RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G336420
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 85347540-85353397 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3144 bp · TkA02G336420|TK1151|cDNA

CACTTTTAACACCCATTATTGCTTCATCGCTCTCGACACTTTTTTTTCTACAAGACATTGAATTTTCGCAGACAATCTGGATTTTTTCTTCATCTGCCGTTATTGGTTGCTGAGCTTTGATTTTGGCCATCGGAGATTGCAGCGATCAAGTATTATAGAGCAATTTTACTCAAAGACTGAAACCCGCCTACTTTCTACTAGCAACGAATCATCGTGATAGCTTCTCCGTTATTTCGAATATTTTGTGGTTGTTTTAGACC...

CDS

下载 CDS FASTA

2538 bp · TkA02G336420|TK1151|CDS

ATGGAGCCTGCCGTACCATCGCAACTTGTCGGTTCAGAGATTCATGGGTTTAAAACCATGCAAGATTTAGATGTACCCACCATGTTCGAGGAAGCCAAGACAAGATGGCTTCGGCCAAATGAGATCCATGCAATTCTTTGTAACCACAAGCATTTCAACATTCACGTGAAGCCTGTGAATTTGCCAAAAAGTGGCACCATTGTCCTATTTGACCGAAAGATGCTCAGAAACTTCCGAAAGGACGGGTACAACTGGAAAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

845 aa · TkA02G336420|TK1151|PROTEIN

MEPAVPSQLVGSEIHGFKTMQDLDVPTMFEEAKTRWLRPNEIHAILCNHKHFNIHVKPVNLPKSGTIVLFDRKMLRNFRKDGYNWKKKKDGKTVKEAHEHLKVGNDERIHVYYAHGEDQSTFVRRCYWLLDKKLENIVLVHYRDTQELQGSPTIESNSSSDPPASWNLSGENDGVDQVYKTEPIETIINHKMRLHEINTLEWEELVVPDDSNKSITPQGGNISYFDQGDQYGLNGIVDTMDPGFMNSTTDMLDTIGKDGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G336420
TK1151 IDTkA02G336420
OH-1004 IDLXL04_015411
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G336420
位置Chr02:85347540-85353397 (+)
描述Similar to CAMTA5: Calmodulin-binding transcription activator 5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g16150 转录激活因子。
Arabidopsis CAMTA family proteins enhance V-PPase expression in pollen.2003 · DOI: 10.1093/pcp/pcg137
Different Cold-Signaling Pathways Function in the Responses to Rapid and Gradual Decreases in Temperature.2017 · DOI: 10.1105/tpc.16.00669
At3g16940 转录激活因子，可在体外钙依赖性结合钙调蛋白。
A novel family of calmodulin-binding transcription activators in multicellular organisms.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m200268200
At2g22300 转录激活因子，可结合 DNA 共识序列 5'-[ACG]CGCG[GTC]-3'。
Calmodulin-binding transcription activator (CAMTA) 3 mediates biotic defense responses in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1016/j.febslet.2008.02.037
Ca(2+)/calmodulin regulates salicylic-acid-mediated plant immunity.2009 · DOI: 10.1038/nature07612
Roles for Arabidopsis CAMTA transcription factors in cold-regulated gene expression and freezing tolerance.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.063958
Brush and spray: a high-throughput systemic acquired resistance assay suitable for large-scale genetic screening.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.182089
The calmodulin-binding transcription factor SIGNAL RESPONSIVE1 is a novel regulator of glucosinolate metabolism and herbivory tolerance in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcs143
Roles of CAMTA transcription factors and salicylic acid in configuring the low-temperature transcriptome and freezing tolerance of Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12205
A key general stress response motif is regulated non-uniformly by CAMTA transcription factors.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12620
Distinct roles for mitogen-activated protein kinase signaling and CALMODULIN-BINDING TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR3 in regulating the peak time and amplitude of the plant general stress response.2014 · DOI: 10.1104/pp.114.245944
Different Cold-Signaling Pathways Function in the Responses to Rapid and Gradual Decreases in Temperature.2017 · DOI: 10.1105/tpc.16.00669
Matching NLR Immune Receptors to Autoimmunity in camta3 Mutants Using Antimorphic NLR Alleles.2017 · DOI: 10.1016/j.chom.2017.03.005
At1g67310 结合 DNA 共识序列 5'-[ACG]CGCG[GTC]-3' 的转录激活因子（通过相似性）。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0490200 转录激活因子，可在体外钙依赖性结合钙调蛋白。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015411 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0070417 cellular response to cold 生物过程
GO:0106167 extracellular ATP signaling 生物过程
GO:1900367 positive regulation of defense response to insect 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G22300
ath:AT3G16940
ath:AT4G15200
ath:AT4G15950
ath:AT4G16150
ath:AT4G17100
ath:AT4G35335
dosa:Os07g0490200
osa:4343265
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.489
排名 1 · TkA02G336420 · TK1151
细胞核0.444
排名 2 · TkA02G336420 · TK1151
细胞膜0.131
排名 3 · TkA02G336420 · TK1151
内质网0.046
排名 4 · TkA02G336420 · TK1151
高尔基体0.043
排名 5 · TkA02G336420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03859CG-131-144 aa
PF23090MBTPS1_4th50-135 aa
PF23090MBTPS1_4th222-271 aa
PF01833TIG296-381 aa
PF13606Ank_3471-484 aa
PF12796Ank_2478-560 aa
PF13637Ank_4478-507 aa
PF12796Ank_2521-593 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G336420PF03859CG-1311445.4e-46155.8
TkA02G336420PF23090MBTPS1_4th501350.05813.5
TkA02G336420PF23090MBTPS1_4th2222710.05813.5
TkA02G336420PF01833TIG2963815.7e-0730.2
TkA02G336420PF13606Ank_34714840.004718.0
TkA02G336420PF12796Ank_24785605.1e-1350.1
TkA02G336420PF13637Ank_44785078.2e-0626.7
TkA02G336420PF12796Ank_25215935.1e-1350.1
TkA02G336420PF13637Ank_45225528.2e-0626.7
TkA02G336420PF13857Ank_55265620.2712.4
TkA02G336420PF00023Ank5325621.8e-0834.9
TkA02G336420PF13606Ank_35325590.004718.0
TkA02G336420PF13637Ank_45365908.2e-0626.7
TkA02G336420PF00023Ank5715911.8e-0834.9
TkA02G336420PF13606Ank_35715920.004718.0
TkA02G336420PF27003DUF83246197135.28.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O23463拟南芥sp|O23463|CMTA5_ARATH Calmodulin-binding transcription activator 553.700%Swiss-Prot高置信
Q9LSP8拟南芥sp|Q9LSP8|CMTA6_ARATH Calmodulin-binding transcription activator 652.500%Swiss-Prot高置信
Q8GSA7拟南芥sp|Q8GSA7|CMTA3_ARATH Calmodulin-binding transcription activator 330.600%Swiss-Prot中等置信
Q9FYG2拟南芥sp|Q9FYG2|CMTA4_ARATH Calmodulin-binding transcription activator 428.100%Swiss-Prot低置信
Q7XHR2水稻sp|Q7XHR2|CBT_ORYSJ Calmodulin-binding transcription activator CBT43.700%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看