TkA01G562430 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G562430

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 141399059-141411638 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1241 bp · TkA01G562430|TK1151|cDNA

AAAGTATTACAACAGACGCCGAAATAAACCCTTGACGCTTCTACAGTACTGAGTGATCGATCCCATCTGTACTAAAACCCACCAAAACCCCCTCTTCACCTCTGCAACACTCATTTCTCCGTCTTCGTATTCATCTACGTCCGACAATGGCGTCTGTGGCTTTCAGAAACCCTAACTCTAGGCGTTTGATTAAACTATCCCCTCAATTACGTTCTGGTTGTCGAGGATCCGTAGTATCAGCTTCTGGTTTCCCAACCGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1356 bp · TkA01G562430|TK1151|CDS

ATGGCGTCTGTGGCTTTCAGAAACCCTAACTCTAGGCGTTTGATTAAACTATCCCCTCAATTACGTTCTGGTTGTCGAGGATCCGTAGTATCAGCTTCTGGTTTCCCAACCGTTGAATCGCTTTCTGGAAATGACAACACGGTGGCTCCTAATCCGTGGTGGAGATCCATGGCCACTTTCACCCGAACAAAACCTCATGTTAATGTTGGAACAATTGGACATGTTGATCATGGAAAGACAACACTGACTGCTGCAATTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

451 aa · TkA01G562430|TK1151|PROTEIN

MASVAFRNPNSRRLIKLSPQLRSGCRGSVVSASGFPTVESLSGNDNTVAPNPWWRSMATFTRTKPHVNVGTIGHVDHGKTTLTAAITKVLADEGKAKAIAFDEIDKAPEEKKRGITIATAHVEYETAKRHYAHVDCPGHADYVKNMITGAAQMDGGILVVSAPDGPMPQTKEHILLARQVGVPSLVCFLNKVDAVDDPELLELVELELRELLSFYKFPGDEIPIVRGSALSALQGNNDEIGKQAILKLMEAVDNYIPTPE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G562430`
TK1151 ID	TkA01G562430
OH-1004 ID	LXL04_001079
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G562430

位置 Chr01:141399059-141411638 (-)

描述 Similar to TUFA: Elongation factor Tu, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02930`	该蛋白在蛋白质生物合成过程中促进氨酰-tRNA依赖GTP结合至核糖体A位点。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001079 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0070125 mitochondrial translational elongation 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0003746 translation elongation factor activity 分子功能

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

afw:Anae109_1910

afw:Anae109_2229

ath:AT4G02930

gbe:GbCGDNIH1_0552

swi:Swit_1355

zmo:ZMO0516

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.915

排名 1 · TkA01G562430 · TK1151

细胞质0.073

排名 2 · TkA01G562430 · TK1151

质体0.062

排名 3 · TkA01G562430 · TK1151

细胞核0.048

排名 4 · TkA01G562430 · TK1151

细胞膜0.030

排名 5 · TkA01G562430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00009GTP_EFTU64-258 aa

PF01926MMR_HSR169-186 aa

PF00410Ribosomal_S878-170 aa

PF21875CAPN13-like_C_EFh179-194 aa

PF22042EF-G_D2278-318 aa

PF03143GTP_EFTU_D3279-289 aa

PF03144GTP_EFTU_D2281-351 aa

PF03143GTP_EFTU_D3355-449 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G562430	`PF00009`	GTP_EFTU	64	258	2.8e-62	210.4
TkA01G562430	`PF01926`	MMR_HSR1	69	186	0.0018	19.1
TkA01G562430	`PF00410`	Ribosomal_S8	78	170	0.016	15.9
TkA01G562430	`PF21875`	CAPN13-like_C_EFh	179	194	0.27	11.9
TkA01G562430	`PF22042`	EF-G_D2	278	318	0.0057	17.4
TkA01G562430	`PF03143`	GTP_EFTU_D3	279	289	1.1e-37	129.3
TkA01G562430	`PF03144`	GTP_EFTU_D2	281	351	1.5e-21	77.3
TkA01G562430	`PF03143`	GTP_EFTU_D3	355	449	1.1e-37	129.3
TkA01G562430	`PF21875`	CAPN13-like_C_EFh	390	409	0.27	11.9
TkA01G562430	`PF22594`	GTP-eEF1A_C	395	446	0.02	16.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZT91`	拟南芥	sp\|Q9ZT91\|EFTM_ARATH Elongation factor Tu, mitochondrial	82.500%	Swiss-Prot	高置信

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