TkA01G569500 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G569500

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 143345273-143347105 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1557 bp · TkA01G569500|TK1151|cDNA

ATGGCTAATAAAATCATCATCTCCGTCGTATCCTTGGTCTTGGTGGTCGCGGCCGTTCTCGGTGTGGTGGCTTTCATCGTGAAAAGCGGCGAATCCGATAAAAACATTTCCACTAGCAATAAGGCGGTCGACAGTGTTTGCAAACCGACAGAATACAAAGAGGCGTGCAATAAAGTAGCAATCGAGGTGTCCAAAAACGAATCGGCCACCCACGAGGACTACATTATTGCCACCATCCGTGCAACTGCGGATGAACTACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1557 bp · TkA01G569500|TK1151|CDS

ATGGCTAATAAAATCATCATCTCCGTCGTATCCTTGGTCTTGGTGGTCGCGGCCGTTCTCGGTGTGGTGGCTTTCATCGTGAAAAGCGGCGAATCCGATAAAAACATTTCCACTAGCAATAAGGCGGTCGACAGTGTTTGCAAACCGACAGAATACAAAGAGGCGTGCAATAAAGTAGCAATCGAGGTGTCCAAAAACGAATCGGCCACCCACGAGGACTACATTATTGCCACCATCCGTGCAACTGCGGATGAACTACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

518 aa · TkA01G569500|TK1151|PROTEIN

MANKIIISVVSLVLVVAAVLGVVAFIVKSGESDKNISTSNKAVDSVCKPTEYKEACNKVAIEVSKNESATHEDYIIATIRATADELQKALKKASTKKAETCEKMLGYAKDELEQVLKVVSETEAVSLAQQIDPILVWLTAIRGYQTTCVDEINDEKLKKDMQKGLETSNELTYNAQKIVYNVLDILKDIGIDLGDIPKVTPNAIVAKDGSGKFKSIKQALAAYPPNHQGRYIIYVKAGVYSEGQIIVGKTQNNVYMYGDG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G569500`
TK1151 ID	TkA01G569500
OH-1004 ID	LXL04_037131
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	46.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 99.665 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G569500

位置 Chr01:143345273-143347105 (+)

描述 Similar to BP19: Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g33230`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献
`At2g47030`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献
`At5g49180`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献
`At2g26450`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	暂无已核实直接文献
`At2g47040`	通过细胞壁果胶的去甲基酯化作用来修饰细胞壁。	VANGUARD1 encodes a pectin methylesterase that enhances pollen tube growth in the Arabidopsis style and transmitting tract.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.027631

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037131 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0042545 cell wall modification 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0090406 pollen tube 细胞组分

GO:0004857 enzyme inhibitor activity 分子功能

GO:0030599 pectinesterase activity 分子功能

GO:0046910 pectinesterase inhibitor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26450

ath:AT2G47040

ath:AT4G33230

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.484

排名 1 · TkA01G569500 · TK1151

细胞膜0.197

排名 2 · TkA01G569500 · TK1151

溶酶体／液泡0.123

排名 3 · TkA01G569500 · TK1151

细胞质0.117

排名 4 · TkA01G569500 · TK1151

内质网0.113

排名 5 · TkA01G569500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04043PMEI42-176 aa

PF07499RuvA_C49-75 aa

PF24235RHG29_45_N77-119 aa

PF10078DUF231679-120 aa

PF07499RuvA_C83-102 aa

PF07499RuvA_C104-127 aa

PF01095Pectinesterase121-147 aa

PF24235RHG29_45_N155-189 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G569500	`PF04043`	PMEI	42	176	1.2e-16	62.0
TkA01G569500	`PF07499`	RuvA_C	49	75	1.5	10.1
TkA01G569500	`PF24235`	RHG29_45_N	77	119	0.14	13.2
TkA01G569500	`PF10078`	DUF2316	79	120	0.099	13.6
TkA01G569500	`PF07499`	RuvA_C	83	102	1.5	10.1
TkA01G569500	`PF07499`	RuvA_C	104	127	1.5	10.1
TkA01G569500	`PF01095`	Pectinesterase	121	147	6.2e-109	364.1
TkA01G569500	`PF24235`	RHG29_45_N	155	189	0.14	13.2
TkA01G569500	`PF10078`	DUF2316	165	198	0.099	13.6
TkA01G569500	`PF01095`	Pectinesterase	202	501	6.2e-109	364.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SMY6`	拟南芥	sp\|Q9SMY6\|PME45_ARATH Putative pectinesterase/pectinesterase inhibitor 45	38.600%	Swiss-Prot	中等置信
`O80722`	拟南芥	sp\|O80722\|PME4_ARATH Pectinesterase 4	35.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FJ21`	拟南芥	sp\|Q9FJ21\|PME58_ARATH Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 58	37.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7Y201`	拟南芥	sp\|Q7Y201\|PME13_ARATH Probable pectinesterase/pectinesterase inhibitor 13	37.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5MFV8`	拟南芥	sp\|Q5MFV8\|PME5_ARATH Pectinesterase 5	34.300%	Swiss-Prot	中等置信

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