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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G441270
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 112173655-112174698 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

465 bp · TkA02G441270|TK1151|cDNA

ATGCAGATATTCGTCAAAACCCTAACTGGGAAAACCATCACTCTCGAGGTTGAGAGCAGCGACACCATCGACAATGTCAAAGCCAAGATCCAGGACAAAGAGGGAATCCCTCCAGATCAACAGAGATTGATTTTTGCTGGAAAGCAATTAGAAGATGGAAGAACGCTTGCTGATTACAACATCCAGAAAGAGTCAACACTTCATCTTGTTCTAAGATTGAGAGGAGGAACCATGATCAAGGTCAAAACTCTTACAGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

465 bp · TkA02G441270|TK1151|CDS

ATGCAGATATTCGTCAAAACCCTAACTGGGAAAACCATCACTCTCGAGGTTGAGAGCAGCGACACCATCGACAATGTCAAAGCCAAGATCCAGGACAAAGAGGGAATCCCTCCAGATCAACAGAGATTGATTTTTGCTGGAAAGCAATTAGAAGATGGAAGAACGCTTGCTGATTACAACATCCAGAAAGAGTCAACACTTCATCTTGTTCTAAGATTGAGAGGAGGAACCATGATCAAGGTCAAAACTCTTACAGGAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

154 aa · TkA02G441270|TK1151|PROTEIN

MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLADYNIQKESTLHLVLRLRGGTMIKVKTLTGKEIEIDIEPTDTIDRIKERVEEKEGIPPVQQRLIYAGKQLADDKTAKDYNIEGGSVLHLVLALRGGNL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G441270
TK1151 IDTkA02G441270
OH-1004 IDLXL04_014290
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G441270
位置Chr02:112173655-112174698 (-)
描述Similar to RUB2: Ubiquitin-NEDD8-like protein RUB2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g31340 泛素可以共价地附着在另一种蛋白质上，也可以以游离（非锚定）形式存在。
The Arabidopsis cullin AtCUL1 is modified by the ubiquitin-related protein RUB1.1999 · DOI: 10.1073/pnas.96.26.15342
The ubiquitin-related protein RUB1 and auxin response in Arabidopsis.1998 · DOI: 10.1126/science.280.5370.1760
At2g35635 泛素可以共价地附着在另一种蛋白质上，也可以以游离（非锚定）形式存在。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os09g0420800 泛素可以共价地附着在另一种蛋白质上，也可以以游离（非锚定）形式存在。 暂无已核实直接文献
Os06g0650100 泛素可以共价地附着在另一种蛋白质上，也可以以游离（非锚定）形式存在。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014290 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009693 ethylene biosynthetic process 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0019941 modification-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0045116 protein neddylation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0003735 structural constituent of ribosome 分子功能
GO:0031386 protein tag activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G31340
dosa:Os09g0420800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.698
排名 1 · TkA02G441270 · TK1151
细胞核0.331
排名 2 · TkA02G441270 · TK1151
细胞膜0.123
排名 3 · TkA02G441270 · TK1151
细胞外0.119
排名 4 · TkA02G441270 · TK1151
线粒体0.118
排名 5 · TkA02G441270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11976Rad60-SLD1-71 aa
PF18036Ubiquitin_41-33 aa
PF00240ubiquitin3-74 aa
PF21989RA_24-38 aa
PF23326UBL_UBAC18-72 aa
PF29299UBL_IKK8-44 aa
PF12977DUF38618-49 aa
PF20170Plexin_RBD9-32 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G441270PF11976Rad60-SLD1718.3e-35119.1
TkA02G441270PF18036Ubiquitin_41339.7e-0523.0
TkA02G441270PF00240ubiquitin3741.5e-62208.0
TkA02G441270PF21989RA_24380.06913.9
TkA02G441270PF23326UBL_UBAC18720.01815.6
TkA02G441270PF29299UBL_IKK8440.03515.1
TkA02G441270PF12977DUF38618490.07514.0
TkA02G441270PF20170Plexin_RBD9320.0009220.0
TkA02G441270PF02518HATPase_c9500.0514.8
TkA02G441270PF13881Rad60-SLD_210728.5e-0729.8
TkA02G441270PF10790DUF260410728.5e-0626.8
TkA02G441270PF21403OTU1_UBXL10390.0001722.8
TkA02G441270PF27055BilA_UBL_210400.005218.0
TkA02G441270PF14274BT_3044-like_C10930.05314.5
TkA02G441270PF14560Ubiquitin_211694e-1143.9
TkA02G441270PF20147Crinkler11460.01217.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SHE7拟南芥sp|Q9SHE7|RUB1_ARATH Ubiquitin-NEDD8-like protein RUB1100.000%Swiss-Prot高置信
Q8RUC6拟南芥sp|Q8RUC6|RUB2_ARATH Ubiquitin-NEDD8-like protein RUB298.700%Swiss-Prot高置信
P0C030水稻sp|P0C030|RUB1_ORYSJ Ubiquitin-NEDD8-like protein RUB1100.000%Swiss-Prot高置信
P0C031水稻sp|P0C031|RUB2_ORYSJ Ubiquitin-NEDD8-like protein RUB2100.000%Swiss-Prot高置信

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