RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G524360
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 131641475-131648506 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3700 bp · TkA01G524360|TK1151|cDNA

CTCGTAAACTGGCATTAAAAATCAGTATACAACAAATTACGCCACTTATAAATAGCGGCATTCCACTTCATTTCTAACGGCGTACATTAGAAAAAAGACACAGACTCGCTAGAAAGGAGGGTGACAAAGGGTTTTTTTTTTAACAAAAGAACACCACCCTAGCAATGGCGGCTTCAGCTTCATCTAGCCTTCTTTCATCTCGATCGCCCCTGAAATTAACCTCTCTATCTTCCCTCAGATGGAAATTACCTGTGTCAGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1932 bp · TkA01G524360|TK1151|CDS

ATGGCGGCTTCAGCTTCATCTAGCCTTCTTTCATCTCGATCGCCCCTGAAATTAACCTCTCTATCTTCCCTCAGATGGAAATTACCTGTGTCAGTGGCGCTCCCTCGCCACCAACGACGCCGCGCCTCTCCGGTGTTCGTCGTTGTATCCATGGACGCCAAACCTACCGTCCTTGTCGCTGAAAAGCTAGGAGAAGCTGGACTTGATCTATTGAAAAGCTTTGCTAATGTTGATTGCTCGTATAACTTGAGTCCTGAGGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

643 aa · TkA01G524360|TK1151|PROTEIN

MAASASSSLLSSRSPLKLTSLSSLRWKLPVSVALPRHQRRRASPVFVVVSMDAKPTVLVAEKLGEAGLDLLKSFANVDCSYNLSPEELCTKISLCDALIVRSGTKVSREVFESSGGRLKVVGRAGVGIDNVDLGAATEHGCLVVNAPTANTVAAAEHGIALLTAMARNVAQADASVKAGKWQRNKYVGVSLVGKTLAVMGFGKVGTEVARRAKGLGMHVIAHDPYAPADRAHAIGVDLVSFDEAISTADFLSLHMPLTPA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G524360
TK1151 IDTkA01G524360
OH-1004 IDLXL04_001578
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G524360
位置Chr01:131641475-131648506 (-)
描述Similar to PGDH1: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 1, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g34200 参与丝氨酸生物合成的质体磷酸化途径。
Functional characterization of the plastidial 3-phosphoglycerate dehydrogenase family in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.226720
Arabidopsis phosphoglycerate dehydrogenase1 of the phosphoserine pathway is essential for development and required for ammonium assimilation and tryptophan biosynthesis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.118992
At3g19480 参与丝氨酸生物合成的质体磷酸化途径。 暂无已核实直接文献
At1g17745 参与丝氨酸生物合成的质体磷酸化途径 (PPSB)。
Functional characterization of the plastidial 3-phosphoglycerate dehydrogenase family in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.226720
Regulation of serine biosynthesis in Arabidopsis. Crucial role of plastidic 3-phosphoglycerate dehydrogenase in non-photosynthetic tissues.1999 · DOI: 10.1074/jbc.274.1.397

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001578 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000096 sulfur amino acid metabolic process 生物过程
GO:0006564 L-serine biosynthetic process 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009561 megagametogenesis 生物过程
GO:0009643 photosynthetic acclimation 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G17745
ath:AT3G19480
ath:AT4G34200
mja:MJ_1018
mth:MTH_970
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.941
排名 1 · TkA01G524360 · TK1151
线粒体0.084
排名 2 · TkA01G524360 · TK1151
细胞质0.061
排名 3 · TkA01G524360 · TK1151
过氧化物酶体0.038
排名 4 · TkA01G524360 · TK1151
细胞核0.028
排名 5 · TkA01G524360 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01842ACT40-64 aa
PF003892-Hacid_dh57-366 aa
PF03720UDPG_MGDP_dh_C149-187 aa
PF028262-Hacid_dh_C159-334 aa
PF00670AdoHcyase_NAD189-284 aa
PF07991KARI_N191-292 aa
PF04748Polysacc_deac_2195-232 aa
PF13478XdhC_C196-300 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G524360PF01842ACT40641.2e-1041.7
TkA01G524360PF003892-Hacid_dh573665.2e-34117.5
TkA01G524360PF03720UDPG_MGDP_dh_C1491870.01916.1
TkA01G524360PF028262-Hacid_dh_C1593345.8e-64215.4
TkA01G524360PF00670AdoHcyase_NAD1892842.6e-0525.1
TkA01G524360PF07991KARI_N1912927.8e-0523.0
TkA01G524360PF04748Polysacc_deac_21952320.1212.1
TkA01G524360PF13478XdhC_C1963000.01716.3
TkA01G524360PF03720UDPG_MGDP_dh_C2082540.01916.1
TkA01G524360PF03720UDPG_MGDP_dh_C3513870.01916.1
TkA01G524360PF19304PGDH_inter3774823.3e-1660.2
TkA01G524360PF04748Polysacc_deac_24474830.1212.1
TkA01G524360PF01842ACT5245861.2e-1041.7
TkA01G524360PF22629ACT_AHAS_ss5315870.005317.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O49485拟南芥sp|O49485|SERA1_ARATH D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 1, chloroplastic82.300%Swiss-Prot高置信
Q9LT69拟南芥sp|Q9LT69|SERA3_ARATH D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 3, chloroplastic83.900%Swiss-Prot高置信
O04130拟南芥sp|O04130|SERA2_ARATH D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2, chloroplastic79.300%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看