TkA02G440390 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G440390

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 111906890-111908205 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

438 bp · TkA02G440390|TK1151|cDNA

ATGCTTTCATCGGAAACCTCGGTCTCTGTGGACCTCCTCTTGACCGTTGTCGGGTTCAAGAACCCGACAACCAGGTCTGAGCGAGCATCAGTGATCATAATCTCGGCTATTTCCACAATAGCCGCGATCGCACTGATGTTTTTCGCAGCAGTGTTATTCTCAGAAGAAGAAACCGGTCCGGTTCGTTTAAAAGCCGGAGACGGGAGCAGCACTGACTACTCTTCGTCATTTTCTTCACGCGCCCAAAGAAGAAGACCGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

438 bp · TkA02G440390|TK1151|CDS

ATGCTTTCATCGGAAACCTCGGTCTCTGTGGACCTCCTCTTGACCGTTGTCGGGTTCAAGAACCCGACAACCAGGTCTGAGCGAGCATCAGTGATCATAATCTCGGCTATTTCCACAATAGCCGCGATCGCACTGATGTTTTTCGCAGCAGTGTTATTCTCAGAAGAAGAAACCGGTCCGGTTCGTTTAAAAGCCGGAGACGGGAGCAGCACTGACTACTCTTCGTCATTTTCTTCACGCGCCCAAAGAAGAAGACCGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

145 aa · TkA02G440390|TK1151|PROTEIN

MLSSETSVSVDLLLTVVGFKNPTTRSERASVIIISAISTIAAIALMFFAAVLFSEEETGPVRLKAGDGSSTDYSSSFSSRAQRRRPLFFKRGSTKQDFRWEDIMEATNNLSDEFIIGSGGSGTIYGPSFYPVRSWPLKGYHGKTM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G440390`
TK1151 ID	TkA02G440390
OH-1004 ID	LXL04_014306
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	86.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 68.276 / OH-1004 7.717 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G440390

位置 Chr02:111906890-111908205 (-)

描述 Similar to GSO1: LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g20140`	与GSO2共同参与胚胎和子叶表皮表面发育所需的受体样丝氨酸／苏氨酸激酶。	GASSHO1 and GASSHO2 encoding a putative leucine-rich repeat transmembrane-type receptor kinase are essential for the normal development of the epidermal surface in Arabidopsis embryos.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03395.x The receptor-like kinases GSO1 and GSO2 together regulate root growth in Arabidopsis through control of cell division and cell fate specification.2014 · DOI: 10.1002/dvdy.24066 A peptide hormone required for Casparian strip diffusion barrier formation in Arabidopsis roots.2017 · DOI: 10.1126/science.aai9057
`At5g44700`	与 GSO1 一起，是在胚胎和子叶表皮表面发育过程中所需的受体样丝氨酸/苏氨酸激酶。	GASSHO1 and GASSHO2 encoding a putative leucine-rich repeat transmembrane-type receptor kinase are essential for the normal development of the epidermal surface in Arabidopsis embryos.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03395.x The receptor-like kinases GSO1 and GSO2 together regulate root growth in Arabidopsis through control of cell division and cell fate specification.2014 · DOI: 10.1002/dvdy.24066 A peptide hormone required for Casparian strip diffusion barrier formation in Arabidopsis roots.2017 · DOI: 10.1126/science.aai9057

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014306 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0042659 regulation of cell fate specification 生物过程

GO:0045184 establishment of protein localization 生物过程

GO:0051302 regulation of cell division 生物过程

GO:0055075 potassium ion homeostasis 生物过程

GO:0090708 specification of plant organ axis polarity 生物过程

GO:0160073 Casparian strip assembly 生物过程

GO:2000067 regulation of root morphogenesis 生物过程

GO:2000280 regulation of root development 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G20140

ath:AT5G44700

ath:AT5G63930

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.602

排名 1 · TkA02G440390 · TK1151

内质网0.158

排名 2 · TkA02G440390 · TK1151

细胞核0.139

排名 3 · TkA02G440390 · TK1151

细胞质0.122

排名 4 · TkA02G440390 · TK1151

质体0.051

排名 5 · TkA02G440390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17628IncD22-64 aa

PF04932Wzy_C26-137 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G440390	`PF17628`	IncD	22	64	0.12	12.8
TkA02G440390	`PF04932`	Wzy_C	26	137	0.026	15.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0LGQ5`	拟南芥	sp\|C0LGQ5\|GSO1_ARATH LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO1	54.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FIZ3`	拟南芥	sp\|Q9FIZ3\|GSO2_ARATH LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO2	41.700%	Swiss-Prot	中等置信

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