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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G413380
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 105135095-105137164 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1790 bp · TkA02G413380|TK1151|cDNA

CTAGCAGACCAACTAGGGCACGTTACATAGAGATAAACTTCGCCACAATCTTGATGATCATGCATATTTCAGACGATATATAGCTCTGCGTCCTTTCTTTGTCCATACGTTTGGCGTAACCCCACTTCCGTCCTCCATCATTTCCTAATTGATTACTATTTTTATGAATTCCGGACCCATTTCACTGCAAATCACACTCGAGTTTGTCTTTTAGTTTTTAGCTTCCAAGGTCAAAGTCTTTCTTGTTGTGTACATATATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1215 bp · TkA02G413380|TK1151|CDS

ATGGAGAAAAATGATAATAACTACTCGGGAGGTTTGCTTGGAGTGGACTTCAATGGTGATCATGACCATGAGTATTATCAACACCACAATCAACAACAGCTACAACAGCAGTTTATGGTGAAAAACGCATACGAAAACGGGAACCAAATGGTGGATTACATGCTCAATAATCCGATACAACATCTACCTTCTGGTGGGTTTTGTAGCTCAAACTCGTTGGATAAGTTAAGTTTTGCAGATGTAATGCAGTTTGCAGATCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

404 aa · TkA02G413380|TK1151|PROTEIN

MEKNDNNYSGGLLGVDFNGDHDHEYYQHHNQQQLQQQFMVKNAYENGNQMVDYMLNNPIQHLPSGGFCSSNSLDKLSFADVMQFADLGPKLALNQNKTKHGHDDDQENGIDPVYFLKFPVLNERVQEDHHHQSLLAPLEDDENEHRVMIEGGDQRDDDARVSDTSVRLQFIGDDAHKTLVGDGKNKRKRPRTIKTSEEVESQRMTHIAVERNRRKQMNEHLRVLRSLMPGSYVQRGDQASIIGGAIEFVRELEQLLQCLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G413380
TK1151 IDTkA02G413380
OH-1004 IDLXL04_014554
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 97.115
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G413380
位置Chr02:105135095-105137164 (-)
描述Similar to FAMA: Transcription factor FAMA
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g24140 转录激活剂。
Arabidopsis FAMA controls the final proliferation/differentiation switch during stomatal development.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.046136
Termination of asymmetric cell division and differentiation of stomata.2007 · DOI: 10.1038/nature05467
Deep functional redundancy between FAMA and FOUR LIPS in stomatal development.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12489
Arabidopsis guard cell integrity involves the epigenetic stabilization of the FLP and FAMA transcription factor genes.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12516
At1g22490 转录因子bHLH94。 暂无已核实直接文献
At3g06120 转录因子。
Termination of asymmetric cell division and differentiation of stomata.2007 · DOI: 10.1038/nature05467
At5g53210 转录因子作为气孔和油菜素甾醇 信号通路的整合节点，控制气孔的起始和发育。
Transcription factor control of asymmetric cell divisions that establish the stomatal lineage.2007 · DOI: 10.1038/nature05491
Termination of asymmetric cell division and differentiation of stomata.2007 · DOI: 10.1038/nature05467
SCREAM/ICE1 and SCREAM2 specify three cell-state transitional steps leading to arabidopsis stomatal differentiation.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.060848
SPEECHLESS integrates brassinosteroid and stomata signalling pathways.2012 · DOI: 10.1038/ncb2471
Phosphorylation of Serine 186 of bHLH Transcription Factor SPEECHLESS Promotes Stomatal Development in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1016/j.molp.2014.12.014
The BASL polarity protein controls a MAPK signaling feedback loop in asymmetric cell division.2015 · DOI: 10.1016/j.devcel.2015.02.022
A Mutation in the bHLH Domain of the SPCH Transcription Factor Uncovers a BR-Dependent Mechanism for Stomatal Development.2017 · DOI: 10.1104/pp.17.00615
At1g72210 转录因子 bHLH96。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014554 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0010052 guard cell differentiation 生物过程
GO:0010374 stomatal complex development 生物过程
GO:0010377 guard cell fate commitment 生物过程
GO:0010444 guard mother cell differentiation 生物过程
GO:0045597 positive regulation of cell differentiation 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0051782 negative regulation of cell division 生物过程
GO:0090547 response to low humidity 生物过程
GO:0090627 plant epidermal cell differentiation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G22490
ath:AT1G72210
ath:AT3G06120
ath:AT3G24140
ath:AT4G01460
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.965
排名 1 · TkA02G413380 · TK1151
细胞质0.091
排名 2 · TkA02G413380 · TK1151
细胞膜0.033
排名 3 · TkA02G413380 · TK1151
内质网0.026
排名 4 · TkA02G413380 · TK1151
质体0.013
排名 5 · TkA02G413380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20452Calmod_bind_C12-53 aa
PF00010HLH202-253 aa
PF23177bHLH_IRO3208-260 aa
PF23173bHLH_SAC51210-254 aa
PF22754bHLH-TF_ACT-like_plant319-396 aa
PF13291ACT_4327-377 aa
PF01842ACT330-373 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G413380PF20452Calmod_bind_C12530.04314.7
TkA02G413380PF00010HLH2022537.9e-1245.5
TkA02G413380PF23177bHLH_IRO32082600.01316.5
TkA02G413380PF23173bHLH_SAC512102540.02215.4
TkA02G413380PF22754bHLH-TF_ACT-like_plant3193961.5e-0835.3
TkA02G413380PF13291ACT_43273770.00917.3
TkA02G413380PF01842ACT3303730.001419.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q56YJ8拟南芥sp|Q56YJ8|FAMA_ARATH Transcription factor FAMA57.800%Swiss-Prot高置信
Q9SK91拟南芥sp|Q9SK91|BH094_ARATH Transcription factor bHLH9445.500%Swiss-Prot中等置信
Q9M8K6拟南芥sp|Q9M8K6|MUTE_ARATH Transcription factor MUTE44.600%Swiss-Prot低置信
Q700C7拟南芥sp|Q700C7|SPCH_ARATH Transcription factor SPEECHLESS36.600%Swiss-Prot低置信
Q9C7T4拟南芥sp|Q9C7T4|BH096_ARATH Transcription factor bHLH9642.400%Swiss-Prot中等置信

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