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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G411290
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 104621055-104625508 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2653 bp · TkA02G411290|TK1151|cDNA

GTTGTGGTCAGCAGCAACACCAGGTTTGATCTAAAGCTCTGATGCCATATCAAATACTAAAATGTTTAATAGCTTAAATATCTTCTTATTTATAGAACATATATTTATAGTATAAATCATGAACCCAAATGGGCTAGTGGCAGATTGGTTGAGGCCCATTTTGTTTTATAGCCAACTAAAGTCAGAGGAATTACAGCGGCCCAATACTGAGCGAACAAATAAAATTCCACAAGGGAGCGTTTCCAATGCCATTCAAATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1920 bp · TkA02G411290|TK1151|CDS

ATGGATTTTATGGACATTGATCAGGTAGTGGAGGTCCCCGACACTCCAGAGAGATTTATATCAACACATAGTAATGACAGAAACACCCCTGGAACCCACAGTGATGGATCAAGTAGCTGTCGTGTGATAACTAAAGATTCCATTAATGAAACCATGAGAAATGACCCAAGAGAAAAGGGCAAATCAGTCAAATACCATGGGAGCCGAAGATTATTTGTACGCCCTGATACCAACAACAGTTCATCTACTTCCAAGAACCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

639 aa · TkA02G411290|TK1151|PROTEIN

MDFMDIDQVVEVPDTPERFISTHSNDRNTPGTHSDGSSSCRVITKDSINETMRNDPREKGKSVKYHGSRRLFVRPDTNNSSSTSKNPFTTLHNAQKGESLSNSSLQNPTYRKSSSFVDLTDQNMHDRHVFEIDTLDTPVKSLGLNNTDKFGQRFDRGKGVITGGQHKVDHNSSMLTRLSRQKTLVISPHNIAKSKEVIEKHENGKVAKDLLVDIENLTTEGKISRGLKGKQTSKSSNNLLLDKHNPLKKVNLSLPDGNPR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G411290
TK1151 IDTkA02G411290
OH-1004 IDLXL04_014581
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)96.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 89.718
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G411290
位置Chr02:104621055-104625508 (-)
描述Similar to SDIR1: E3 ubiquitin-protein ligase SDIR1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g66070 可能参与植物防御信号通路的早期阶段。 暂无已核实直接文献
At2g17730 内在类囊体膜蛋白，将 RPOT2 固定在类囊体膜的基质侧。 暂无已核实直接文献
At4g35840 内在类囊体膜蛋白，将 RPOT2 固定在类囊体膜的基质侧。 暂无已核实直接文献
At1g28040 RING-H2 指蛋白 ATL20。 暂无已核实直接文献
At1g74410 可能参与植物防御信号通路的早期阶段。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014581 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000578 embryonic axis specification 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G47990
ath:AT3G55530
ath:AT5G66070
hsa:51132
xla:398680
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.949
排名 1 · TkA02G411290 · TK1151
细胞质0.173
排名 2 · TkA02G411290 · TK1151
细胞膜0.021
排名 3 · TkA02G411290 · TK1151
线粒体0.015
排名 4 · TkA02G411290 · TK1151
内质网0.010
排名 5 · TkA02G411290 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16765Pim83-119 aa
PF16765Pim202-251 aa
PF17120zf-RING_16590-633 aa
PF13639zf-RING_2592-635 aa
PF12678zf-rbx1592-635 aa
PF13920zf-C3HC4_3592-638 aa
PF26148VPS18_RING_C592-623 aa
PF17123zf-RING_11593-621 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G411290PF16765Pim831190.7210.7
TkA02G411290PF16765Pim2022510.7210.7
TkA02G411290PF17120zf-RING_165906330.03414.5
TkA02G411290PF13639zf-RING_25926352.6e-1350.7
TkA02G411290PF12678zf-rbx15926351.2e-0732.5
TkA02G411290PF13920zf-C3HC4_35926387.5e-0523.2
TkA02G411290PF26148VPS18_RING_C5926230.1512.9
TkA02G411290PF17123zf-RING_115936213.2e-0937.0
TkA02G411290PF13923zf-C3HC4_25936345.6e-0936.4
TkA02G411290PF14634zf-RING_55936350.001119.7
TkA02G411290PF00097zf-C3HC45946343.1e-0834.1
TkA02G411290PF13445zf-RING_UBOX5946325.8e-0523.7
TkA02G411290PF08746zf-RING-like5946340.003218.3
TkA02G411290PF12906RINGv5946340.3311.9
TkA02G411290PF23555zf-RING_Vps415946280.4910.8
TkA02G411290PF11793FANCL_C5946300.9410.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FKX5拟南芥sp|Q9FKX5|NIPL1_ARATH NEP1-interacting protein-like 143.300%Swiss-Prot低置信
Q8GT74拟南芥sp|Q8GT74|NIP2_ARATH NEP1-interacting protein 240.000%Swiss-Prot低置信
Q8GT75拟南芥sp|Q8GT75|NIP1_ARATH NEP1-interacting protein 153.200%Swiss-Prot低置信
Q9C7E9拟南芥sp|Q9C7E9|ATL20_ARATH RING-H2 finger protein ATL2055.600%Swiss-Prot低置信
Q8LBA0拟南芥sp|Q8LBA0|NIPL2_ARATH NEP1-interacting protein-like 242.900%Swiss-Prot低置信

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