TkA02G406920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G406920

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 103476793-103481118 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2627 bp · TkA02G406920|TK1151|cDNA

AAAAAAACGATTTTTACGAGTGGCAAAAAACCTCAGCAAATGCACACCACGTCGGCTTTTCCAACCCATCAGCTCTTTCCATAGACCCCAACAATTCTCAACAAACGCTGCTCTGCCCACCTCTTCTGTTCATCAGATCTTGCTCGATTTCTTGCATTCACTCGCCCAATTCAATTCGATTCAACTTAGCTTAATTTCAATCATTTGAAAAGTTTATAAATTATACGTGTTAATTTGATTATTATATCATCGTCATCGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2040 bp · TkA02G406920|TK1151|CDS

ATGGAATCGAGCAGGAGAGCGGTGGAATCGTACTGGAGGTCACGGTTGATCGATGCCGCGACCTCTGATGAAGATAAAGTGGCGCCTGTTTACAAGTTGGAAGAAATATGCGAACTCCTACGTTCGTCCCACGTGTCAATCGTCAAAGAAGTTTCTGAATTCATCTTCAAACGTCTGCAACACAAATCCCCCATTGTCAAGCAAAAGGCTCTAAGAGTGATCAAGTATGCTGTGGGCAAGTCCGGTGTTGAATTCAGGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

679 aa · TkA02G406920|TK1151|PROTEIN

MESSRRAVESYWRSRLIDAATSDEDKVAPVYKLEEICELLRSSHVSIVKEVSEFIFKRLQHKSPIVKQKALRVIKYAVGKSGVEFRREMQRNSVAVRQLIHYKGQPDPLKGDALNKSVRETAQEALSAIFAGEDNSKPPPQEGLTQRIQGFGNTNFDIPSDDKKSFLSDMVGIGSATIKQGLNSFSQAQTHNRNDTGTYRGPNLRRSLTNETSYSDSREVPSQAVSTNASGSWGQDLKTSHTDTENGNASSSYSNEKSRE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G406920`
TK1151 ID	TkA02G406920
OH-1004 ID	LXL04_014637
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G406920

位置 Chr02:103476793-103481118 (-)

描述 Similar to MTV1: Protein MODIFIED TRANSPORT TO THE VACUOLE 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g16270`	介导来自反式高尔基体网络（TGN）的液泡货物的网格蛋白依赖性运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014637 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0035652 clathrin-coated vesicle cargo loading 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0030124 AP-4 adaptor complex 细胞组分

GO:0030136 clathrin-coated vesicle 细胞组分

GO:0030662 coated vesicle membrane 细胞组分

GO:0031090 organelle membrane 细胞组分

GO:0032588 trans-Golgi network membrane 细胞组分

GO:0030276 clathrin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G16270

hsa:146705

mmu:78777

rno:360673

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.585

排名 1 · TkA02G406920 · TK1151

高尔基体0.352

排名 2 · TkA02G406920 · TK1151

细胞核0.161

排名 3 · TkA02G406920 · TK1151

溶酶体／液泡0.101

排名 4 · TkA02G406920 · TK1151

内质网0.100

排名 5 · TkA02G406920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00790VHS15-92 aa

PF01417ENTH17-126 aa

PF24722DUF767436-67 aa

PF08167RIX138-164 aa

PF25827TVHS-like48-75 aa

PF02985HEAT54-74 aa

PF02985HEAT116-129 aa

PF25827TVHS-like259-366 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G406920	`PF00790`	VHS	15	92	1.2e-05	25.9
TkA02G406920	`PF01417`	ENTH	17	126	4e-09	37.3
TkA02G406920	`PF24722`	DUF7674	36	67	0.17	12.7
TkA02G406920	`PF08167`	RIX1	38	164	0.042	14.3
TkA02G406920	`PF25827`	TVHS-like	48	75	4.7e-05	23.9
TkA02G406920	`PF02985`	HEAT	54	74	0.024	15.6
TkA02G406920	`PF02985`	HEAT	116	129	0.024	15.6
TkA02G406920	`PF25827`	TVHS-like	259	366	4.7e-05	23.9
TkA02G406920	`PF26228`	RESC9_N	261	386	0.034	13.5
TkA02G406920	`PF24722`	DUF7674	296	350	0.17	12.7
TkA02G406920	`PF00790`	VHS	297	380	1.2e-05	25.9
TkA02G406920	`PF02985`	HEAT	303	317	0.024	15.6
TkA02G406920	`PF01417`	ENTH	305	372	4e-09	37.3
TkA02G406920	`PF08167`	RIX1	305	349	0.042	14.3
TkA02G406920	`PF02985`	HEAT	343	365	0.024	15.6
TkA02G406920	`PF08167`	RIX1	541	555	0.042	14.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C5H4`	拟南芥	sp\|Q9C5H4\|MTV1_ARATH Protein MODIFIED TRANSPORT TO THE VACUOLE 1	54.300%	Swiss-Prot	高置信

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