TkA01G621240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G621240

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 156767984-156775951 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1257 bp · TkA01G621240|TK1151|cDNA

TTTGCATTTTGCAATTTTGTCTAAATTAATTTAATTTACTACTATTATAATCGGTCAATTTATGTCTTTCCTTCCTAGAGAAAACCAATGTCTTGGTCCTCTTGGAAGTTGGAAACTCTGTCTTCCTACCAAACTCGTATCAAACACTGATAGTTCTCTGGTTCACCGATCAATTATCGTAGCGAAGTTCGGTAATGGCGATCAGATCACTTCTAAAACTTGCAGAATCCAAATTCATCTTCACTTCCCCTCACTTTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1041 bp · TkA01G621240|TK1151|CDS

ATGGCGATCAGATCACTTCTAAAACTTGCAGAATCCAAATTCATCTTCACTTCCCCTCACTTTTCCCTACCGTCTTCATTTAGAACAATTTCTTCGTCGATCATTCCATCTCACTTGGAAAAGGTTGGATTCATAGGCTTAGGAAACATGGGATCCAGAATGGCAACTAATTTGATCAAAGCAGGATACAATGTTGCAGTTCATGACATAAATCTGAGTGTCATAAAGATGTTTTCAGACAAAGGAATCTCTGTAAAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

346 aa · TkA01G621240|TK1151|PROTEIN

MAIRSLLKLAESKFIFTSPHFSLPSSFRTISSSIIPSHLEKVGFIGLGNMGSRMATNLIKAGYNVAVHDINLSVIKMFSDKGISVKGSPMEVAEMSDVVITMLPSPTHVLDVYTGQNGLLNGGSPIRPWLFIDSSTIDPQTTRNLSSLISNSALNQSKDSPVMLDAPVSGGVLAAEIGTLTFMVGGPEEAYKAAQPLFSSMGKNTIYCGSSGTGSAAKICNNLAMAVSMLGVSEAFVLGQSLGIKASILTKIFNSSSARC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G621240`
TK1151 ID	TkA01G621240
OH-1004 ID	LXL04_000308
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G621240

位置 Chr01:156767984-156775951 (+)

描述 Similar to At4g20930: Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g20930`	可能的线粒体 3-羟基异丁酸脱氢酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000308 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006551 L-leucine metabolic process 生物过程

GO:0006573 valine metabolic process 生物过程

GO:0006574 L-valine catabolic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0008442 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0050661 NADP binding 分子功能

GO:0051287 NAD binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G20930

bta:512002

hsa:11112

mmu:58875

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.731

排名 1 · TkA01G621240 · TK1151

质体0.225

排名 2 · TkA01G621240 · TK1151

细胞质0.093

排名 3 · TkA01G621240 · TK1151

细胞核0.049

排名 4 · TkA01G621240 · TK1151

过氧化物酶体0.020

排名 5 · TkA01G621240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01488Shikimate_DH39-111 aa

PF028262-Hacid_dh_C40-105 aa

PF03446NAD_binding_241-209 aa

PF03807F420_oxidored41-104 aa

PF027373HCDH_N41-76 aa

PF07991KARI_N41-108 aa

PF03721UDPG_MGDP_dh_N41-85 aa

PF02558ApbA43-92 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G621240	`PF01488`	Shikimate_DH	39	111	0.094	13.5
TkA01G621240	`PF02826`	2-Hacid_dh_C	40	105	3.1e-07	30.6
TkA01G621240	`PF03446`	NAD_binding_2	41	209	2.3e-43	148.7
TkA01G621240	`PF03807`	F420_oxidored	41	104	2.7e-08	35.0
TkA01G621240	`PF02737`	3HCDH_N	41	76	0.00038	21.1
TkA01G621240	`PF07991`	KARI_N	41	108	0.00099	19.4
TkA01G621240	`PF03721`	UDPG_MGDP_dh_N	41	85	0.068	13.6
TkA01G621240	`PF02558`	ApbA	43	92	0.044	14.1
TkA01G621240	`PF02254`	TrkA_N	45	85	0.035	15.1
TkA01G621240	`PF03721`	UDPG_MGDP_dh_N	132	152	0.068	13.6
TkA01G621240	`PF05710`	Coiled	145	160	1.9	10.1
TkA01G621240	`PF05710`	Coiled	199	255	1.9	10.1
TkA01G621240	`PF03807`	F420_oxidored	202	229	2.7e-08	35.0
TkA01G621240	`PF14833`	NAD_binding_11	212	337	3.6e-26	92.5
TkA01G621240	`PF21761`	RedAm-like_C	228	337	0.24	12.4
TkA01G621240	`PF02826`	2-Hacid_dh_C	294	320	3.1e-07	30.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SUC0`	拟南芥	sp\|Q9SUC0\|3HIDH_ARATH Probable 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase, mitochondrial	65.900%	Swiss-Prot	高置信

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