TkA01G593370 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G593370

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 149379285-149379800 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

396 bp · TkA01G593370|TK1151|cDNA

ATGCCAGAAGATGAGAATTATCTATTTCGTGCTGTTGCAGATCAAGTTTATGGCTATTCTGAAGCATATGGTTTAGCCAGGCAAATGTGCATAGATTACATGGTAAACTTTTCTCTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTAAAGAAAAAAAACGACATCTATATTGTAAGAGAAAAAGAAGAGATAAAGTATGTGAATTTCAAGAATATATAATACAATCTTTTTTTTTATTTTATTTAACTATCTTTTTATATTATATAAATAC...

CDS

下载 CDS FASTA

396 bp · TkA01G593370|TK1151|CDS

ATGCCAGAAGATGAGAATTATCTATTTCGTGCTGTTGCAGATCAAGTTTATGGCTATTCTGAAGCATATGGTTTAGCCAGGCAAATGTGCATAGATTACATGGTAAACTTTTCTCTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTAAAGAAAAAAAACGACATCTATATTGTAAGAGAAAAAGAAGAGATAAAGTATGTGAATTTCAAGAATATATAATACAATCTTTTTTTTTATTTTATTTAACTATCTTTTTATATTATATAAATAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

131 aa · TkA01G593370|TK1151|PROTEIN

MPEDENYLFRAVADQVYGYSEAYGLARQMCIDYMVNFSLFFFFFFKEKKRHLYCKRKRRDKVCEFQEYIIQSFFLFYLTIFLYYINTEPINIFHESYNTDTPPIPLSYHHGNHYNSLVDVLFFKQMLIKIK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G593370`
TK1151 ID	TkA01G593370
OH-1004 ID	LXL04_004720
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	61.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.840 / OH-1004 24.033 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G593370

位置 Chr01:149379285-149379800 (+)

描述 Similar to OTU6: OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g27350`	水解酶，可在体外从蛋白质上移除结合的泛素，因此可能通过防止降解在蛋白质周转水平上发挥重要调控作用。	Involvement of KDM1C histone demethylase-OTLD1 otubain-like histone deubiquitinase complexes in plant gene repression.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1014030108 Distinct phylogenetic relationships and biochemical properties of Arabidopsis ovarian tumor-related deubiquitinases support their functional differentiation.2014 · DOI: 10.3389/fpls.2014.00084 The histone deubiquitinase OTLD1 targets euchromatin to regulate plant growth.2016 · DOI: 10.1126/scisignal.aaf6767 Activation of gene expression by histone deubiquitinase OTLD1.2017 · DOI: 10.1080/15592294.2017.1348446

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004720 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001817 regulation of cytokine production 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009966 regulation of signal transduction 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0032496 response to lipopolysaccharide 生物过程

GO:0032700 negative regulation of interleukin-17 production 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G27350

dre:555459

mmu:54644

rno:363452

xtr:448134

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.556

排名 1 · TkA01G593370 · TK1151

细胞核0.369

排名 2 · TkA01G593370 · TK1151

线粒体0.121

排名 3 · TkA01G593370 · TK1151

内质网0.070

排名 4 · TkA01G593370 · TK1151

细胞膜0.056

排名 5 · TkA01G593370 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29225TPASS_0648_2nd5-37 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G593370	`PF29225`	TPASS_0648_2nd	5	37	0.059	13.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XIP2`	拟南芥	sp\|Q9XIP2\|OTU6_ARATH OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 6	57.700%	Swiss-Prot	高置信

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