TkA02G312240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G312240

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 79450215-79454358 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1617 bp · TkA02G312240|TK1151|cDNA

ATGGAGGGTAGGGAGGGATTTAGAGTTAATAGTTCAAACATATGGAGGAACAGTGGTAGAGATTTCTTCTCAAGATCTTCACGTGAAGAAGACGATGAAGAAGCATTAAAATGGGCTGCAATTGAACGACTGCCCACTAATCTTCGATTACAGAGAGGCATACTGACCGAAGAAAAAGGCTGCCCGAAAGAGATTAATGTTAAGAATCTTGGATTGGTTGACAGAATGAATCTGTTAGAGAGGCTCGTTAAGATAGCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1617 bp · TkA02G312240|TK1151|CDS

ATGGAGGGTAGGGAGGGATTTAGAGTTAATAGTTCAAACATATGGAGGAACAGTGGTAGAGATTTCTTCTCAAGATCTTCACGTGAAGAAGACGATGAAGAAGCATTAAAATGGGCTGCAATTGAACGACTGCCCACTAATCTTCGATTACAGAGAGGCATACTGACCGAAGAAAAAGGCTGCCCGAAAGAGATTAATGTTAAGAATCTTGGATTGGTTGACAGAATGAATCTGTTAGAGAGGCTCGTTAAGATAGCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

538 aa · TkA02G312240|TK1151|PROTEIN

MEGREGFRVNSSNIWRNSGRDFFSRSSREEDDEEALKWAAIERLPTNLRLQRGILTEEKGCPKEINVKNLGLVDRMNLLERLVKIAEEDNEKFLMKLKQRIDRALPTIFNFLINILEVLLLSPSVQNRIPKLGTCSNRYRSVTELPGSLNYLHLLPSRKKSLPILHDVSGIVKPGRMTLLLGPPSSGKTTLLLALAGKLGSDLQVSGKVTYNGHEMDEFVPQRTSAYISQYDLHIGEMTVRETLAFSARCQGVGANYEML...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G312240`
TK1151 ID	TkA02G312240
OH-1004 ID	LXL04_015583
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	89.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.814 / OH-1004 36.828 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G312240`
位置	Chr02:79450215-79454358 (-)
描述	Similar to PDR1: Pleiotropic drug resistance protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_015583` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程 GO:0009408 response to heat 生物过程 GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0009414 response to water deprivation 生物过程 GO:0009723 response to ethylene 生物过程 GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程 GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程 GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程 GO:0009914 hormone transport 生物过程 GO:0010193 response to ozone 生物过程 GO:0010496 intercellular transport 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G15520 dosa:Os01g0609300 nta:107799533 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.337

排名 1 · TkA02G312240 · TK1151

细胞质0.244

排名 2 · TkA02G312240 · TK1151

细胞核0.152

排名 3 · TkA02G312240 · TK1151

内质网0.115

排名 4 · TkA02G312240 · TK1151

线粒体0.088

排名 5 · TkA02G312240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005ABC_tran165-347 aa

PF13481AAA_25168-231 aa

PF20720nSTAND3171-202 aa

PF13191AAA_16174-274 aa

PF13555AAA_29175-195 aa

PF06068TIP49175-204 aa

PF13304AAA_21178-196 aa

PF00004AAA179-203 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G312240	`PF00005`	ABC_tran	165	347	1.4e-17	65.3
TkA02G312240	`PF13481`	AAA_25	168	231	0.00094	19.6
TkA02G312240	`PF20720`	nSTAND3	171	202	0.13	12.6
TkA02G312240	`PF13191`	AAA_16	174	274	0.003	18.8
TkA02G312240	`PF13555`	AAA_29	175	195	0.038	14.5
TkA02G312240	`PF06068`	TIP49	175	204	0.05	13.5
TkA02G312240	`PF13304`	AAA_21	178	196	0.047	14.4
TkA02G312240	`PF00004`	AAA	179	203	0.016	16.4
TkA02G312240	`PF13521`	AAA_28	179	200	0.024	15.6
TkA02G312240	`PF19975`	DO-GTPase1	179	212	0.26	11.2
TkA02G312240	`PF19993`	DO-GTPase2	180	200	0.33	11.3
TkA02G312240	`PF02463`	SMC_N	320	366	0.19	11.8
TkA02G312240	`PF00004`	AAA	338	354	0.016	16.4
TkA02G312240	`PF13304`	AAA_21	338	364	0.047	14.4
TkA02G312240	`PF19055`	ABC2_membrane_7	380	434	3e-07	30.4
TkA02G312240	`PF13191`	AAA_16	457	486	0.003	18.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情