TkA02G173970 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G173970

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 44718255-44720466 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1213 bp · TkA02G173970|TK1151|cDNA

TTTTTCTTGTGTAATATTTGGCATGGAAATAGATATTTGCCCGCCCTTTCTATTTTTCTTTTCTTCTTTCTTTCTTCCCAAGCACAAGAACCCTAATTAAAAGCTTTCATTATTCACAATTTTTTCTCATATCAAAAGCCATATCCTCCACTAGTTGGTCTCGATTTGAAATATGGTAGTCGGCAGAATTACATCCCGGATTGCAAGGAACGTCGTTACTCGGTATCAAAGCTCTTCGATCCTCCACGGCCGACCTGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

834 bp · TkA02G173970|TK1151|CDS

ATGGTAGTCGGCAGAATTACATCCCGGATTGCAAGGAACGTCGTTACTCGGTATCAAAGCTCTTCGATCCTCCACGGCCGACCTGATAGTCATCGCACGATTCCAATAATCGGAAATCGTTTTCCTGGTTCACAGAACAAGGTAATAAACAATTCTTTTCTCACTTCATCTGCCTTCCAAAGATTCAGCCTCTCATCATCTGCATCTCCACAACCCAACGAAAAGGGAGCTTCCGAAAACGGAAAAGAAACCACAACCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

277 aa · TkA02G173970|TK1151|PROTEIN

MVVGRITSRIARNVVTRYQSSSILHGRPDSHRTIPIIGNRFPGSQNKVINNSFLTSSAFQRFSLSSSASPQPNEKGASENGKETTTDENSPPKEASDDLTMEDMIGLVTEKEELLKTKQEQIKNLEDKLLRSYADMENVMARTKREAENSKKFAIQNFAKSLLDVADNLDRASSVVKESFSKIDTSGDTAGAVPLLKTLLEGVEMTEKQLAEVFKKFGVEKYDPTNEEFDPNRHNAVFQVPDPSKSPDTVAVVLKAGYML...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G173970`
TK1151 ID	TkA02G173970
OH-1004 ID	LXL04_016221
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G173970

位置 Chr02:44718255-44720466 (-)

描述 Similar to Mge1: GrpE protein homolog 1, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g26780`	PAM复合物的必需成分，该复合物在ATP依赖方式下将含有易位肽的蛋白质从内膜转运到线粒体基质中（通过相似性推测）。	Recent gene duplication and subfunctionalization produced a mitochondrial GrpE, the nucleotide exchange factor of the Hsp70 complex, specialized in thermotolerance to chronic heat stress in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.187674
`At5g55200`	PAM复合物的必需成分，该复合物在ATP依赖方式下将含有易位肽的蛋白质从内膜转运到线粒体基质中（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016221 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0030150 protein import into mitochondrial matrix 生物过程

GO:0001405 PAM complex, Tim23 associated import motor 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0000774 adenyl-nucleotide exchange factor activity 分子功能

GO:0005507 copper ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G26780

ath:AT5G55200

bra:BRADO0171

nwi:Nwi_0195

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.920

排名 1 · TkA02G173970 · TK1151

细胞质0.080

排名 2 · TkA02G173970 · TK1151

质体0.050

排名 3 · TkA02G173970 · TK1151

细胞核0.050

排名 4 · TkA02G173970 · TK1151

细胞膜0.021

排名 5 · TkA02G173970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30465Akirin59-131 aa

PF03618Kinase-PPPase89-147 aa

PF01025GrpE109-273 aa

PF15005IZUMO119-224 aa

PF10437Lip_prot_lig_C119-130 aa

PF00076RRM_1128-160 aa

PF13499EF-hand_7162-188 aa

PF10437Lip_prot_lig_C175-224 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G173970	`PF30465`	Akirin	59	131	0.086	14.1
TkA02G173970	`PF03618`	Kinase-PPPase	89	147	0.031	14.6
TkA02G173970	`PF01025`	GrpE	109	273	3.9e-50	170.5
TkA02G173970	`PF15005`	IZUMO	119	224	0.0002	22.7
TkA02G173970	`PF10437`	Lip_prot_lig_C	119	130	0.11	13.2
TkA02G173970	`PF00076`	RRM_1	128	160	0.19	12.3
TkA02G173970	`PF13499`	EF-hand_7	162	188	0.36	11.9
TkA02G173970	`PF10437`	Lip_prot_lig_C	175	224	0.11	13.2
TkA02G173970	`PF13499`	EF-hand_7	177	219	0.36	11.9
TkA02G173970	`PF18606`	HTH_53	195	222	0.16	12.4
TkA02G173970	`PF00076`	RRM_1	204	220	0.19	12.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LB47`	拟南芥	sp\|Q8LB47\|MGE2_ARATH GrpE protein homolog 2, mitochondrial	54.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FLP3`	拟南芥	sp\|Q9FLP3\|MGE1_ARATH GrpE protein homolog 1, mitochondrial	53.500%	Swiss-Prot	高置信

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