TkA02G072590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G072590

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 18771348-18775353 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1037 bp · TkA02G072590|TK1151|cDNA

TGTCCACAAGTTTACGGGCTCTTCACTGTGAAATTAGCAGTTACATTGACACTTATTGGAGGTGTACAACATATTGATGGTTCTGGTACAAAAGTTAGAGGCGAATCCCATCTTCTCCTTGTTGGAGATCCAGGTACAGGAAAGTCTCAGTTTTTAAAATTTGCTGCTAAATTGTGTAGAAGATCTGTTATCACTACTGGACTTGGAAGCACAAGTGCTGGATTGACTGTCACAGCAGTCAAAGATGCAGGTGAATGGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1896 bp · TkA02G072590|TK1151|CDS

ATGGACGACGATGAATCAAAGAAAACACTATCGGCTTTCTTGACGGAATATCACTCCGATCAGATCGAGTCGATCCTTCTCTCCTCCGATCATCGCCTTCATTACCCCCTTTATGTCGATTTTGCTGAAGTGATGGAGCACGATTCTCCACTTGCTCATGAGATCCTTTTCGAACCAACGAAGTACTTGCCTGTGTTCGACGAAGCAGCTACATTGGCTCAGGAGAACATGTATGGACAGACTAAGAAAAGTTGGGAGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

631 aa · TkA02G072590|TK1151|PROTEIN

MDDDESKKTLSAFLTEYHSDQIESILLSSDHRLHYPLYVDFAEVMEHDSPLAHEILFEPTKYLPVFDEAATLAQENMYGQTKKSWEHESRKEGYDRPFPTIKEFVHVRIEIRGPMLDNPGTILLFNKFSSYFMNLTAPHSLELCPSIGRVRVKHRGILLTLKGTVIRSGSIKMIEGEREYECRKCKHRFKVHPELESRNSIPKPLFCPSKVIFHSVLLPKGSCGSTSFQLLEGNKVCHDYQEIKIQESTQVLGVGAIPRS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G072590`
TK1151 ID	TkA02G072590
OH-1004 ID	LXL04_017147
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.891 / OH-1004 83.311 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G072590

位置 Chr02:18771348-18775353 (-)

描述 Similar to MCM9: Probable DNA helicase MCM9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g14050`	可能的DNA解旋酶，可能在减数分裂期间DNA修复中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B8B406`	可能的DNA解旋酶，可能在减数分裂期间DNA修复中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`Os06g0218500`	可能的DNA解旋酶，可能在减数分裂期间DNA修复中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017147 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007276 gamete generation 生物过程

GO:0007292 female gamete generation 生物过程

GO:0030174 regulation of DNA-templated DNA replication initiation 生物过程

GO:0036298 recombinational interstrand cross-link repair 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005694 chromosome 细胞组分

GO:0042555 MCM complex 细胞组分

GO:0097362 MCM8-MCM9 complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G14050

bta:100139498

dosa:Os06g0218500

osa:4340503

xla:431809

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.840

排名 1 · TkA02G072590 · TK1151

细胞质0.163

排名 2 · TkA02G072590 · TK1151

线粒体0.057

排名 3 · TkA02G072590 · TK1151

细胞膜0.020

排名 4 · TkA02G072590 · TK1151

质体0.013

排名 5 · TkA02G072590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26066MCM9_N5-109 aa

PF26063MCMDC2_N26-70 aa

PF14551MCM_N31-81 aa

PF17207MCM_OB150-286 aa

PF23455DUF7129177-191 aa

PF09723Zn_ribbon_8179-208 aa

PF00493MCM345-548 aa

PF05272VapE-like_dom364-440 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G072590	`PF26066`	MCM9_N	5	109	7.6e-14	52.3
TkA02G072590	`PF26063`	MCMDC2_N	26	70	0.3	12.0
TkA02G072590	`PF14551`	MCM_N	31	81	2.2e-06	28.7
TkA02G072590	`PF17207`	MCM_OB	150	286	1.7e-22	80.2
TkA02G072590	`PF23455`	DUF7129	177	191	0.11	12.9
TkA02G072590	`PF09723`	Zn_ribbon_8	179	208	0.1	13.3
TkA02G072590	`PF00493`	MCM	345	548	6.1e-74	248.6
TkA02G072590	`PF05272`	VapE-like_dom	364	440	0.16	12.2
TkA02G072590	`PF01580`	FtsK_SpoIIIE	382	404	0.32	11.1
TkA02G072590	`PF01078`	Mg_chelatase	384	404	7.8e-08	32.7
TkA02G072590	`PF05496`	RuvB_N	384	480	0.27	11.7
TkA02G072590	`PF13401`	AAA_22	385	415	0.1	13.6
TkA02G072590	`PF13191`	AAA_16	385	413	0.15	13.2
TkA02G072590	`PF00158`	Sigma54_activat	386	499	0.1	13.0
TkA02G072590	`PF07728`	AAA_5	388	504	1.1e-06	29.4
TkA02G072590	`PF07726`	AAA_3	388	502	0.032	14.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IFF3`	拟南芥	sp\|F4IFF3\|MCM9_ARATH Probable DNA helicase MCM9	66.000%	Swiss-Prot	高置信
`B8B406`	水稻	sp\|B8B406\|MCM9_ORYSI Probable DNA helicase MCM9	65.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q69QA6`	水稻	sp\|Q69QA6\|MCM9_ORYSJ DNA helicase MCM9	65.000%	Swiss-Prot	高置信

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