TkA02G156020 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G156020

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 40033128-40035748 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1869 bp · TkA02G156020|TK1151|cDNA

GGAAGGAATTTTTTTGATCGTTACCAAATTCTTCTAAAAGTCTGCCAGCCCTTCCTTCCCCACTTCCCCAAAAACCCAAAACCAAAAAAGATATATAAATCAGTCCCTCGTCTTCACTCATTTCTAAACCCCATTTCCACTTTCTTGCAATACAGACCGCCATCGCACAAAACCCTCGACCCGTACTCGATAAAGATTGATCATGCTTTGTTCGATTCAGCGAATGGTCTGCAATCCATTAACCGTCAACAAGTACAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1407 bp · TkA02G156020|TK1151|CDS

ATGCTTTGTTCGATTCAGCGAATGGTCTGCAATCCATTAACCGTCAACAAGTACAACAAATCCCTAATCGGCGGAAATACGAGCAACTCTGACGGCATTAGTCAACTCCCGGATTGCATTCTTCATCATATCCTCTCATTTATTCCCACAAAAGACGTTGTCAAGACCTCAATACTATCAAAAAGATGGAAAAATCTCTGGACATCCGTTTCAAATCTAGACTTTGATGACGCATTACTGTACAAAGAAATGGACGGCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

468 aa · TkA02G156020|TK1151|PROTEIN

MLCSIQRMVCNPLTVNKYNKSLIGGNTSNSDGISQLPDCILHHILSFIPTKDVVKTSILSKRWKNLWTSVSNLDFDDALLYKEMDGQDPPNETSFMNFVDRVLLFCDTLNINKFRLSCRVCFNPSRIHTWISSAILHNVHELDLCLFTEDPFTLPQSIFSSISLTTLKIEMNCDLQIPSSITLPNLKTLHLSLITFPDDDLTQKLFSGCLALEELVLLDCEWTNLKNILISSSNLKRLTIDDLPYFGPPDDPGGCKITID...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G156020`
TK1151 ID	TkA02G156020
OH-1004 ID	LXL04_016325
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G156020

位置 Chr02:40033128-40035748 (-)

描述 Similar to At3g49150: Putative F-box/LRR-repeat protein At3g49150

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g49150`	推测的 F-盒/LRR 重复蛋白 At3g49150。	暂无已核实直接文献
`At3g58860`	假定的F-box蛋白 At3g58860。	暂无已核实直接文献
`At3g59200`	F-box/LRR重复蛋白 At3g59200。	暂无已核实直接文献
`At3g59190`	F-box/LRR重复蛋白 At3g59190。	暂无已核实直接文献
`At3g59210`	F-box/LRR 重复蛋白 At3g59210。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016325 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G58860

ath:AT3G59190

ath:AT3G59200

ath:AT4G14096

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.812

排名 1 · TkA02G156020 · TK1151

细胞质0.287

排名 2 · TkA02G156020 · TK1151

内质网0.029

排名 3 · TkA02G156020 · TK1151

细胞膜0.029

排名 4 · TkA02G156020 · TK1151

质体0.017

排名 5 · TkA02G156020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box33-72 aa

PF12937F-box-like33-66 aa

PF08387FBD35-44 aa

PF00646F-box101-119 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF1113-376 aa

PF24758LRR_At5g56370128-240 aa

PF12799LRR_4136-144 aa

PF12799LRR_4163-192 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G156020	`PF00646`	F-box	33	72	1.3e-10	41.5
TkA02G156020	`PF12937`	F-box-like	33	66	4.8e-05	23.7
TkA02G156020	`PF08387`	FBD	35	44	0.087	13.4
TkA02G156020	`PF00646`	F-box	101	119	1.3e-10	41.5
TkA02G156020	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	113	376	2.9e-12	47.4
TkA02G156020	`PF24758`	LRR_At5g56370	128	240	7.6e-17	62.5
TkA02G156020	`PF12799`	LRR_4	136	144	6.7	7.8
TkA02G156020	`PF12799`	LRR_4	163	192	6.7	7.8
TkA02G156020	`PF07723`	LRR_2	185	209	7.6e-05	23.9
TkA02G156020	`PF07723`	LRR_2	212	224	7.6e-05	23.9
TkA02G156020	`PF12799`	LRR_4	212	226	6.7	7.8
TkA02G156020	`PF08387`	FBD	226	240	0.087	13.4
TkA02G156020	`PF07723`	LRR_2	234	241	7.6e-05	23.9
TkA02G156020	`PF24758`	LRR_At5g56370	304	335	7.6e-17	62.5
TkA02G156020	`PF12799`	LRR_4	308	327	6.7	7.8
TkA02G156020	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	321	378	2.9e-12	47.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M3B7`	拟南芥	sp\|Q9M3B7\|FBL54_ARATH Putative F-box/LRR-repeat protein At3g49150	36.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LXR6`	拟南芥	sp\|Q9LXR6\|FB207_ARATH Putative F-box protein At3g58860	30.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LX51`	拟南芥	sp\|Q9LX51\|FBL64_ARATH F-box/LRR-repeat protein At3g59200	33.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q1PED9`	拟南芥	sp\|Q1PED9\|FBL63_ARATH F-box/LRR-repeat protein At3g59190	32.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GW80`	拟南芥	sp\|Q8GW80\|FBL65_ARATH F-box/LRR-repeat protein At3g59210	33.300%	Swiss-Prot	中等置信

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