TkA02G112170 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G112170

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 29351936-29355057 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2993 bp · TkA02G112170|TK1151|cDNA

CTAAACGAAAACAATGTTACCATTTTAAAAGTTCATAATAGCTGGCAACCTGGAGTAGCAGATCATAAGGACTTGTTGTATACAAAACTGAAACAATAAGAACTTATTTAACAAAAAAATACAATAGGAACGAAATGTGGATAAACCTGAAGTAACATTACCCGAATCGTTTTCGTAATTTTAAAACTACCTCATTTTTTGGTAATTAAGTTTTTCAAATACAACCATAGGTCAAAAACTGAACATTTCATGCCTGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1206 bp · TkA02G112170|TK1151|CDS

ATGCCTGATGAACAAAAGTTCGGTTTATGGCAGCTTCCGGATTTTGGTTCGAAAAATAAGATGATTTCTCGTCCGATCGTAGCTTGCAATACCAAACTTCCCAAAACCTATCTGATCTTCCTTCAACTAAACTTGTATCACTCAACTGTTTCACTCAGTTCTTCTATAAAACTCGATCCCCTCGACTTACGCAATTACAAAGACTGGTTAAGTCCGACTGAAGTCATCAAGATTTTCGAAACCCTAAAAAATCCCAATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

401 aa · TkA02G112170|TK1151|PROTEIN

MPDEQKFGLWQLPDFGSKNKMISRPIVACNTKLPKTYLIFLQLNLYHSTVSLSSSIKLDPLDLRNYKDWLSPTEVIKIFETLKNPNSTLTVLNQLSKRKDYKPNEALYTSVINNLSEAKNFDGIEEVMKRIKVEKSCRLSDGFFYNVIRIYGLRAGRINRAIETLFDMPNYSSWPTPKTFNFVLNLLVNTKQFDVIHEVYMGAGKLGVEVDACCLNIMIKGLCKNGKINDALQVFDEFPKQNCKPNVRTFSTLMHGLCSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G112170`
TK1151 ID	TkA02G112170
OH-1004 ID	LXL04_016679
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.012 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G112170

位置 Chr02:29351936-29355057 (-)

描述 Similar to At3g14580: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g14580, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14580`	含五节重复序列蛋白At3g14580，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016679 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G14580

ath:AT4G20090

ath:AT5G46100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.865

排名 1 · TkA02G112170 · TK1151

质体0.067

排名 2 · TkA02G112170 · TK1151

细胞核0.051

排名 3 · TkA02G112170 · TK1151

细胞质0.033

排名 4 · TkA02G112170 · TK1151

细胞膜0.011

排名 5 · TkA02G112170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00637Clathrin64-130 aa

PF23276TPR_2476-131 aa

PF29978ATP18_TPR88-122 aa

PF29070MSC6_N90-129 aa

PF30136MSC6_C90-107 aa

PF17177PPR_long91-134 aa

PF13812PPR_397-134 aa

PF12854PPR_1100-113 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G112170	`PF00637`	Clathrin	64	130	0.012	16.1
TkA02G112170	`PF23276`	TPR_24	76	131	4.3e-14	53.3
TkA02G112170	`PF29978`	ATP18_TPR	88	122	0.15	12.7
TkA02G112170	`PF29070`	MSC6_N	90	129	8.7e-16	58.7
TkA02G112170	`PF30136`	MSC6_C	90	107	0.035	14.2
TkA02G112170	`PF17177`	PPR_long	91	134	1.3e-14	54.9
TkA02G112170	`PF13812`	PPR_3	97	134	1.3e-18	67.5
TkA02G112170	`PF12854`	PPR_1	100	113	1.9e-40	137.0
TkA02G112170	`PF13041`	PPR_2	103	129	7.3e-41	138.8
TkA02G112170	`PF25569`	TPR_ZFYVE26	105	151	0.012	16.6
TkA02G112170	`PF12921`	ATP13	106	131	0.085	13.5
TkA02G112170	`PF01535`	PPR	108	133	2e-32	109.8
TkA02G112170	`PF10037`	MRP-S27	110	193	3.3e-07	30.3
TkA02G112170	`PF23276`	TPR_24	136	237	4.3e-14	53.3
TkA02G112170	`PF13041`	PPR_2	153	188	7.3e-41	138.8
TkA02G112170	`PF12854`	PPR_1	154	168	1.9e-40	137.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LUD6`	拟南芥	sp\|Q9LUD6\|PP230_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g14580, mitochondrial	58.000%	Swiss-Prot	低置信

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