LXL04_034352 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_034352

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 97454678-97456076 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

534 bp · LXL04_034352|LXL04_034352|OH1004|cDNA

ATGGAGTCTTGCCCTTCAGTAAAGAACATTCTACTACTCGATTCAGAAGGAGGTCGCATAGCTGTTAAGTACTATTCAGACGATTGGCCAACTAATAATGCTAAAGAAGCATTTGAGAAGTCCATTTTTACCAAAACTCAGAAGACCAATGCAAGAACAGAAGCTGAGATAGCAATGGTTGAGAACAACGTTATTGTGTACAAATTTGCACAGGACCTTCACTTCTTTGTGACTGGAGGTGATGATGAAAACGAGCTCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

534 bp · LXL04_034352|LXL04_034352|OH1004|CDS

ATGGAGTCTTGCCCTTCAGTAAAGAACATTCTACTACTCGATTCAGAAGGAGGTCGCATAGCTGTTAAGTACTATTCAGACGATTGGCCAACTAATAATGCTAAAGAAGCATTTGAGAAGTCCATTTTTACCAAAACTCAGAAGACCAATGCAAGAACAGAAGCTGAGATAGCAATGGTTGAGAACAACGTTATTGTGTACAAATTTGCACAGGACCTTCACTTCTTTGTGACTGGAGGTGATGATGAAAACGAGCTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

177 aa · LXL04_034352|LXL04_034352|OH1004|PROTEIN

MESCPSVKNILLLDSEGGRIAVKYYSDDWPTNNAKEAFEKSIFTKTQKTNARTEAEIAMVENNVIVYKFAQDLHFFVTGGDDENELILSTVLQGFFDAVGLLLRGNVDKKEALENLDLILLCLDEIIDGGIILETDANVIAGKVASHSVDSGAPLSEQTISQALATAREHLTRSLLR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_034352`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_034352

位置 Chr07:97454678-97456076 (-)

描述 Similar to At1g60970: Coatomer subunit zeta-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g60970`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`At4g08520`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`At3g09800`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0317400`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`Os05g0461000`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034352 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0030126 COPI vesicle coat 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G60970

ath:AT3G09800

ath:AT4G08520

dosa:Os02g0317400

dosa:Os05g0461000

osa:4329152

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.425

排名 1 · LXL04_034352 · OH-1004

高尔基体0.401

排名 2 · LXL04_034352 · OH-1004

溶酶体／液泡0.209

排名 3 · LXL04_034352 · OH-1004

细胞核0.196

排名 4 · LXL04_034352 · OH-1004

内质网0.101

排名 5 · LXL04_034352 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01217.27Clat_adaptor_s7-145 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_034352	`PF01217.27`	Clat_adaptor_s	7	145	2.6e-22	80.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q940S5`	拟南芥	Coatomer subunit zeta-1	77.966%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H1F4`	拟南芥	Coatomer subunit zeta-3	75.429%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84LG4`	拟南芥	Coatomer subunit zeta-2	75.429%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6Z844`	水稻	Coatomer subunit zeta-2	76.705%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9MAX5`	水稻	Coatomer subunit zeta-1	71.591%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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