TkA02G424660 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G424660

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 107870767-107874682 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2241 bp · TkA02G424660|TK1151|cDNA

CGACGTCGTCTTATTACAGCTTGAGCTCATTTCGCTGGCTTCTTTTGGATCTGTGAGAGAACCAGCGGCTTTTCCTCGGCTTCACCTCTTCTTTTAGCCATCTCTAGGTTACAAAAACCACCCGGTGTCCCCTGATTTCAAAAGGCGTCCATGGTTTCGTTCCCTTTGTTTTAGATTTGTTACAATAGCTTCATTTTTTGTTTTCCTTTCTCTTCCTTACCATCGATTCCCTATTGATTTTCCGTGAAATTGTTCACACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1167 bp · TkA02G424660|TK1151|CDS

ATGGTGGACAACCTGCTGACAATGGAGATGCTAATGCTGGAAAATAGGAATTTAAGCTATGCTGATGGTCCAGTTGATATACCTCAGGACGACACCTTTCTTACAGATAATGTGCAAATAATATGCATTTGTGACACAGAGGAATGGGTATCAAACAATGATATTTTGTTGTTTTGGCAAGTGAAACCCCTTGTGCATGTCTACCAGCTTAGTGAAGAGGGACCTTGTGAAGATTTAGATGGAGATAGCCAACTTTCTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

388 aa · TkA02G424660|TK1151|PROTEIN

MVDNLLTMEMLMLENRNLSYADGPVDIPQDDTFLTDNVQIICICDTEEWVSNNDILLFWQVKPLVHVYQLSEEGPCEDLDGDSQLSSFSEWILPAKDFDRMWESLVYESGLKHWLLRYAASALLFTGKGVDPLLVAWNRIVLLHGPPGTRKTSLCKALAQKLSIRFSSRYPHSQLVEVNAHSLFSKWFSESGKLVAKFFQKIQDMVKEDNNLVFVLIDEVESLAAARNAALSGSEPLDSIRVVKALLRSFSRSKKEKCKY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G424660`
TK1151 ID	TkA02G424660
OH-1004 ID	LXL04_009494
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	93.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 62.629 / OH-1004 38.268 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G424660

位置 Chr02:107870767-107874682 (-)

描述 Similar to PCH2: Pachytene checkpoint protein 2 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g24710`	在减数分裂过程中的染色体重组中发挥关键作用。	Arabidopsis PCH2 Mediates Meiotic Chromosome Remodeling and Maturation of Crossovers.2015 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005372

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XUN8`	在减数分裂过程中的染色体重组中发挥关键作用。	暂无已核实直接文献
`Os04g0479000`	在减数分裂过程中的染色体重组中发挥关键作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009494 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0007094 mitotic spindle assembly checkpoint signaling 生物过程

GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程

GO:0007130 synaptonemal complex assembly 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0007141 male meiosis I 生物过程

GO:0007144 female meiosis I 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0007286 spermatid development 生物过程

GO:0042138 meiotic DNA double-strand break formation 生物过程

GO:0051026 chiasma assembly 生物过程

GO:0051598 meiotic recombination checkpoint signaling 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G24710

dosa:Os04g0479000

mmu:69716

rno:292206

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.277

排名 1 · TkA02G424660 · TK1151

内质网0.245

排名 2 · TkA02G424660 · TK1151

细胞核0.220

排名 3 · TkA02G424660 · TK1151

线粒体0.208

排名 4 · TkA02G424660 · TK1151

过氧化物酶体0.091

排名 5 · TkA02G424660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23563TRIP13_N12-73 aa

PF07728AAA_512-44 aa

PF01637ATPase_264-99 aa

PF20720nSTAND3138-189 aa

PF13173AAA_14138-227 aa

PF03215Rad17138-168 aa

PF24883NPHP3_N138-164 aa

PF02367TsaE138-165 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G424660	`PF23563`	TRIP13_N	12	73	1.7e-14	54.5
TkA02G424660	`PF07728`	AAA_5	12	44	0.052	14.3
TkA02G424660	`PF01637`	ATPase_2	64	99	0.15	12.5
TkA02G424660	`PF20720`	nSTAND3	138	189	0.017	15.5
TkA02G424660	`PF13173`	AAA_14	138	227	0.089	13.5
TkA02G424660	`PF03215`	Rad17	138	168	0.13	12.9
TkA02G424660	`PF24883`	NPHP3_N	138	164	0.16	12.9
TkA02G424660	`PF02367`	TsaE	138	165	0.28	11.9
TkA02G424660	`PF13401`	AAA_22	139	227	0.00011	23.2
TkA02G424660	`PF13191`	AAA_16	139	252	0.00015	23.0
TkA02G424660	`PF06068`	TIP49	139	229	0.0086	16.0
TkA02G424660	`PF13086`	AAA_11	139	163	0.12	12.9
TkA02G424660	`PF20030`	bpMoxR	140	165	0.056	13.2
TkA02G424660	`PF00004`	AAA	141	256	7.3e-17	62.8
TkA02G424660	`PF13238`	AAA_18	141	210	0.022	16.0
TkA02G424660	`PF30683`	AAA_RNF213_4	141	226	0.027	15.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H1F9`	拟南芥	sp\|Q8H1F9\|PCH2_ARATH Pachytene checkpoint protein 2 homolog	79.800%	Swiss-Prot	中等置信
`A2XUN8`	水稻	sp\|A2XUN8\|PCH2_ORYSI Pachytene checkpoint protein 2 homolog	74.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7XK25`	水稻	sp\|Q7XK25\|PCH2_ORYSJ Pachytene checkpoint protein 2 homolog	74.900%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情