TkA01G528870 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G528870

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 132752208-132758599 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1009 bp · TkA01G528870|TK1151|cDNA

AAAGCCATCACCTTTTTCCATCTTTTACTTTTGTTACACTCTGATTCATCACTTCCAAAACACAATCTTCATAGACGCAAATTCAAATGATCTCCGTGCAATTTCTCGTAACATTTCTTGTACAAATCTAGTTGATGACGAGTGCTTCGAAGCTATTTCACAACAGAAGGATTCGATTTGGCGTCCACCACAACTCCGTCGACGATAGAGAATCAGATTCCTCACCAGCTGAAGGAAATTCTTCCCGCCACATCACCACC...

CDS

下载 CDS FASTA

726 bp · TkA01G528870|TK1151|CDS

ATGACGAGTGCTTCGAAGCTATTTCACAACAGAAGGATTCGATTTGGCGTCCACCACAACTCCGTCGACGATAGAGAATCAGATTCCTCACCAGCTGAAGGAAATTCTTCCCGCCACATCACCACCAACCGTCGGCATCATCACCATACTAATCGCCGGAATCTCGAAGGCTGTAACGCTCCCCCTCGGCGTATCCACCGTCATCGCCTCTCGGAGCTAGTTCAGCTGGAACCAAGCAGTAGTCAATCTTCATCCGGAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

241 aa · TkA01G528870|TK1151|PROTEIN

MTSASKLFHNRRIRFGVHHNSVDDRESDSSPAEGNSSRHITTNRRHHHHTNRRNLEGCNAPPRRIHRHRLSELVQLEPSSSQSSSGSIINSEDFRNIRRWGSTENDRLPGVVLLARERLLERLRGVHISENRQNSISSSSFHEDDLLYNSYSSFIDKKLSPGLSQDALNSLMIKVYKNGEESNGSPNASRECSICLEGFEDGDEVVDLHCMHIFHSCCLFPWVEVCGACPNCRKVVVIGYK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G528870`
TK1151 ID	TkA01G528870
OH-1004 ID	LXL04_001515
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 81.328 / OH-1004 62.903 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G528870

位置 Chr01:132752208-132758599 (-)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g49850`	可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。	暂无已核实直接文献
`At3g19950`	E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001515 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）暂无功能描述

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.524

排名 1 · TkA01G528870 · TK1151

细胞核0.446

排名 2 · TkA01G528870 · TK1151

细胞膜0.122

排名 3 · TkA01G528870 · TK1151

溶酶体／液泡0.062

排名 4 · TkA01G528870 · TK1151

内质网0.052

排名 5 · TkA01G528870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29452FAR1_N189-225 aa

PF13639zf-RING_2191-233 aa

PF17123zf-RING_11191-219 aa

PF13923zf-C3HC4_2191-232 aa

PF14634zf-RING_5191-234 aa

PF25998U-box_ZFPL1191-223 aa

PF00097zf-C3HC4192-232 aa

PF13445zf-RING_UBOX192-222 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G528870	`PF29452`	FAR1_N	189	225	0.13	13.0
TkA01G528870	`PF13639`	zf-RING_2	191	233	2.1e-11	44.6
TkA01G528870	`PF17123`	zf-RING_11	191	219	2.3e-07	31.1
TkA01G528870	`PF13923`	zf-C3HC4_2	191	232	0.0011	19.5
TkA01G528870	`PF14634`	zf-RING_5	191	234	0.06	14.1
TkA01G528870	`PF25998`	U-box_ZFPL1	191	223	0.095	13.8
TkA01G528870	`PF00097`	zf-C3HC4	192	232	0.0033	18.0
TkA01G528870	`PF13445`	zf-RING_UBOX	192	222	0.26	12.0
TkA01G528870	`PF23555`	zf-RING_Vps41	192	219	0.32	11.4
TkA01G528870	`PF23412`	zf_RING_Vps8	192	219	0.47	11.0
TkA01G528870	`PF12678`	zf-rbx1	204	233	0.011	16.7
TkA01G528870	`PF12861`	zf-ANAPC11	205	236	0.0072	17.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q852U6`	拟南芥	sp\|Q852U6\|RHY1A_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHY1A	37.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8LPN7`	拟南芥	sp\|Q8LPN7\|RNG1L_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like	37.300%	Swiss-Prot	低置信

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