TkA02G285430 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G285430

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 72898367-72902349 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1955 bp · TkA02G285430|TK1151|cDNA

CGAGTATATGATAAAACTAATTTCAAATTTATGTTATATCTACCACCAAAATAACAGAGCCCCTAAATTGCACTCGACTGCAGAAGCTAGGGTTCGCACTTTCCCATCCAGCATCTCTGTCCGAGAATCCATATCAGCTTCCCCAATCGAATTTAATCCTCCAAAGCCCTAATCTGGTACTTGGAGAACAACTACACTTTAGATAATGGACTTCGACGAGTACGAGTACTTGGAGAAGACAGTCGACGAACCTGACACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

987 bp · TkA02G285430|TK1151|CDS

ATGCCCCTGAAGGCAACTGAATGGGATGTTTATGAGTTCTTTTCTAAAGCAGGAAAGGTGAGAGATGTGCGATTAATCATGGATAGGAATTCAAGAAGGTCGAAAGGAGTTGGGTACATTGAGTTTTATGATGCGATGTCAGTGCCAATGGCAATTGCTCTGTGTGGTCAACTACTTCTCGGGCAGCCCGTGATGGTCAAACCTTCAGAAGCTGAGAAGAATCTTGTCCAGTCAACTGCTGCAAGTGGGGCAGCTGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

329 aa · TkA02G285430|TK1151|PROTEIN

MPLKATEWDVYEFFSKAGKVRDVRLIMDRNSRRSKGVGYIEFYDAMSVPMAIALCGQLLLGQPVMVKPSEAEKNLVQSTAASGAAGGVNGPYGAVDRKLYVGNLHFNMNELQLKQIFEAFGPVEVVQLPTDPETGHCKGFGFVQFAQLEHAKAAQSLNGKLEIAGRTIKVSSVADHISAQDTGAKAADFDDDDGGGLALNAQSRVMLMAKLDRSGITSGITGAPLVNGSGPIQGMNLGAATVPILPPQIVSEPIGNPSEC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G285430`
TK1151 ID	TkA02G285430
OH-1004 ID	LXL04_015784
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 56.822 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G285430`
位置	Chr02:72898367-72902349 (+)
描述	Similar to Rbm39: RNA-binding protein 39
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_015784` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006396 RNA processing 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0031397 negative regulation of protein ubiquitination 生物过程 GO:0033120 positive regulation of RNA splicing 生物过程 GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0048024 regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
KEGG 基因交叉引用	hsa:55147 hsa:9584 mmu:170791 mmu:22185 spo:2542545 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.700

排名 1 · TkA02G285430 · TK1151

细胞质0.498

排名 2 · TkA02G285430 · TK1151

细胞膜0.055

排名 3 · TkA02G285430 · TK1151

内质网0.033

排名 4 · TkA02G285430 · TK1151

溶酶体／液泡0.027

排名 5 · TkA02G285430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22976RRM_102-56 aa

PF00076RRM_13-62 aa

PF08777RRM_39-23 aa

PF14605Nup35_RRM_29-51 aa

PF16842RRM_occluded12-30 aa

PF28977DUF848915-33 aa

PF16367RRM_730-55 aa

PF16367RRM_797-143 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G285430	`PF22976`	RRM_10	2	56	0.0031	18.3
TkA02G285430	`PF00076`	RRM_1	3	62	8.6e-41	138.4
TkA02G285430	`PF08777`	RRM_3	9	23	0.0035	18.1
TkA02G285430	`PF14605`	Nup35_RRM_2	9	51	0.041	14.5
TkA02G285430	`PF16842`	RRM_occluded	12	30	0.023	15.2
TkA02G285430	`PF28977`	DUF8489	15	33	0.033	15.1
TkA02G285430	`PF16367`	RRM_7	30	55	0.00015	22.4
TkA02G285430	`PF16367`	RRM_7	97	143	0.00015	22.4
TkA02G285430	`PF22976`	RRM_10	98	157	0.0031	18.3
TkA02G285430	`PF00076`	RRM_1	99	169	8.6e-41	138.4
TkA02G285430	`PF28976`	RRM_ACIN1	99	155	0.0047	17.7
TkA02G285430	`PF16842`	RRM_occluded	99	175	0.023	15.2
TkA02G285430	`PF08777`	RRM_3	111	154	0.0035	18.1
TkA02G285430	`PF26250`	RRM_RdRP1_2	126	158	0.002	19.2
TkA02G285430	`PF29326`	RRM_MUD2_C	142	173	8.9e-07	29.7
TkA02G285430	`PF28977`	DUF8489	150	160	0.033	15.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情