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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G091120
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 23704000-23707527 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1902 bp · TkA02G091120|TK1151|cDNA

AAAAAGACCAAAATCGAGACGTATCAAAAACCTAAACACGATATCCTGGAAGTCCTGCTACTGTGTGCATCTGATATACCTTCAAACAATCTGTGCAGATACGGATTCGAGTTCGAGGAACGATCCACAGGCCAACGCAACCCTATTTTAGCCGTCGCTTCTCGTCGACACCACTCCAACTAAGATTCAGAAACCATGGCACATAGAATCTTAAGAGACGTAGAAGCTGATGGCTGGGAAAGATCCGACTTCCCAATCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1452 bp · TkA02G091120|TK1151|CDS

ATGGCACATAGAATCTTAAGAGACGTAGAAGCTGATGGCTGGGAAAGATCCGACTTCCCAATCATATGTGAATCATGTCTAGGTGACAATCCCTACATTCGAATGACAAAAGCAAATTATGATAAGGAGTGCAAGATCTGCACAAGGCCTTTTACTGTATTCAGATGGAGACCTGGTAGGGATGCAAGATACAAGAAAAGTGAAATCTGTCAAACTTGCAGTAAACTAAAAAATGTCTGTCAAGTTTGTTTGTTGGATCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

483 aa · TkA02G091120|TK1151|PROTEIN

MAHRILRDVEADGWERSDFPIICESCLGDNPYIRMTKANYDKECKICTRPFTVFRWRPGRDARYKKSEICQTCSKLKNVCQVCLLDLEYGLPVQVRDTALSITSHDSIPKSDVNREYFAEEHDRKARAGLDYESSYGKERPNDTILKLQRTTPYYKRNRAHICSFFIRGECTRGAECPYRHEMPETGELSQQNIKDRYYGVNDPVALKLLSKAGEMPSLEPPVDETIRTLYIGGIDARIIEQDLRDNFYTHGEIESVKIV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G091120
TK1151 IDTkA02G091120
OH-1004 IDLXL04_038790
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)84.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 79.710 / OH-1004 78.926
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G091120
位置Chr02:23704000-23707527 (-)
描述Similar to Os06g0170500: Zinc finger CCCH domain-containing protein 40
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g07360 含锌指CCCH结构域的蛋白质4。 暂无已核实直接文献
At2g29580 含锌指CCCH结构域的蛋白25。 暂无已核实直接文献
At5g07060 含锌指CCCH结构域的蛋白53。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0170500 含锌指CCCH结构域的蛋白40。 暂无已核实直接文献
Os07g0281000 含锌指CCCH结构域蛋白49。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038790 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0000974 Prp19 complex 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0071006 U2-type catalytic step 1 spliceosome 细胞组分
GO:0071007 U2-type catalytic step 2 spliceosome 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0017070 U6 snRNA binding 分子功能
GO:0036002 pre-mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G07360
ath:AT2G29580
ath:AT5G07060
dosa:Os06g0170500
dosa:Os07g0281000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.810
排名 1 · TkA02G091120 · TK1151
细胞质0.350
排名 2 · TkA02G091120 · TK1151
细胞膜0.027
排名 3 · TkA02G091120 · TK1151
内质网0.021
排名 4 · TkA02G091120 · TK1151
线粒体0.019
排名 5 · TkA02G091120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21369STL11_N20-110 aa
PF25261zf-CCCH_PARP1242-48 aa
PF25261zf-CCCH_PARP1267-83 aa
PF16131Torus140-193 aa
PF25584zf-CCCH_RBM22157-183 aa
PF15663zf-CCCH_3158-184 aa
PF22628zf-CCCH_10158-181 aa
PF25261zf-CCCH_PARP12160-183 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G091120PF21369STL11_N201106.7e-31107.5
TkA02G091120PF25261zf-CCCH_PARP1242480.04214.8
TkA02G091120PF25261zf-CCCH_PARP1267830.04214.8
TkA02G091120PF16131Torus1401935.7e-0834.0
TkA02G091120PF25584zf-CCCH_RBM221571832.7e-1247.2
TkA02G091120PF15663zf-CCCH_31581840.01516.2
TkA02G091120PF22628zf-CCCH_101581810.04114.1
TkA02G091120PF25261zf-CCCH_PARP121601830.04214.8
TkA02G091120PF18044zf-CCCH_41611810.02215.2
TkA02G091120PF14608zf-CCCH_21621817.7e-0523.8
TkA02G091120PF18345zf_CCCH_41631819.4e-0626.2
TkA02G091120PF00642zf-CCCH1631810.006717.0
TkA02G091120PF25542zf-CCCH_121651820.003717.6
TkA02G091120PF16842RRM_occluded2282830.01415.9
TkA02G091120PF00076RRM_12302881.2e-0835.5
TkA02G091120PF25701RRM_YTH12432850.04314.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LNV5拟南芥sp|Q9LNV5|C3H4_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 480.300%Swiss-Prot高置信
Q9ZW36拟南芥sp|Q9ZW36|C3H25_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 2577.600%Swiss-Prot高置信
Q9FL40拟南芥sp|Q9FL40|C3H53_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 5372.100%Swiss-Prot中等置信
Q5SNN4水稻sp|Q5SNN4|C3H40_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 4075.000%Swiss-Prot高置信
Q6Z358水稻sp|Q6Z358|C3H49_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 4974.200%Swiss-Prot高置信

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