TkA02G449770 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G449770

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 114425157-114428737 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2043 bp · TkA02G449770|TK1151|cDNA

AATAGGCTGAATCACCTCGATAAGAAAAATTAGCAATTAAACCGAAGCCCAGGGTAGCATTTGGTAACTGGTATCGGTTGTTCCAAATTCGATCCAAATCCCAAGCAGGTATTTTGGGGTTTTGAAGAAAACTAGAAGAAAAGCAAGACAAAACCCTTTCTACCTGTCCCTACGCTCGACCATCAGTCAAGCCTCCGCTGTGGACGGTGTCTACTGTCGACGACCTATAACACTTGGAAAGAGTGGGACGCTACTCTATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1473 bp · TkA02G449770|TK1151|CDS

ATGGCGGAAGAAGCAGTAGTGGGGTATCTGGAAAAGAACAAACAGATAGTAGACTCAGGCGTGTTCGCCGAGGAGCAAGGAATCAGTCATGAAGAGATCGTCAACATCATTAAGAGTCTCAATGCCTTTCGATTCGTCGAAGCTCAGGATATTAAGAAGGAGAGATGGAAACTTACTGAAGAAGGCAAAACTTATGCTGCTAATGGTACTCCAGAATTCCACCTATTCATGGCCTTTCCACCAGAGGGAATTCCAGTAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

490 aa · TkA02G449770|TK1151|PROTEIN

MAEEAVVGYLEKNKQIVDSGVFAEEQGISHEEIVNIIKSLNAFRFVEAQDIKKERWKLTEEGKTYAANGTPEFHLFMAFPPEGIPVGELKKKLGDLAFKIGCKQAKDKDWIEMGKSISRKVTHVEDDVKAMLVKINNGEALSKEDIAALKKRNIVSPQIWKGFSVTKGPNYAPKRTKPATDLTRENLQRGEWKDMQFKEYNFMAKGLPVEGGYLHPLLKLLQVRRQMQMIFLQMGFEEMPTNNYVESSFWNFDALFQPQQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G449770`
TK1151 ID	TkA02G449770
OH-1004 ID	LXL04_034787
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	91.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G449770

位置 Chr02:114425157-114428737 (-)

描述 Similar to At4g39280: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit, cytoplasmic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g39280`	苯丙氨酸-tRNA 合成酶 α 亚基，胞质。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034787 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006432 phenylalanyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0051290 protein heterotetramerization 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009328 phenylalanine-tRNA ligase complex 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0000049 tRNA binding 分子功能

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0004826 phenylalanine-tRNA ligase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G39280

hsa:2193

pon:100174218

rno:288917

xla:447019

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.619

排名 1 · TkA02G449770 · TK1151

线粒体0.199

排名 2 · TkA02G449770 · TK1151

细胞核0.170

排名 3 · TkA02G449770 · TK1151

质体0.083

排名 4 · TkA02G449770 · TK1151

过氧化物酶体0.065

排名 5 · TkA02G449770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18552PheRS_DBD13-56 aa

PF18553PheRS_DBD370-124 aa

PF00152tRNA-synt_2118-214 aa

PF01409tRNA-synt_2d200-475 aa

PF17759tRNA_synthFbeta220-247 aa

PF17759tRNA_synthFbeta337-444 aa

PF00152tRNA-synt_2340-366 aa

PF18552PheRS_DBD1347-365 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G449770	`PF18552`	PheRS_DBD1	3	56	1.4e-07	31.9
TkA02G449770	`PF18553`	PheRS_DBD3	70	124	2.7e-09	37.8
TkA02G449770	`PF00152`	tRNA-synt_2	118	214	0.00014	21.8
TkA02G449770	`PF01409`	tRNA-synt_2d	200	475	8.4e-84	281.6
TkA02G449770	`PF17759`	tRNA_synthFbeta	220	247	0.058	13.6
TkA02G449770	`PF17759`	tRNA_synthFbeta	337	444	0.058	13.6
TkA02G449770	`PF00152`	tRNA-synt_2	340	366	0.00014	21.8
TkA02G449770	`PF18552`	PheRS_DBD1	347	365	1.4e-07	31.9
TkA02G449770	`PF18553`	PheRS_DBD3	419	425	2.7e-09	37.8
TkA02G449770	`PF00152`	tRNA-synt_2	449	469	0.00014	21.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9T034`	拟南芥	sp\|Q9T034\|SYFA_ARATH Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit, cytoplasmic	75.300%	Swiss-Prot	高置信

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