TkA02G016810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G016810

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 3926325-3927862 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1398 bp · TkA02G016810|TK1151|cDNA

TTACATATATACCAACATAAGATATCATCTCAGTTTTTATACTTACATACAAAATTCTTTTCATAACCGGTTCTTTTATTCATTCTCAATCTTCATGAGAAGATCTTAAACCAAAACGATTACATGGCAGACTGGAGTTGAAAGAAGATAGGTAGATGGAGTTGGGAGATGGAGAGGAGAGATGGAATCAGAAGAAGGTAACACCAATCGATGAAATTTCCCACAGATTGATCGACGGAGAGCTTTACACGAAGATTCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1053 bp · TkA02G016810|TK1151|CDS

ATGGAGTTGGGAGATGGAGAGGAGAGATGGAATCAGAAGAAGGTAACACCAATCGATGAAATTTCCCACAGATTGATCGACGGAGAGCTTTACACGAAGATTCAGGCGGCCATGGATATCCGGAGCATGATCCGAAATCGTAACTCCCCCGAAAAAATTCGCGCCAAGTTCGCCACGGCAGGTGTCATTCCACCCCTTGTTCTTATGCTCTGCTCGCAACATCATGATGCTCGTGAAGCTTCACTTCTCGCCCTCCTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

350 aa · TkA02G016810|TK1151|PROTEIN

MELGDGEERWNQKKVTPIDEISHRLIDGELYTKIQAAMDIRSMIRNRNSPEKIRAKFATAGVIPPLVLMLCSQHHDAREASLLALLNLASRNERNKEHIVKCGAISPLVKLLKFQNTSRIRELATAAILTLSATQRNKPAIAASAAIPLLIQILSSRSDQERVDAVTTLHNLSTSNQEPAIVLEANAAPPLLDLLKECKKYSKCADKTTALIEIISKSPEGRLAITNSEDGILTLVETVEDGSLVSKEHAVGALLTLCLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G016810`
TK1151 ID	TkA02G016810
OH-1004 ID	LXL04_017669
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G016810

位置 Chr02:3926325-3927862 (-)

描述 Similar to PUB3: U-box domain-containing protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g27910`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017669 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程

GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程

GO:1904821 chloroplast disassembly 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G24330

ath:AT2G23140

ath:AT3G46510

ath:AT3G54790

ath:AT5G67340

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.500

排名 1 · TkA02G016810 · TK1151

细胞核0.373

排名 2 · TkA02G016810 · TK1151

细胞膜0.206

排名 3 · TkA02G016810 · TK1151

内质网0.048

排名 4 · TkA02G016810 · TK1151

溶酶体／液泡0.034

排名 5 · TkA02G016810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25598ARM_PUB22-142 aa

PF23654ARM_LIN_2nd35-162 aa

PF22964ZER1-like_2nd50-167 aa

PF24768ARM_ARMC551-134 aa

PF05804KAP57-201 aa

PF11701UNC45-central57-132 aa

PF13513HEAT_EZ58-85 aa

PF00514Arm60-90 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G016810	`PF25598`	ARM_PUB	22	142	1.9e-21	77.5
TkA02G016810	`PF23654`	ARM_LIN_2nd	35	162	0.00031	21.1
TkA02G016810	`PF22964`	ZER1-like_2nd	50	167	3.5e-06	26.6
TkA02G016810	`PF24768`	ARM_ARMC5	51	134	3.4e-16	60.2
TkA02G016810	`PF05804`	KAP	57	201	3.3e-05	23.0
TkA02G016810	`PF11701`	UNC45-central	57	132	0.044	14.3
TkA02G016810	`PF13513`	HEAT_EZ	58	85	0.026	15.8
TkA02G016810	`PF00514`	Arm	60	90	4.6e-22	78.0
TkA02G016810	`PF02985`	HEAT	62	90	0.34	12.0
TkA02G016810	`PF04826`	Arm_2	66	99	0.00054	20.3
TkA02G016810	`PF23628`	ARM_LIN_C	69	133	6.6e-05	22.8
TkA02G016810	`PF25151`	TPR_Trm732_C	80	136	0.073	13.7
TkA02G016810	`PF30700`	ARM_GAC_1st	81	153	0.023	12.7
TkA02G016810	`PF25786`	HEAT_GCN1_C	84	205	0.016	15.9
TkA02G016810	`PF29313`	BAR1_C	84	116	0.052	13.4
TkA02G016810	`PF30196`	WRM1_C	90	212	0.0099	15.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C7G1`	拟南芥	sp\|Q9C7G1\|PUB45_ARATH U-box domain-containing protein 45	30.900%	Swiss-Prot	低置信

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