TkA02G406860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G406860

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 103456394-103459971 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2015 bp · TkA02G406860|TK1151|cDNA

CTCAAGTACTGTCAATTGAGAATAAAGTGTTGGGATTTTTATGGCCGATACCATTAGTCATCCCCATAATTATCAGCTCACCCTCTCCTCTTTCCTGCATTCATTTTCACCCAAAATCCCAATTCACAAAATTTCATACCCTAATCCACAGACGCTCGATACAGAGTGAAGATATACCTCTCTACCAAATATACTTTTTGCCTATTAGATAGCCTATTAGATACAAAAATAACTATGAATCATCAATCTATGAACATCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1578 bp · TkA02G406860|TK1151|CDS

ATGAATCATCAATCTATGAACATCCGAATTCAGGCACCATGCCCGCCTTCTCCTTCTTCTGCATTTCCTCCGAGGTTCCATCACAAAACTCCTACAATATTGCCACGTGCAATTTGCTCTTCTGATGTGGCATCCCATGTTGTGGCGCAAATGGAGTCCTCTTCTGACACCATTACAACTTGGAAACATAAACGCACATTTGGGTGTTTACAAAAACAATCCTTATTAAAGCAGCCTTTAAACAAAGATTTAAAGCCATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

525 aa · TkA02G406860|TK1151|PROTEIN

MNHQSMNIRIQAPCPPSPSSAFPPRFHHKTPTILPRAICSSDVASHVVAQMESSSDTITTWKHKRTFGCLQKQSLLKQPLNKDLKPLKALLTSTTQDTSSSLANGGKIGVLLLNLGGPETLDDVQPFLFNLFADPDIIRLPRLFRFLQKPLAQFISVARAPKSKEGYAAIGGGSPLRQITDAQANELRKALYEKNVPAEVYVGMRYWHPFTEEAIEQIKKDGVNKLVVLPLYPQFSISTSGSSLRLLESIFREDEYLVNM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G406860`
TK1151 ID	TkA02G406860
OH-1004 ID	LXL04_014642
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.429 / OH-1004 89.735 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G406860

位置 Chr02:103456394-103459971 (-)

描述 Similar to HEMH: Ferrochelatase-2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g30390`	催化血红素生物合成的最后一步，通过将亚铁插入原卟啉IX生成原血红素。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0361200`	催化亚铁插入原卟啉IX中。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2Y3Q5`	催化亚铁插入原卟啉IX中。	暂无已核实直接文献
`Os09g0297000`	催化亚铁插入原卟啉IX中。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014642 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006779 porphyrin-containing compound biosynthetic process 生物过程

GO:0006783 heme biosynthetic process 生物过程

GO:0033014 tetrapyrrole biosynthetic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0055035 plastid thylakoid membrane 细胞组分

GO:0004325 ferrochelatase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G30390

dosa:Os05g0361200

dosa:Os09g0297000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.980

排名 1 · TkA02G406860 · TK1151

线粒体0.036

排名 2 · TkA02G406860 · TK1151

细胞质0.021

排名 3 · TkA02G406860 · TK1151

细胞核0.015

排名 4 · TkA02G406860 · TK1151

过氧化物酶体0.014

排名 5 · TkA02G406860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00762Ferrochelatase107-431 aa

PF01903CbiX180-231 aa

PF01903CbiX347-383 aa

PF31213HliA478-511 aa

PF00504Chloroa_b-bind480-503 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G406860	`PF00762`	Ferrochelatase	107	431	1.1e-112	376.8
TkA02G406860	`PF01903`	CbiX	180	231	0.011	16.6
TkA02G406860	`PF01903`	CbiX	347	383	0.011	16.6
TkA02G406860	`PF31213`	HliA	478	511	2.6e-07	31.2
TkA02G406860	`PF00504`	Chloroa_b-bind	480	503	0.015	16.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04921`	拟南芥	sp\|O04921\|HEMH2_ARATH Ferrochelatase-2, chloroplastic	85.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q0DIV0`	水稻	sp\|Q0DIV0\|HEMH2_ORYSJ Ferrochelatase-2, chloroplastic	83.000%	Swiss-Prot	高置信
`A2Y3Q5`	水稻	sp\|A2Y3Q5\|HEMH_ORYSI Ferrochelatase-2, chloroplastic	83.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q69TB1`	水稻	sp\|Q69TB1\|HEMH1_ORYSJ Ferrochelatase-1, chloroplastic	68.100%	Swiss-Prot	高置信

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