RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G404810
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 102871787-102874738 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1668 bp · TkA02G404810|TK1151|cDNA

TGGATCACACGGTCCACAATTATTATCGCCTCTGAAGAAACAGAGTATACAAAGCTAACTACGTGCTTCTCATCAACTACCTATCTGAATTCTACAATGAACCTGGCCGGACTTCTCGCTGGAATATTTCTGCTCCTGGCGGTCTACTGTGGAGTAGACCCTTTCAAGCACAGTGCAATTTCCGATTTCCCTGATTTTGAGGCCGTCAAAGTCGATTTGCCACAGTGGTCGGAAGTACCGACGGATAAAGACACTCAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1269 bp · TkA02G404810|TK1151|CDS

TGGATCACACGGTCCACAATTATTATCGCCTCTGAAGAAACAGAGTATACAAAGCTAACTACGTGCTTCTCATCAACTACCTATCTGAATTCTACAATGAACCTGGCCGGACTTCTCGCTGGAATATTTCTGCTCCTGGCGGTCTACTGTGGAGTAGACCCTTTCAAGCACAGTGCAATTTCCGATTTCCCTGATTTTGAGGCCGTCAAAGTCGATTTGCCACAGTGGTCGGAAGTACCGACGGATAAAGACACTCAAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

422 aa · TkA02G404810|TK1151|PROTEIN

WITRSTIIIASEETEYTKLTTCFSSTTYLNSTMNLAGLLAGIFLLLAVYCGVDPFKHSAISDFPDFEAVKVDLPQWSEVPTDKDTQNLLQKSEIKFLNQIQGPESVAFDPQGRGPYTGIADGRVVFWNGQSWSDFAYTSPNRSEICDPKPTILGYLKNEHICGRPLGLRFDKRTGDLYIADAYFGLLKVGPEGGLATSLVTEAEGVPLKFTNDVDIDDEGNVYFTDSSSKYQRRNFIHLVFSAEDSGRVLKYDPITKQTT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G404810
TK1151 IDTkA02G404810
OH-1004 IDLXL04_014685
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 93.365 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G404810
位置Chr02:102871787-102874738 (-)
描述Similar to SSL3: Protein STRICTOSIDINE SYNTHASE-LIKE 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g08470 蛋白STRICTOSIDINE SYNTHASE-LIKE 3。 暂无已核实直接文献
At3g57030 蛋白 STRICTOSIDINE SYNTHASE-LIKE 10。 暂无已核实直接文献
At3g59530 在花粉发育过程中外壁形成所必需。 暂无已核实直接文献
At3g57010 蛋白 STRICTOSIDINE 合酶样 8。 暂无已核实直接文献
At3g57020 蛋白 STRICTOSIDINE 合酶样 9。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014685 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0010584 pollen exine formation 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016787 hydrolase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G08470
ath:AT3G57010
ath:AT3G57020
ath:AT3G57030
ath:AT3G59530
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.444
排名 1 · TkA02G404810 · TK1151
溶酶体／液泡0.186
排名 2 · TkA02G404810 · TK1151
高尔基体0.155
排名 3 · TkA02G404810 · TK1151
细胞质0.153
排名 4 · TkA02G404810 · TK1151
细胞膜0.110
排名 5 · TkA02G404810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20067SSL_N89-126 aa
PF08450SGL97-122 aa
PF01436NHL102-113 aa
PF10584Proteasome_A_N108-113 aa
PF01436NHL164-182 aa
PF08450SGL166-330 aa
PF03088Str_synth171-182 aa
PF03088Str_synth212-299 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G404810PF20067SSL_N891261.4e-0835.1
TkA02G404810PF08450SGL971228e-1349.3
TkA02G404810PF01436NHL1021133.6e-0524.3
TkA02G404810PF10584Proteasome_A_N1081130.1512.5
TkA02G404810PF01436NHL1641823.6e-0524.3
TkA02G404810PF08450SGL1663308e-1349.3
TkA02G404810PF03088Str_synth1711826.2e-32110.3
TkA02G404810PF03088Str_synth2122996.2e-32110.3
TkA02G404810PF20067SSL_N2132271.4e-0835.1
TkA02G404810PF01436NHL2132283.6e-0524.3
TkA02G404810PF07494Reg_prop2162240.0215.8
TkA02G404810PF01436NHL2662823.6e-0524.3
TkA02G404810PF07494Reg_prop2792910.0215.8
TkA02G404810PF01436NHL3173283.6e-0524.3
TkA02G404810PF07494Reg_prop3213280.0215.8
TkA02G404810PF08450SGL3733868e-1349.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8VWF6拟南芥sp|Q8VWF6|SSL3_ARATH Protein STRICTOSIDINE SYNTHASE-LIKE 370.400%Swiss-Prot高置信
Q4V3D9拟南芥sp|Q4V3D9|SSL10_ARATH Protein STRICTOSIDINE SYNTHASE-LIKE 1052.000%Swiss-Prot高置信
Q9M1B4拟南芥sp|Q9M1B4|SSL13_ARATH Protein STRICTOSIDINE SYNTHASE-LIKE 1344.400%Swiss-Prot中等置信
Q9M1J7拟南芥sp|Q9M1J7|SSL8_ARATH Protein STRICTOSIDINE SYNTHASE-LIKE 846.400%Swiss-Prot中等置信
Q9M1J6拟南芥sp|Q9M1J6|SSL9_ARATH Protein STRICTOSIDINE SYNTHASE-LIKE 945.900%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看