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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G021500
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 5092081-5097332 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

774 bp · TkA02G021500|TK1151|cDNA

GTGATTTTCCTTATTTGTAATCCTCTTTATTTTTTGAAAAAGAAAATAACATATCAATGAAAATATAAATCCCGCGTGTGGCACGTACCACGTTATAGCTGTGTAGCAGGACTGTAGGAGTACCATTTCCCTCCCACCACTTCCATCTTCTCAAACCGAAAACTTCCAAATTTCTAGGGTTTTTGCATGGCATCTTCCGATGAAGAAGGCGAAATCGTGCCCGTTTGCGTCACAAACTACCACATTGTGAACGATCGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3120 bp · TkA02G021500|TK1151|CDS

ATGGCATCTTCCGATGAAGAAGGCGAAATCGTGCCCGTTTGCGTCACAAACTACCACATTGTGAACGATCGTGATGTTCCGACTTCATTTTCGGAGTTACCGCTTCGTTGGAGCGATCAGGAGAACCGAATCGAAAGTAAAGAGCCATCGGTTATGTATCTGCGGGGAGCTACGGACGGAGGTCTGCAAACAGTCCATAAGGAAGTGATCGCGTGGAAGTTGGACCTTTCGGATATAGTGCCTAAATTGTTCATGCTTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1039 aa · TkA02G021500|TK1151|PROTEIN

MASSDEEGEIVPVCVTNYHIVNDRDVPTSFSELPLRWSDQENRIESKEPSVMYLRGATDGGLQTVHKEVIAWKLDLSDIVPKLFMLSKGKTWIKLQKPRKSYENVIKSVKIAVRCLHFVKRNADAGRDQISRHLVKTFSSYDEIGPVEEYLSAHLPLIQTAVARDKDLAKSKYFKTFLTEIENPRRRDYQLEQNHSKNKSKFIVSDDDEEHDEDFDDDNEDEDEDEEVLFYSVCAFCDNGGDVLPCEGNCMRSFHPTIDA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G021500
TK1151 IDTkA02G021500
OH-1004 IDLXL04_017609
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G021500
位置Chr02:5092081-5097332 (+)
描述Similar to EDM2: Protein ENHANCED DOWNY MILDEW 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g55390 细胞抗沉默因子和基因组DNA甲基化模式的调控因子，参与染色质状态的调控。
EDM2 is required for RPP7-dependent disease resistance in Arabidopsis and affects RPP7 transcript levels.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02999.x
The Arabidopsis defense component EDM2 affects the floral transition in an FLC-dependent manner.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04169.x
Co-option of EDM2 to distinct regulatory modules in Arabidopsis thaliana development.2010 · DOI: 10.1186/1471-2229-10-203
EMSY-like genes are required for full RPP7-mediated race-specific immunity and basal defense in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1094/mpmi-05-11-0123
Mutations in EDM2 selectively affect silencing states of transposons and induce plant developmental plasticity.2013 · DOI: 10.1038/srep01701
Antagonistic regulation of flowering time through distinct regulatory subunits of protein phosphatase 2A.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0067987
Arabidopsis EDM2 promotes IBM1 distal polyadenylation and regulates genome DNA methylation patterns.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1320106110
Demethylation of ERECTA receptor genes by IBM1 histone demethylase affects stomatal development.2016 · DOI: 10.1242/dev.129932
A protein complex regulates RNA processing of intronic heterochromatin-containing genes in Arabidopsis .2017 · DOI: 10.1073/pnas.1710683114
The Arabidopsis RRM domain protein EDM3 mediates race-specific disease resistance by controlling H3K9me2-dependent alternative polyadenylation of RPP7 immune receptor transcripts.2019 · DOI: 10.1111/tpj.14148
The Arabidopsis PHD-finger protein EDM2 has multiple roles in balancing NLR immune receptor gene expression.2020 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1008993
Genome-wide distribution and functions of the AAE complex in epigenetic regulation in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1111/jipb.13068

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017609 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0007165 signal transduction 生物过程
GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程
GO:0031347 regulation of defense response 生物过程
GO:0031452 negative regulation of heterochromatin formation 生物过程
GO:0032259 methylation 生物过程
GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G55390
ddi:DDB_G0268158
hsa:54904
mmu:234135
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.948
排名 1 · TkA02G021500 · TK1151
细胞质0.099
排名 2 · TkA02G021500 · TK1151
细胞膜0.024
排名 3 · TkA02G021500 · TK1151
内质网0.014
排名 4 · TkA02G021500 · TK1151
质体0.012
排名 5 · TkA02G021500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12047DNMT1-RFD15-124 aa
PF25760Phage_RB18_ORF43100-135 aa
PF19975DO-GTPase1113-214 aa
PF12047DNMT1-RFD189-224 aa
PF23011PHD-1st_NSD232-255 aa
PF16866PHD_4232-239 aa
PF22908PHD_NSD234-256 aa
PF00628PHD234-256 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G021500PF12047DNMT1-RFD151241.2e-0732.5
TkA02G021500PF25760Phage_RB18_ORF431001350.04414.3
TkA02G021500PF19975DO-GTPase11132140.6310.0
TkA02G021500PF12047DNMT1-RFD1892241.2e-0732.5
TkA02G021500PF23011PHD-1st_NSD2322550.0004221.1
TkA02G021500PF16866PHD_42322390.3811.4
TkA02G021500PF22908PHD_NSD2342561.9e-1970.4
TkA02G021500PF00628PHD2342560.009216.7
TkA02G021500PF21202SLX1_C2412514.68.4
TkA02G021500PF00628PHD2822940.009216.7
TkA02G021500PF23412zf_RING_Vps82822921.79.2
TkA02G021500PF22908PHD_NSD2913591.9e-1970.4
TkA02G021500PF14446Prok-RING_12913312.78.9
TkA02G021500PF16866PHD_42923320.3811.4
TkA02G021500PF21202SLX1_C2943354.68.4
TkA02G021500PF23004PHDvar_NSD2953339e-0626.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4K3G5拟南芥sp|F4K3G5|EDM2_ARATH Protein ENHANCED DOWNY MILDEW 243.700%Swiss-Prot中等置信

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