RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G097320
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 25461282-25470896 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1234 bp · TkA02G097320|TK1151|cDNA

GGATGCTTTAGGTTATTTGTGTTTTAATTATTACCCTTTTAGGTCTTTACCCAAAAGATTTAGCTCAGGCTTTTTGGATGCTTTAGAATATATATATTTCTTTGGTTACCCTTTAGGACTTTACCCAAAACGTTTCAAGCACGAAATCTGGTTTCACTTGAGATGCCTTACAGCAAAGTTGAACAACTTTGGGATGGGGGTGAACATAAGGTTCTTGACAAGCTCCGATTCCTCGACCTCCGTGGTTCAAAGTTGAGGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2646 bp · TkA02G097320|TK1151|CDS

ATGGCGGCTTCTTCTTCTTCATCCGTTCAGAAGAGCTTCAAATATGATGTATTTTTGAGTTTTAGAGGTACAGACACTCGTAAGAATTTTATCGATCATCTTTATCAGGCTCTTAAGGAGAAAGCTATATACACTTACAAGGACGACGAGAGAATCATGAAAGGGAAAAAGATCAGTGATGATCTCCTCGCATCCATTGAAGAGTCACAATTTTACATCGTGGTTTTCTCAAAAAACTATGCTTCTTCATCATGGTGCTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

881 aa · TkA02G097320|TK1151|PROTEIN

MAASSSSSVQKSFKYDVFLSFRGTDTRKNFIDHLYQALKEKAIYTYKDDERIMKGKKISDDLLASIEESQFYIVVFSKNYASSSWCLEELVKIMECHKTKKHTAYPVFLDVEPTEVRHQTGAVGEAFSTHEHNEVAGQWRKALKDASDLAGWELKNTANGSEASFIKKIIEDISLQLYTINFSFDKKLVGIETRVNDIVSSLEIGSDDVRMIGIKGMGGAGKTTLARAVFDKISIQFEGKSFVENVREVTTTSLTGLKSM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G097320
TK1151 IDTkA02G097320
OH-1004 IDLXL04_016943
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)74.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 80.477 / OH-1004 62.269
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G097320
位置Chr02:25461282-25470896 (+)
描述Similar to RPV1: Disease resistance protein RPV1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g16860 TIR-NB-LRR 类受体蛋白，可赋予拟南芥病原体 Hyaloperonospora arabidopsis 分离株 Emoy2 和 Emwa1（霜霉病）的抗性。
Arabidopsis RPP4 is a member of the RPP5 multigene family of TIR-NB-LRR genes and confers downy mildew resistance through multiple signalling components.2002 · DOI: 10.1046/j.0960-7412.2001.01229.x
A gain-of-function mutation in the Arabidopsis disease resistance gene RPP4 confers sensitivity to low temperature.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.157610

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016943 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007165 signal transduction 生物过程
GO:0019677 NAD+ catabolic process 生物过程
GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0003953 NAD+ nucleosidase activity 分子功能
GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能
GO:0043531 ADP binding 分子功能
GO:0050135 NADP+ nucleosidase activity 分子功能
GO:0061809 NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating 分子功能
KEGG 基因交叉引用暂无功能描述
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.456
排名 1 · TkA02G097320 · TK1151
细胞膜0.304
排名 2 · TkA02G097320 · TK1151
细胞核0.237
排名 3 · TkA02G097320 · TK1151
内质网0.101
排名 4 · TkA02G097320 · TK1151
细胞外0.063
排名 5 · TkA02G097320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00931NB-ARC6-72 aa
PF01582TIR14-177 aa
PF26659PH_DUOX14-42 aa
PF13676TIR_217-113 aa
PF13401AAA_2224-108 aa
PF24883NPHP3_N28-75 aa
PF13173AAA_14137-168 aa
PF04513Baculo_PEP_C159-229 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G097320PF00931NB-ARC6726.9e-2175.3
TkA02G097320PF01582TIR141772.8e-48164.8
TkA02G097320PF26659PH_DUOX14420.1112.9
TkA02G097320PF13676TIR_2171135.1e-1453.5
TkA02G097320PF13401AAA_22241080.0002422.2
TkA02G097320PF24883NPHP3_N28750.08113.8
TkA02G097320PF13173AAA_141371680.09813.4
TkA02G097320PF04513Baculo_PEP_C1592290.1412.9
TkA02G097320PF00931NB-ARC1923636.9e-2175.3
TkA02G097320PF13191AAA_161922570.02116.0
TkA02G097320PF25199nSTAND_NTPase51952280.0116.4
TkA02G097320PF01637ATPase_21963070.09313.2
TkA02G097320PF24883NPHP3_N2082360.08113.8
TkA02G097320PF13173AAA_142103080.09813.4
TkA02G097320PF05729NACHT2113080.004817.5
TkA02G097320PF13401AAA_222123090.0002422.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4JNA9拟南芥sp|F4JNA9|RPP4_ARATH Disease resistance protein RPP436.900%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看