TkA02G100220 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G100220

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 26190522-26196995 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2480 bp · TkA02G100220|TK1151|cDNA

AATAGGGTTAATTTGGTATTTGCTATTTTTGGCTAACGGAATAGGGAAAGAAAATAGTCACGCCGTCCGTCTCTTCATTCTGGTCTGTGTATGTCAATTTCGAACTAGTCCCACACACCATCTCGTCGTCGCCACTCGCCACTCCCGGAATCGATTTCGACGGCCCTCTGCTCCTCCAGTTCCCGTCGACGACGTCGACCCTACTCGAGTGCTCGGACAGTCGCTCGCAGTCGCAGCTCGCCTCGCCCTCACTCCTCACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1923 bp · TkA02G100220|TK1151|CDS

ATGTATTTAATGCTGAGTTCAACCAGTTTCCTTCACAACAGTCCCAGCCATCAAGTTGGTGTTACTTCAGCCATCTGTTCCAATAGAACTACATTCAGGAGCTTTAACAGCACTTCTTTTTCTTCATGCTCTTCTTCTTCTTCTTCATGTTCAATGATCAACCAACAAATTGGTCGCAACATGACTTGTCGAGCATCCATGGAAACTGATGTTTCAATTAAGAAGGAGCAAATGCCACCAGCTCATGGACTATCTGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

640 aa · TkA02G100220|TK1151|PROTEIN

MYLMLSSTSFLHNSPSHQVGVTSAICSNRTTFRSFNSTSFSSCSSSSSSCSMINQQIGRNMTCRASMETDVSIKKEQMPPAHGLSEKIVGVLGGGQLGRMLCQAASQMSIKVNILDPLVNCPASTICHHHMVGSFDNSITVEEFAKRCDILTVEIEHVDADTLEKLEKQGVDCQPKASTIRIIQDKFLQKVHFSRHGIPLPKFMQIDDEESAKKAGLEFGYPLMVKSRRLAYDGRGNAVAKSEQELTSAINALGGFGHGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G100220`
TK1151 ID	TkA02G100220
OH-1004 ID	LXL04_016810
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G100220`
位置	Chr02:26190522-26196995 (+)
描述	Similar to PURKE: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, chloroplastic (Fragment)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_016810` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006144 purine nucleobase metabolic process 生物过程 GO:0006189 'de novo' IMP biosynthetic process 生物过程 GO:0009113 purine nucleobase biosynthetic process 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0004638 phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity 分子功能 GO:0005524 ATP binding 分子功能 GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	cgr:2890129 sce:YOR128C spo:2538734 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.906

排名 1 · TkA02G100220 · TK1151

线粒体0.141

排名 2 · TkA02G100220 · TK1151

细胞质0.029

排名 3 · TkA02G100220 · TK1151

细胞核0.019

排名 4 · TkA02G100220 · TK1151

过氧化物酶体0.012

排名 5 · TkA02G100220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF028262-Hacid_dh_C74-155 aa

PF22660RS_preATP-grasp-like88-184 aa

PF07478Dala_Dala_lig_C134-155 aa

PF08443RimK184-253 aa

PF02655ATP-grasp_3184-355 aa

PF01071GARS_A186-252 aa

PF02786CPSase_L_D2190-355 aa

PF02222ATP-grasp192-370 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G100220	`PF02826`	2-Hacid_dh_C	74	155	0.0002	21.5
TkA02G100220	`PF22660`	RS_preATP-grasp-like	88	184	3.9e-31	108.0
TkA02G100220	`PF07478`	Dala_Dala_lig_C	134	155	2.6e-10	40.9
TkA02G100220	`PF08443`	RimK	184	253	0.097	13.0
TkA02G100220	`PF02655`	ATP-grasp_3	184	355	0.15	12.8
TkA02G100220	`PF01071`	GARS_A	186	252	0.0062	17.1
TkA02G100220	`PF02786`	CPSase_L_D2	190	355	5.7e-06	26.7
TkA02G100220	`PF02222`	ATP-grasp	192	370	2.5e-62	210.4
TkA02G100220	`PF07478`	Dala_Dala_lig_C	194	354	2.6e-10	40.9
TkA02G100220	`PF00731`	AIRC	319	344	2.2e-66	222.7
TkA02G100220	`PF17769`	PurK_C	392	453	6.5e-17	61.7
TkA02G100220	`PF00731`	AIRC	474	619	2.2e-66	222.7
TkA02G100220	`PF13685`	Fe-ADH_2	474	571	0.0079	16.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情