TkA01G550120 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G550120

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 138263229-138266684 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2923 bp · TkA01G550120|TK1151|cDNA

CAATAAAATAAAAAACCCAAATCTTTTTCTTCAATTTGATTCAAATAAACCCTCAATATATCGAATAAACTCAAACCCCACAAAGATTCAAAGATCAGTAGTATAATCGAAAGAAAGAAGAAAGAGAAATGGGAAAATTAGCCGTTAGAGACGAAGACGACCTCGCTGAAATCTCAGCAACTTGGCAAAGGCGAAGACGAGCGATGGCGAAGGCGAGCACAGGCGGTGCTGTTTGGCGAGCTTCGGCGAGAGGGATGGCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1932 bp · TkA01G550120|TK1151|CDS

ATGGATTCGTGTTTAATTCTCTCTCTCCTCACAGAGGACCTCCTAGCACGAGTTCTTGATTATCTCTTCGATGATTCCGACCGCAAATCGTTCCGTGCAACCTGCAAGTTTTTCCACCGTGTTGAATCTGGTCACCGGACTTGTCTGAAGTTCTTACGACCGGAGTTCATTCCAGGTCTCCTCAGAACTTACACCCGCGCGGACACGCTTGACTTCTCCGTCTGTCCACGGATCTACGATTGGACACTCTCTGTTTTGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

643 aa · TkA01G550120|TK1151|PROTEIN

MDSCLILSLLTEDLLARVLDYLFDDSDRKSFRATCKFFHRVESGHRTCLKFLRPEFIPGLLRTYTRADTLDFSVCPRIYDWTLSVLLNNVSCHGWARRLKRVVLCRTTSLRFSGIEMLVRSCPGLQVVDVSHCSQFGDREAAALSCATELREVKMDKCLRVTDVGLAKIAIGCEKLEKISLKWCLEITDLGIDLLSKKCPQLKHLCVSYLKISNESLRSLSCLKKLQALVMVGCNFLGDGGLHFLGNGCPSLQTLDVSRC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G550120`
TK1151 ID	TkA01G550120
OH-1004 ID	LXL04_001280
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	90.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G550120`
位置	Chr01:138263229-138266684 (+)
描述	Similar to FBL3: F-box/LRR-repeat protein 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_001280` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程 GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0010225 response to UV-C 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT4G15475 ath:AT5G01720 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.621

排名 1 · TkA01G550120 · TK1151

细胞质0.186

排名 2 · TkA01G550120 · TK1151

线粒体0.089

排名 3 · TkA01G550120 · TK1151

细胞膜0.047

排名 4 · TkA01G550120 · TK1151

质体0.044

排名 5 · TkA01G550120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18511F-box_511-45 aa

PF25372LRR_FBXL1586-195 aa

PF29594LRR_SKP2108-132 aa

PF29594LRR_SKP2109-186 aa

PF23952LRR_EndoS109-132 aa

PF12799LRR_4114-135 aa

PF24758LRR_At5g56370119-184 aa

PF23598LRR_14119-231 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G550120	`PF18511`	F-box_5	11	45	0.013	15.7
TkA01G550120	`PF25372`	LRR_FBXL15	86	195	4.1e-33	115.3
TkA01G550120	`PF29594`	LRR_SKP2	108	132	7e-24	85.2
TkA01G550120	`PF29594`	LRR_SKP2	109	186	7e-24	85.2
TkA01G550120	`PF23952`	LRR_EndoS	109	132	0.0045	17.9
TkA01G550120	`PF12799`	LRR_4	114	135	7.3e-16	58.6
TkA01G550120	`PF24758`	LRR_At5g56370	119	184	3.6e-13	50.4
TkA01G550120	`PF23598`	LRR_14	119	231	3.6e-07	30.0
TkA01G550120	`PF23247`	LRR_RPS2	121	135	0.0065	17.2
TkA01G550120	`PF13516`	LRR_6	125	139	1.5e-21	75.4
TkA01G550120	`PF00560`	LRR_1	125	134	0.0028	18.1
TkA01G550120	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	127	208	5.3e-07	30.1
TkA01G550120	`PF18511`	F-box_5	138	146	0.013	15.7
TkA01G550120	`PF23247`	LRR_RPS2	145	184	0.0065	17.2
TkA01G550120	`PF23952`	LRR_EndoS	149	189	0.0045	17.9
TkA01G550120	`PF12799`	LRR_4	151	181	7.3e-16	58.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情