TkA01G478090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G478090

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 119726298-119728499 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

886 bp · TkA01G478090|TK1151|cDNA

ATAAAAGCAAATCATACCGTAATTACGGAAGGAAATGCATTTTGGTTTCTCCAATCCACTGCTCAGTTAGCCGATTTCTCTCAATCAATGGGGCATCGTCGAGACGCGAGTCCTATCATTAAAAACATTCTCCTTCTGGATTCAGAAGGAAAACGTGTAGCAGTCAAGTACTTTTCAGATGAATGGCCTGCTAATAGTTCAAAGTTGTCTTTTGAAAAGCTTGTCTTTACCAAAACTCAGAAGACCAATGCTCGGACTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

546 bp · TkA01G478090|TK1151|CDS

ATGGGGCATCGTCGAGACGCGAGTCCTATCATTAAAAACATTCTCCTTCTGGATTCAGAAGGAAAACGTGTAGCAGTCAAGTACTTTTCAGATGAATGGCCTGCTAATAGTTCAAAGTTGTCTTTTGAAAAGCTTGTCTTTACCAAAACTCAGAAGACCAATGCTCGGACTGAAGCGGAGATAGCAATGTTTGAGAATAATGTTGTGGTGTATAGATTTATACAAGATTTGCACTTTTTTGTAACTGGAGGTGATGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

181 aa · TkA01G478090|TK1151|PROTEIN

MGHRRDASPIIKNILLLDSEGKRVAVKYFSDEWPANSSKLSFEKLVFTKTQKTNARTEAEIAMFENNVVVYRFIQDLHFFVTGGDDENELALATVLQGFCDSVTLLLRGNVDQREALENLDLIYLCLDEIVDGGMILETDGNMIAGKVATHSIDEGSPLSEQTITQALAAAREHLTRSLLR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G478090`
TK1151 ID	TkA01G478090
OH-1004 ID	LXL04_034352
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	78.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.238 / OH-1004 99.435 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G478090

位置 Chr01:119726298-119728499 (-)

描述 Similar to At1g60970: Coatomer subunit zeta-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g08520`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`At1g60970`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`At3g09800`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0317400`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`Os05g0461000`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034352 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0030126 COPI vesicle coat 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G60970

ath:AT3G09800

ath:AT4G08520

dosa:Os02g0317400

dosa:Os05g0461000

osa:4329152

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.446

排名 1 · TkA01G478090 · TK1151

高尔基体0.390

排名 2 · TkA01G478090 · TK1151

细胞核0.205

排名 3 · TkA01G478090 · TK1151

溶酶体／液泡0.204

排名 4 · TkA01G478090 · TK1151

内质网0.099

排名 5 · TkA01G478090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01217Clat_adaptor_s11-150 aa

PF25413Rossman_Mical60-115 aa

PF12637TSCPD80-126 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G478090	`PF01217`	Clat_adaptor_s	11	150	5.1e-24	85.6
TkA01G478090	`PF25413`	Rossman_Mical	60	115	0.055	14.2
TkA01G478090	`PF12637`	TSCPD	80	126	0.046	14.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H1F4`	拟南芥	sp\|Q8H1F4\|COPZ3_ARATH Coatomer subunit zeta-3	70.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q940S5`	拟南芥	sp\|Q940S5\|COPZ1_ARATH Coatomer subunit zeta-1	71.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q84LG4`	拟南芥	sp\|Q84LG4\|COPZ2_ARATH Coatomer subunit zeta-2	71.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q6Z844`	水稻	sp\|Q6Z844\|COPZ2_ORYSJ Coatomer subunit zeta-2	72.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9MAX5`	水稻	sp\|Q9MAX5\|COPZ1_ORYSJ Coatomer subunit zeta-1	68.000%	Swiss-Prot	高置信

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