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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G430240
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 109282988-109284656 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

814 bp · TkA02G430240|TK1151|cDNA

CTTGCCTTGTAATTATTACATACTCCGAGTTCCCCTGTCCGGTAGTTCCCGTTGGCGCCCCCATCTAAACTCTAAAGCCCTAAACATAAACCCTCTGAATCAAAAACATACACTCGATACACAGAACTATGGCGATAGGTGGAAGGATATCAAAGATTATTCTGAGCAATCTATTGTCACGATCAACTACAGGTTGTCTATCATCATCATCTTCATTTGGACCTCATTCTATCCTCATCTCACGAAGGGGCATAGCTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

432 bp · TkA02G430240|TK1151|CDS

ATGGCGATAGGTGGAAGGATATCAAAGATTATTCTGAGCAATCTATTGTCACGATCAACTACAGGTTGTCTATCATCATCATCTTCATTTGGACCTCATTCTATCCTCATCTCACGAAGGGGCATAGCTTCCAAGCTTTATGTTGCAGGTCTGTCATTTTACACCACAGAAAAGGCATTATCAGATGTGTTTTCTCAATTTGGCCAAGTTGTTGAAGCCACTGTTATGATGGATAAAGTTTCCAGCAGATCAAAAGGCTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

143 aa · TkA02G430240|TK1151|PROTEIN

MAIGGRISKIILSNLLSRSTTGCLSSSSSFGPHSILISRRGIASKLYVAGLSFYTTEKALSDVFSQFGQVVEATVMMDKVSSRSKGFGFITFASELEAEKAINEMDRKTLHGRVIHVELAKPRRAYSSAPIARGPPEPLTDQQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G430240
TK1151 IDTkA02G430240
OH-1004 IDLXL04_014396
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G430240
位置Chr02:109282988-109284656 (-)
描述Similar to S-RBP11: Small RNA-binding protein 11, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g06210 可能的RNA结合蛋白，可能参与盐胁迫和氧化胁迫耐受。
The Arabidopsis chloroplast protein S-RBP11 is involved in oxidative and salt stress responses.2014 · DOI: 10.1007/s00299-013-1560-9
At3g23830 可能在应激期间的 RNA 转录或加工中发挥作用。
Characterization of transgenic Arabidopsis plants overexpressing GR-RBP4 under high salinity, dehydration, or cold stress.2005 · DOI: 10.1093/jxb/eri298
At4g13850 促进若干线粒体 RNA（包括 NAD5 转录本）的顺式剪接和编辑。 暂无已核实直接文献
At3g20930 参与叶绿体 RNA 的 C 到 U 编辑。
An RNA recognition motif-containing protein is required for plastid RNA editing in Arabidopsis and maize.2013 · DOI: 10.1073/pnas.1220162110

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014396 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006858 extracellular transport 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009631 cold acclimation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0050658 RNA transport 生物过程
GO:0050688 regulation of defense response to virus 生物过程
GO:0060567 negative regulation of termination of DNA-templated transcription 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G73530
ath:AT3G23830
ath:AT4G13850
ath:AT5G06210
ath:AT5G61030
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.837
排名 1 · TkA02G430240 · TK1151
质体0.113
排名 2 · TkA02G430240 · TK1151
细胞核0.045
排名 3 · TkA02G430240 · TK1151
细胞质0.040
排名 4 · TkA02G430240 · TK1151
细胞外0.015
排名 5 · TkA02G430240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16367RRM_744-107 aa
PF00076RRM_146-116 aa
PF13893RRM_548-124 aa
PF28976RRM_ACIN155-107 aa
PF05172RRM_Nup3562-106 aa
PF14605Nup35_RRM_264-101 aa
PF24475RBD_DEAH1176-118 aa
PF11767SET_assoc77-115 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G430240PF16367RRM_7441070.008916.7
TkA02G430240PF00076RRM_1461161.6e-2176.6
TkA02G430240PF13893RRM_5481240.004317.5
TkA02G430240PF28976RRM_ACIN1551070.02115.6
TkA02G430240PF05172RRM_Nup35621060.01116.4
TkA02G430240PF14605Nup35_RRM_2641010.05714.0
TkA02G430240PF24475RBD_DEAH11761180.07913.8
TkA02G430240PF11767SET_assoc771150.01915.3
TkA02G430240PF20271CATASP981400.311.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FFZ6拟南芥sp|Q9FFZ6|RBP11_ARATH Small RNA-binding protein 11, chloroplastic57.300%Swiss-Prot中等置信
Q9LIS2拟南芥sp|Q9LIS2|RBG4_ARATH Glycine-rich RNA-binding protein 4, mitochondrial50.900%Swiss-Prot高置信
Q9SVM8拟南芥sp|Q9SVM8|RBG2_ARATH Glycine-rich RNA-binding protein 2, mitochondrial46.500%Swiss-Prot中等置信
Q8L440拟南芥sp|Q8L440|ORRM1_ARATH Organelle RRM domain-containing protein 1, chloroplastic46.800%Swiss-Prot中等置信

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