAGAAGCATCTACAATGGCTGTCGAAATTTCTGAAGAGAAGCTCTTGATGCAGAAGATAGCTAAGGTTTTTAACGACGCTCTAGCGTCTCGAGCATCTCACATCCGCAAGCTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

3093 bp · TkA02G453100|TK1151|CDS

ATGGCTGTCGAAATTTCTGAAGAGAAGCTCTTGATGCAGAAGATAGCTAAGGTTTTTAACGACGCTCTAGCGTCTCGAGCATCTCACATCCGCAAGCTTAAAGACCTTTCAGCTCTCCGTTCTTCGATTCCTATTGCTCAATTTTTCGACGCTTTCTCTAAAAACCTAATCCCCATCTTCAATACCCAGCGCCGTATCGCCTCTGTCGAACGGATGGTTCAATTTGTTGCTATTTTTGCCTGCCTACGCGATCCTAACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1030 aa · TkA02G453100|TK1151|PROTEIN

MAVEISEEKLLMQKIAKVFNDALASRASHIRKLKDLSALRSSIPIAQFFDAFSKNLIPIFNTQRRIASVERMVQFVAIFACLRDPNNSEDCDAFFEQFLRFLIVGTTAAGRTARFRACQIISEIIMRLPDDAEVSSELWDEVIDCIKVRVGDKAPVIRTYSIRALSRFANDAENSDILELFLQTLSSEQNPDVRKTILLSLPPSNETSTAIINCTLDVNESVRKAAYCVLASKFPLQSLSIKQRTIILQRGLADRSPAVT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G453100`
TK1151 ID	TkA02G453100
OH-1004 ID	LXL04_014058
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G453100`
位置	Chr02:115329371-115333841 (+)
描述	Similar to NCAPG: Condensin complex subunit 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_014058` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007076 mitotic chromosome condensation 生物过程 GO:0051301 cell division 生物过程 GO:0051984 positive regulation of chromosome segregation 生物过程 GO:1905820 positive regulation of chromosome separation 生物过程 GO:1905821 positive regulation of chromosome condensation 生物过程 GO:0000779 condensed chromosome, centromeric region 细胞组分 GO:0000793 condensed chromosome 细胞组分 GO:0000794 condensed nuclear chromosome 细胞组分 GO:0000796 condensin complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:64151 spo:2539121 xla:398088 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.930

排名 1 · TkA02G453100 · TK1151

细胞质0.140

排名 2 · TkA02G453100 · TK1151

细胞膜0.021

排名 3 · TkA02G453100 · TK1151

线粒体0.013

排名 4 · TkA02G453100 · TK1151

内质网0.012

排名 5 · TkA02G453100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05338DUF71742-72 aa

PF05338DUF71789-115 aa

PF12719Cnd3110-197 aa

PF25786HEAT_GCN1_C120-208 aa

PF01602Adaptin_N132-201 aa

PF12717Cnd1137-218 aa

PF02985HEAT143-170 aa

PF13646HEAT_2151-201 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G453100	`PF05338`	DUF717	42	72	0.23	12.3
TkA02G453100	`PF05338`	DUF717	89	115	0.23	12.3
TkA02G453100	`PF12719`	Cnd3	110	197	1.7e-53	182.4
TkA02G453100	`PF25786`	HEAT_GCN1_C	120	208	0.047	14.4
TkA02G453100	`PF01602`	Adaptin_N	132	201	0.03	13.6
TkA02G453100	`PF12717`	Cnd1	137	218	0.043	14.6
TkA02G453100	`PF02985`	HEAT	143	170	0.0011	19.7
TkA02G453100	`PF13646`	HEAT_2	151	201	0.00013	22.8
TkA02G453100	`PF02985`	HEAT	177	201	0.0011	19.7
TkA02G453100	`PF13646`	HEAT_2	179	231	0.00013	22.8
TkA02G453100	`PF01602`	Adaptin_N	209	268	0.03	13.6
TkA02G453100	`PF12717`	Cnd1	209	274	0.043	14.6
TkA02G453100	`PF02985`	HEAT	211	226	0.0011	19.7
TkA02G453100	`PF02985`	HEAT	248	263	0.0011	19.7
TkA02G453100	`PF12719`	Cnd3	516	860	1.7e-53	182.4
TkA02G453100	`PF13646`	HEAT_2	549	572	0.00013	22.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情