TkA02G042650 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G042650

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 10783947-10785183 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

618 bp · TkA02G042650|TK1151|cDNA

CTTATTTTCACGGACAAATGCATTGCGCGGGTACAATGTTACCTGAAGGAATGGCTCCATTCACACATATCACCCGAAATGAACGCTCAGGCAGAAAGCAAAGAAAGAAAAAAGAAGAAGATGATATAGCTGTCTGTGAATGCAAATTTGATCCTGGACATACTGTACTTGCATGTGGAGAAAGGTGTTTGAATGTATTAACCAATACAGAATGCACACCTGGATATTGCCCATGTGGCACCTTTTGCAAGAACCAGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

450 bp · TkA02G042650|TK1151|CDS

ATGCATTGCGCGGGTACAATGTTACCTGAAGGAATGGCTCCATTCACACATATCACCCGAAATGAACGCTCAGGCAGAAAGCAAAGAAAGAAAAAAGAAGAAGATGATATAGCTGTCTGTGAATGCAAATTTGATCCTGGACATACTGTACTTGCATGTGGAGAAAGGTGTTTGAATGTATTAACCAATACAGAATGCACACCTGGATATTGCCCATGTGGCACCTTTTGCAAGAACCAGAGGTTTCAAAAATGTGAATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

149 aa · TkA02G042650|TK1151|PROTEIN

MHCAGTMLPEGMAPFTHITRNERSGRKQRKKKEEDDIAVCECKFDPGHTVLACGERCLNVLTNTECTPGYCPCGTFCKNQRFQKCEYAKTKLFKTEGRGWGLLADENIKAGQFIIEYSGEIISSEEAKARSQTYESQLSRIKRCIYYFS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G042650`
TK1151 ID	TkA02G042650
OH-1004 ID	LXL04_007462
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.262 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G042650

位置 Chr02:10783947-10785183 (+)

描述暂无功能描述

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g76710`	组蛋白甲基转移酶参与开花时间的调节。	The trxG family histone methyltransferase SET DOMAIN GROUP 26 promotes flowering via a distinctive genetic pathway.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12729
`At1g77300`	组蛋白甲基转移酶，参与组蛋白H3的'Lys-36'的二甲基化和三甲基化（H3K36me2和H3K36me3）。	Prevention of early flowering by expression of FLOWERING LOCUS C requires methylation of histone H3 K36.2005 · DOI: 10.1038/ncb1329 Di- and tri- but not monomethylation on histone H3 lysine 36 marks active transcription of genes involved in flowering time regulation and other processes in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1128/mcb.01607-07 The ASH1 HOMOLOG 2 (ASHH2) histone H3 methyltransferase is required for ovule and anther development in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1371/journal.pone.0007817 Autoimmunity in Arabidopsis acd11 is mediated by epigenetic regulation of an immune receptor.2010 · DOI: 10.1371/journal.ppat.1001137 Histone lysine methyltransferase SDG8 is involved in brassinosteroid-regulated gene expression in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1093/mp/ssu056

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007462 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007338 single fertilization 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0010223 secondary shoot formation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G76710

ath:AT1G77300

hsa:7468

mmu:107823

mmu:192195

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.526

排名 1 · TkA02G042650 · TK1151

细胞质0.472

排名 2 · TkA02G042650 · TK1151

线粒体0.073

排名 3 · TkA02G042650 · TK1151

细胞膜0.059

排名 4 · TkA02G042650 · TK1151

内质网0.043

排名 5 · TkA02G042650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17907AWS51-85 aa

PF00856SET54-54 aa

PF00856SET99-145 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G042650	`PF17907`	AWS	51	85	1.8e-13	51.0
TkA02G042650	`PF00856`	SET	54	54	1.5e-06	29.3
TkA02G042650	`PF00856`	SET	99	145	1.5e-06	29.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84WW6`	拟南芥	sp\|Q84WW6\|ASHH1_ARATH Histone-lysine N-methyltransferase ASHH1	68.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q2LAE1`	拟南芥	sp\|Q2LAE1\|ASHH2_ARATH Histone-lysine N-methyltransferase ASHH2	42.600%	Swiss-Prot	中等置信

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