TkA02G097950 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G097950

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 25628796-25631041 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

731 bp · TkA02G097950|TK1151|cDNA

TTGCCATTGTTGCAGTGCAGACCGAATGGATTTCTCTCAGCTCACAGACGCAATGGCGTCAAGATCGTACGACAAAGTGGCTGATGTCTGTGATCAGCTTATGCTTCAGATTGCTTCACAAGGCGTTGCATTTCAAGACGAATGGCCGTATGCTGTTCATCTTCTAGGGCACATTTACCTTAACGATCTAAATAGTGCTCGGTTTCTATGGAAATCTGTACCAAATTCAGTCAAAGAAAGCCGCCCTGAAGTGGCGGCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

594 bp · TkA02G097950|TK1151|CDS

ATGGATTTCTCTCAGCTCACAGACGCAATGGCGTCAAGATCGTACGACAAAGTGGCTGATGTCTGTGATCAGCTTATGCTTCAGATTGCTTCACAAGGCGTTGCATTTCAAGACGAATGGCCGTATGCTGTTCATCTTCTAGGGCACATTTACCTTAACGATCTAAATAGTGCTCGGTTTCTATGGAAATCTGTACCAAATTCAGTCAAAGAAAGCCGCCCTGAAGTGGCGGCAGTTTGGAAAATAGGGCAGCAGTTGTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

197 aa · TkA02G097950|TK1151|PROTEIN

MDFSQLTDAMASRSYDKVADVCDQLMLQIASQGVAFQDEWPYAVHLLGHIYLNDLNSARFLWKSVPNSVKESRPEVAAVWKIGQQLWVRNYAGVYDSIRGFNWSAEIQDFIASFAERYTRRMLELLMSAYSTISIQDTALFLGMNENDATNYVMQQGWSVDVASKMLTVKKQVIVTEQKIDPSKLQRLTEYVFHLEH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G097950`
TK1151 ID	TkA02G097950
OH-1004 ID	LXL04_016846
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	88.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 68.504 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G097950

位置 Chr02:25628796-25631041 (+)

描述 Similar to CSN8: COP9 signalosome complex subunit 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14110`	COP9 信号体复合物的组成部分，该复合物参与各种细胞和发育过程，例如光形态发生以及生长素和茉莉酸反应。	Interactions of the COP9 signalosome with the E3 ubiquitin ligase SCFTIRI in mediating auxin response.2001 · DOI: 10.1126/science.1059776

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016846 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000338 protein deneddylation 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0010387 COP9 signalosome assembly 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0008180 COP9 signalosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G14110

dre:393198

pon:100171561

xla:443917

xtr:394711

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.665

排名 1 · TkA02G097950 · TK1151

细胞核0.413

排名 2 · TkA02G097950 · TK1151

高尔基体0.072

排名 3 · TkA02G097950 · TK1151

溶酶体／液泡0.069

排名 4 · TkA02G097950 · TK1151

内质网0.064

排名 5 · TkA02G097950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10075CSN8_PSD8_EIF3K5-20 aa

PF24767UBA_At5g587205-19 aa

PF10075CSN8_PSD8_EIF3K39-174 aa

PF29883DUF859761-108 aa

PF29883DUF8597106-156 aa

PF13852DUF4197107-156 aa

PF01399PCI108-155 aa

PF24767UBA_At5g58720120-139 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G097950	`PF10075`	CSN8_PSD8_EIF3K	5	20	4e-36	124.9
TkA02G097950	`PF24767`	UBA_At5g58720	5	19	0.17	12.4
TkA02G097950	`PF10075`	CSN8_PSD8_EIF3K	39	174	4e-36	124.9
TkA02G097950	`PF29883`	DUF8597	61	108	0.15	13.0
TkA02G097950	`PF29883`	DUF8597	106	156	0.15	13.0
TkA02G097950	`PF13852`	DUF4197	107	156	0.031	14.6
TkA02G097950	`PF01399`	PCI	108	155	0.13	13.2
TkA02G097950	`PF24767`	UBA_At5g58720	120	139	0.17	12.4
TkA02G097950	`PF20957`	GxGYxYP_N_2nd	155	181	0.097	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P43255`	拟南芥	sp\|P43255\|CSN8_ARATH COP9 signalosome complex subunit 8	60.900%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情