TkA02G397810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G397810

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 101069311-101070344 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

966 bp · TkA02G397810|TK1151|cDNA

ATGAAAAGTACAGTTTCGTCCTTAAAGGACCAATGTTACAGTTTACTAGATGAGAAAAAAGTTGAAAAGATTCTAAGAAGCAGAAAATTTGGTTTCTCAAGGGTAAGATTTTGTCCAAAACCAAATGGAATAAGACCATTAGCCAATCTTAAATCATCATCAAGATTACCAAAAACCTATAAATACTTCAAAGCTGTAAATACTGTTCTTAGAGATCTTCATGCAGCCCTAAAAGACATTCAACTCAAAACCCCAGAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

966 bp · TkA02G397810|TK1151|CDS

ATGAAAAGTACAGTTTCGTCCTTAAAGGACCAATGTTACAGTTTACTAGATGAGAAAAAAGTTGAAAAGATTCTAAGAAGCAGAAAATTTGGTTTCTCAAGGGTAAGATTTTGTCCAAAACCAAATGGAATAAGACCATTAGCCAATCTTAAATCATCATCAAGATTACCAAAAACCTATAAATACTTCAAAGCTGTAAATACTGTTCTTAGAGATCTTCATGCAGCCCTAAAAGACATTCAACTCAAAACCCCAGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

321 aa · TkA02G397810|TK1151|PROTEIN

MKSTVSSLKDQCYSLLDEKKVEKILRSRKFGFSRVRFCPKPNGIRPLANLKSSSRLPKTYKYFKAVNTVLRDLHAALKDIQLKTPEKLGSSVFSYNDVHKKLRDFLTRVKRGLDGSTCVYMVVADVAKAYDSIDQDKLIHVMEDVITDDHLLHETQNVSILKRNVQISQSVSLSRQFQSYYRSSSSHSIFIDQGIRRIARKEDLLTILRQHVKSNVLHIDNKFYLQNVGIPQGSILSSLLCSFYYGHMENKRLVPFIDKV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G397810`
TK1151 ID	TkA02G397810
OH-1004 ID	LXL04_014777
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 30.747 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G397810

位置 Chr02:101069311-101070344 (-)

描述 Similar to TERT: Telomerase reverse transcriptase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g16850`	端粒酶是一种核糖核蛋白酶，对于大多数真核生物中染色体末端的复制至关重要。	Molecular cloning and characterization of AtTERT, a telomerase reverse transcriptase homolog in Arabidopsis thaliana.1999 · DOI: 10.1016/s0014-5793(99)01083-2 Disruption of the telomerase catalytic subunit gene from Arabidopsis inactivates telomerase and leads to a slow loss of telomeric DNA.1999 · DOI: 10.1073/pnas.96.26.14813 Rearrangements of ribosomal DNA clusters in late generation telomerase-deficient Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1007/s00412-003-0251-7

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0293100`	端粒酶是一种核糖核蛋白酶，对于大多数真核生物中染色体末端的复制至关重要。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014777 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0010449 root meristem growth 生物过程

GO:0019827 stem cell population maintenance 生物过程

GO:0050000 chromosome localization 生物过程

GO:0000333 telomerase catalytic core complex 细胞组分

GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005697 telomerase holoenzyme complex 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G16850

bta:518884

cfa:403412

dosa:Os12g0293100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.846

排名 1 · TkA02G397810 · TK1151

细胞质0.159

排名 2 · TkA02G397810 · TK1151

线粒体0.026

排名 3 · TkA02G397810 · TK1151

细胞膜0.023

排名 4 · TkA02G397810 · TK1151

细胞外0.019

排名 5 · TkA02G397810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00078RVT_160-310 aa

PF27577ESF2_C221-228 aa

PF27577ESF2_C280-297 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G397810	`PF00078`	RVT_1	60	310	2.9e-12	47.6
TkA02G397810	`PF27577`	ESF2_C	221	228	0.04	14.1
TkA02G397810	`PF27577`	ESF2_C	280	297	0.04	14.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SPU7`	拟南芥	sp\|Q9SPU7\|TERT_ARATH Telomerase reverse transcriptase	39.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8LKW0`	水稻	sp\|Q8LKW0\|TERT_ORYSJ Telomerase reverse transcriptase	39.600%	Swiss-Prot	中等置信

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