TkA01G436000 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G436000

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 108931273-108934830 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2446 bp · TkA01G436000|TK1151|cDNA

AAACGACACTACATTTTCTCCTTTTCCTTTTAACAATATTCCTTCACCGATCTTCCCCTCGTGATTTATCACTCTCTCTCTTTCTCTGACCAGACATTCTTCCTCTCTAAAAAAACCTCCATCGCTAATGGCCGCCTGTCGCCGGAAACCTCCAAAATAGCCACCACAACACCACCTACTCATCTCCCTTTACTCAACTACAAACAAAATCACAGTGCATTTCTACCCATGGCTCTTTATTCTGTTTTCCTCTTTTCCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1968 bp · TkA01G436000|TK1151|CDS

ATGGCTCTTTATTCTGTTTTCCTCTTTTCCCTTTTTCTCCTGAATCATCAAGTCGCATCCGAGCCGACTCAGGACAAACAAGCGCTCCTTTCATTTATCTCCCAAGTTCCTCACGCTTCTCGTATCTCATGGAACTCGTCCGAATCCGCTTGCTCTTGGGTTGGCGTTACCTGCGACCCAACTAACTCATCCGTCATCTATCTCCGCCTCCCCGGCGTCGACCTCGTCGGACAAATACCACCGAAAACAATCGGAAGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

655 aa · TkA01G436000|TK1151|PROTEIN

MALYSVFLFSLFLLNHQVASEPTQDKQALLSFISQVPHASRISWNSSESACSWVGVTCDPTNSSVIYLRLPGVDLVGQIPPKTIGSLSQLRVLSLHSNGLTGGLPSDFSNLSFLRSVYLQDNKFSGEFPPSLSELTRLTRLDLSDNNFSGTLPFAINNLTQLTGLFLENNSFSGQLPSISPASLVALNLSNNNLNGSIPKSLAAFPVSAFSGNINLCGDPLPACDNSFFPSPAPSPSSLEPPALQKKSKKKLSTGAIVAI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G436000`
TK1151 ID	TkA01G436000
OH-1004 ID	LXL04_012114
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	52.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.878 / OH-1004 88.743 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G436000

位置 Chr01:108931273-108934830 (-)

描述 Similar to At5g58300: Probable inactive receptor kinase At5g58300

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26730`	可能失活的受体激酶 At2g26730。	暂无已核实直接文献
`At5g58300`	可能是非活性受体激酶 At5g58300。	暂无已核实直接文献
`At3g08680`	可能的非活性受体激酶 At3g08680。	暂无已核实直接文献
`At4g23740`	可能的非活性受体激酶 At4g23740。	暂无已核实直接文献
`At5g05160`	可能的富含亮氨酸重复的受体类蛋白激酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012114 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:2000605 positive regulation of secondary growth 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009898 cytoplasmic side of plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016328 lateral plasma membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26730

ath:AT3G08680

ath:AT4G23740

ath:AT5G05160

ath:AT5G58300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.887

排名 1 · TkA01G436000 · TK1151

细胞质0.074

排名 2 · TkA01G436000 · TK1151

内质网0.069

排名 3 · TkA01G436000 · TK1151

细胞核0.056

排名 4 · TkA01G436000 · TK1151

高尔基体0.019

排名 5 · TkA01G436000 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263LRRNT_223-59 aa

PF23598LRR_1470-166 aa

PF13855LRR_878-124 aa

PF00560LRR_189-111 aa

PF12799LRR_489-123 aa

PF13516LRR_690-102 aa

PF24141LRR_ComC107-201 aa

PF13516LRR_6112-127 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G436000	`PF08263`	LRRNT_2	23	59	2.5e-10	41.1
TkA01G436000	`PF23598`	LRR_14	70	166	6e-09	35.8
TkA01G436000	`PF13855`	LRR_8	78	124	9.5e-10	38.8
TkA01G436000	`PF00560`	LRR_1	89	111	2.7e-15	53.9
TkA01G436000	`PF12799`	LRR_4	89	123	3.7e-09	37.3
TkA01G436000	`PF13516`	LRR_6	90	102	0.026	15.3
TkA01G436000	`PF24141`	LRR_ComC	107	201	0.003	18.0
TkA01G436000	`PF13516`	LRR_6	112	127	0.026	15.3
TkA01G436000	`PF00560`	LRR_1	114	135	2.7e-15	53.9
TkA01G436000	`PF12799`	LRR_4	136	174	3.7e-09	37.3
TkA01G436000	`PF00560`	LRR_1	137	159	2.7e-15	53.9
TkA01G436000	`PF13855`	LRR_8	137	194	9.5e-10	38.8
TkA01G436000	`PF13516`	LRR_6	138	149	0.026	15.3
TkA01G436000	`PF00560`	LRR_1	162	178	2.7e-15	53.9
TkA01G436000	`PF00560`	LRR_1	183	203	2.7e-15	53.9
TkA01G436000	`PF13855`	LRR_8	183	203	9.5e-10	38.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48788`	拟南芥	sp\|O48788\|Y2267_ARATH Probable inactive receptor kinase At2g26730	72.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LVM0`	拟南芥	sp\|Q9LVM0\|Y5830_ARATH Probable inactive receptor kinase At5g58300	56.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C9Y8`	拟南芥	sp\|Q9C9Y8\|Y3868_ARATH Probable inactive receptor kinase At3g08680	50.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SUQ3`	拟南芥	sp\|Q9SUQ3\|Y4374_ARATH Probable inactive receptor kinase At4g23740	50.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FHK7`	拟南芥	sp\|Q9FHK7\|Y5516_ARATH Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g05160	48.500%	Swiss-Prot	中等置信

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