TkA02G408950 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G408950

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 104028216-104034586 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3744 bp · TkA02G408950|TK1151|cDNA

ATGAAACCTCTGCCATTACCATCCACGTTGTTCGCCCGTCGTTCGTTCCTGTAGAAAACCCTTTCCACCTCCCTCATTTTTATGGCGGGAACGACTTCCCTTCTCTCACACCGTATCCCCTGGAAATCCCTAAATTTGAAAAGAATCCCAGCTCCGGTTTACAGAAACATGTACTGGATCGCGGCCAAGTCCGTTGCCTTCTCAGTTCCCAGGTGGTCCTCTATCGGTTTTCACGTCCACTTCCCTCTTCGCCGTCGTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

3411 bp · TkA02G408950|TK1151|CDS

ATGGCGGGAACGACTTCCCTTCTCTCACACCGTATCCCCTGGAAATCCCTAAATTTGAAAAGAATCCCAGCTCCGGTTTACAGAAACATGTACTGGATCGCGGCCAAGTCCGTTGCCTTCTCAGTTCCCAGGTGGTCCTCTATCGGTTTTCACGTCCACTTCCCTCTTCGCCGTCGTCACTTTGCATCCTCTACGCCATGGCAACCTAAGCAGGTCCACTGTTCCAAAGAAAGAAAATCTACAAGCACCAAATCAGCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1136 aa · TkA02G408950|TK1151|PROTEIN

MAGTTSLLSHRIPWKSLNLKRIPAPVYRNMYWIAAKSVAFSVPRWSSIGFHVHFPLRRRHFASSTPWQPKQVHCSKERKSTSTKSAKRPRELKDDIDEKYFPHIMWWKEKMETCMKSSSTQLVKRLSYSNLLGLDENLKNGSLKEGSLNSEVLKFKSRFPREVLLCRVGEFYEAVGFDACILVEYAGLNPMGGLRSDSIPKAGCPVVNLRQTLDDLTRNGFSVCIVEEVQGPTQSRSRKSRFISGHAHPGSPYVFGLVED...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G408950`
TK1151 ID	TkA02G408950
OH-1004 ID	LXL04_014604
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.102 / OH-1004 90.525 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G408950

位置 Chr02:104028216-104034586 (+)

描述 Similar to MSH1: DNA mismatch repair protein MSH1, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g24320`	DNA错配修复蛋白通过控制特定的重排部分专门参与线粒体基因组构型的维持。	Diversity of the Arabidopsis mitochondrial genome occurs via nuclear-controlled recombination activity.2009 · DOI: 10.1534/genetics.109.108514 Extensive rearrangement of the Arabidopsis mitochondrial genome elicits cellular conditions for thermotolerance.2010 · DOI: 10.1104/pp.109.152827 Utility of in vitro culture to the study of plant mitochondrial genome configuration and its dynamic features.2012 · DOI: 10.1007/s00122-012-1844-4

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014604 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006298 mismatch repair 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0032042 mitochondrial DNA metabolic process 生物过程

GO:0043504 mitochondrial DNA repair 生物过程

GO:1905951 mitochondrion DNA recombination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0042651 thylakoid membrane 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G24320

lac:LBA0408

lhe:lhv_0427

ljo:LJ_0465

rrs:RoseRS_3706

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.636

排名 1 · TkA02G408950 · TK1151

线粒体0.343

排名 2 · TkA02G408950 · TK1151

细胞核0.075

排名 3 · TkA02G408950 · TK1151

细胞质0.066

排名 4 · TkA02G408950 · TK1151

过氧化物酶体0.021

排名 5 · TkA02G408950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13476AAA_2378-122 aa

PF01624MutS_I151-247 aa

PF01624MutS_I551-599 aa

PF13514AAA_27556-592 aa

PF00005ABC_tran775-804 aa

PF13481AAA_25775-806 aa

PF13555AAA_29778-799 aa

PF25199nSTAND_NTPase5779-807 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G408950	`PF13476`	AAA_23	78	122	0.00011	23.7
TkA02G408950	`PF01624`	MutS_I	151	247	1.1e-10	42.5
TkA02G408950	`PF01624`	MutS_I	551	599	1.1e-10	42.5
TkA02G408950	`PF13514`	AAA_27	556	592	0.23	11.7
TkA02G408950	`PF00005`	ABC_tran	775	804	0.0084	17.4
TkA02G408950	`PF13481`	AAA_25	775	806	0.41	11.0
TkA02G408950	`PF13555`	AAA_29	778	799	0.0061	17.0
TkA02G408950	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	779	807	0.26	11.8
TkA02G408950	`PF13514`	AAA_27	780	810	0.23	11.7
TkA02G408950	`PF13476`	AAA_23	782	810	0.00011	23.7
TkA02G408950	`PF13304`	AAA_21	785	802	0.17	12.5
TkA02G408950	`PF00488`	MutS_V	786	966	4.3e-39	135.1
TkA02G408950	`PF00004`	AAA	786	872	0.012	16.7
TkA02G408950	`PF01541`	GIY-YIG	1045	1081	3.2e-05	24.9
TkA02G408950	`PF13481`	AAA_25	1052	1086	0.41	11.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84LK0`	拟南芥	sp\|Q84LK0\|MSH1_ARATH DNA mismatch repair protein MSH1, mitochondrial	66.200%	Swiss-Prot	高置信

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