TkA02G395550 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G395550

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 100447133-100450189 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1262 bp · TkA02G395550|TK1151|cDNA

CTAACTCTAAGTAATCTCATTGTGTTTATCTTCATAAAATCACAATTTTACAAAGTCAACGCTATCAAAATAACCATGTCTTCTTCCGGTGTTAACCTAGAAAGTTTTCTAATTCCGCTGAAAGAGATCAACTTGGCAACTCAAGACTTCAACCCCGAAACACGCATCGGAGATGGTGGATTCGGTATGGTCCACAAAGGACAACTCTCAGAACCATGGCAAAACCGCACAGTTGCCATCAAACGCCTCGATCTCAAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1029 bp · TkA02G395550|TK1151|CDS

ATGTCTTCTTCCGGTGTTAACCTAGAAAGTTTTCTAATTCCGCTGAAAGAGATCAACTTGGCAACTCAAGACTTCAACCCCGAAACACGCATCGGAGATGGTGGATTCGGTATGGTCCACAAAGGACAACTCTCAGAACCATGGCAAAACCGCACAGTTGCCATCAAACGCCTCGATCTCAAAGGTTACCAAGGAAAGGACGAGTTCCTTACTGAGCTGAAGTTGATTTCCAAGTTTCAACACGAAAACATCATCCGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

342 aa · TkA02G395550|TK1151|PROTEIN

MSSSGVNLESFLIPLKEINLATQDFNPETRIGDGGFGMVHKGQLSEPWQNRTVAIKRLDLKGYQGKDEFLTELKLISKFQHENIIRFVGYCDQGEEMILVYEYASNGSLDHHLQDANRRRNLTWTKRLKICLGAARGLDYLHSGLGEDNRVIHRDIKSGNILLDENLDAKICDFGLSKESLRNQEDSSQVYTKVAGTNFYLDPIYLESGILRKESDVYSFGVVLFEMLSGMLVYHRRSLGDGKPQTLINLARRYYRNGLD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G395550`
TK1151 ID	TkA02G395550
OH-1004 ID	LXL04_014807
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 92.683 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G395550

位置 Chr02:100447133-100450189 (-)

描述 Similar to PBL23: Probable serine/threonine-protein kinase PBL23

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g59700`	可能的受体样蛋白激酶 At5g59700。	暂无已核实直接文献
`At3g46290`	营养生长过程中细胞伸长所需的受体样蛋白激酶，主要以油菜素甾醇独立的方式进行。	Three related receptor-like kinases are required for optimal cell elongation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0812346106
`At3g20530`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At5g61350`	可能的受体样蛋白激酶 At5g61350。	暂无已核实直接文献
`At2g02800`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014807 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010483 pollen tube reception 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0043680 filiform apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G20530

ath:AT3G46290

ath:AT5G02290

ath:AT5G59700

dosa:Os05g0110900

osa:4337593

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.461

排名 1 · TkA02G395550 · TK1151

细胞膜0.429

排名 2 · TkA02G395550 · TK1151

细胞核0.283

排名 3 · TkA02G395550 · TK1151

高尔基体0.043

排名 4 · TkA02G395550 · TK1151

内质网0.042

排名 5 · TkA02G395550 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase27-301 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr29-303 aa

PF03109ABC131-57 aa

PF01636APH137-166 aa

PF17667Pkinase_fungal142-198 aa

PF03109ABC1149-183 aa

PF12330Haspin_kinase153-195 aa

PF01757Acyl_transf_3212-259 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G395550	`PF00069`	Pkinase	27	301	2.7e-46	158.8
TkA02G395550	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	29	303	7.1e-48	163.9
TkA02G395550	`PF03109`	ABC1	31	57	0.0038	17.2
TkA02G395550	`PF01636`	APH	137	166	0.079	13.4
TkA02G395550	`PF17667`	Pkinase_fungal	142	198	0.055	12.9
TkA02G395550	`PF03109`	ABC1	149	183	0.0038	17.2
TkA02G395550	`PF12330`	Haspin_kinase	153	195	0.0052	16.6
TkA02G395550	`PF01757`	Acyl_transf_3	212	259	0.27	11.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FN92`	拟南芥	sp\|Q9FN92\|Y5597_ARATH Probable receptor-like protein kinase At5g59700	41.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LX66`	拟南芥	sp\|Q9LX66\|HERK_ARATH Receptor-like protein kinase HERK 1	40.700%	Swiss-Prot	中等置信
`F4JEQ2`	拟南芥	sp\|F4JEQ2\|PBL23_ARATH Probable serine/threonine-protein kinase PBL23	40.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FLJ8`	拟南芥	sp\|Q9FLJ8\|Y5613_ARATH Probable receptor-like protein kinase At5g61350	42.000%	Swiss-Prot	中等置信
`O49840`	拟南芥	sp\|O49840\|PBL3_ARATH Probable serine/threonine-protein kinase PBL3	37.900%	Swiss-Prot	中等置信

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