TkA01G390890 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G390890

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 97613434-97615047 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1098 bp · TkA01G390890|TK1151|cDNA

TAAAAGGAAAATTCTTAGAACATAAACCCTAGTGTGAATCCCACATCTGTAGCAACCAGCGAGGATACAAAAACCCTAGCGTGAATCCTGCTCTCCGGCACCCATTTATACTTTATCTGAAATTATCCCTCTTGCTTCGCCAATCTTCAGAGTCACATTATTGTTAGTTTAAACTATTAAGATAATGGTGGCCCCGCTCTACAAAATAGCCGACTCAGCCATGGGAGAGAACGATGAAGACTTGCACAGTGTAAAAGACA...

CDS

下载 CDS FASTA

648 bp · TkA01G390890|TK1151|CDS

ATGAAACTGGATTTCTATGGTTGTTTCAAGCTCCTCAACTATGTAAGATCACAGGTGGGACAAAATCGATGTTGGATCTGTGGAACTACATGTCAGTCTAGGTCAGAACTACAAGATCATCTACATGAACCTTGTATAGAAACCAGTAATCTTCCATGGGACAATGACATGTACCTAAAACCATATATGGAAGAAGATAATTTGCTATATAGTTTTGATGAAGATGAAGAAGTTGATGATGATTCTGAGAAACCAGCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

215 aa · TkA01G390890|TK1151|PROTEIN

MKLDFYGCFKLLNYVRSQVGQNRCWICGTTCQSRSELQDHLHEPCIETSNLPWDNDMYLKPYMEEDNLLYSFDEDEEVDDDSEKPADEEDMLKNLKLSIEENVASSSDISTDKKSNNSSVDCEIVLVNKNYFGSYSSFGIHREMISDKVRTDAYRQAIVDNPSLMKGAVVLDVGCGTGILSLFAAQAGASIVNAVEASDKMASVASQVISIFYFM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G390890`
TK1151 ID	TkA01G390890
OH-1004 ID	LXL04_010985
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	60.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 33.023 / OH-1004 17.233 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G390890

位置 Chr01:97613434-97615047 (+)

描述 Similar to PRMT6: Probable protein arginine N-methyltransferase 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12270`	蛋白质精氨酸N-甲基转移酶，催化靶蛋白中精氨酸残基鸟氨基氮的单甲基化和不对称二甲基化，因此属于I型甲基转移酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0640000`	蛋白质精氨酸N-甲基转移酶，催化靶蛋白中精氨酸残基鸟氨基氮的单甲基化和不对称二甲基化，因此属于I型甲基转移酶。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2YP56`	蛋白质精氨酸N-甲基转移酶，催化靶蛋白中精氨酸残基鸟氨基氮的单甲基化和不对称二甲基化，因此属于I型甲基转移酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010985 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016274 protein-arginine N-methyltransferase activity 分子功能

GO:0042054 histone methyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G20020

dosa:Os10g0489100

osa:9268644

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.732

排名 1 · TkA01G390890 · TK1151

细胞质0.383

排名 2 · TkA01G390890 · TK1151

线粒体0.047

排名 3 · TkA01G390890 · TK1151

细胞膜0.032

排名 4 · TkA01G390890 · TK1151

内质网0.024

排名 5 · TkA01G390890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21137ANM3_C2H2_Zf2-19 aa

PF12756zf-C2H2_210-43 aa

PF06467zf-FCS21-38 aa

PF23107Zf-C2H2_ZNF451_C23-43 aa

PF00096zf-C2H223-41 aa

PF12874zf-met24-41 aa

PF21137ANM3_C2H2_Zf49-61 aa

PF08003Methyltransf_995-198 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G390890	`PF21137`	ANM3_C2H2_Zf	2	19	1.7e-08	34.9
TkA01G390890	`PF12756`	zf-C2H2_2	10	43	0.0013	19.7
TkA01G390890	`PF06467`	zf-FCS	21	38	0.075	13.6
TkA01G390890	`PF23107`	Zf-C2H2_ZNF451_C	23	43	0.029	15.7
TkA01G390890	`PF00096`	zf-C2H2	23	41	0.051	14.8
TkA01G390890	`PF12874`	zf-met	24	41	0.32	12.1
TkA01G390890	`PF21137`	ANM3_C2H2_Zf	49	61	1.7e-08	34.9
TkA01G390890	`PF08003`	Methyltransf_9	95	198	0.001	18.8
TkA01G390890	`PF08123`	DOT1	106	135	0.098	12.9
TkA01G390890	`PF03848`	TehB	143	199	0.0049	17.0
TkA01G390890	`PF02353`	CMAS	156	204	0.005	16.9
TkA01G390890	`PF08123`	DOT1	156	211	0.098	12.9
TkA01G390890	`PF01135`	PCMT	160	206	0.045	14.2
TkA01G390890	`PF03602`	Cons_hypoth95	161	206	0.14	12.5
TkA01G390890	`PF13489`	Methyltransf_23	164	203	0.00031	21.2
TkA01G390890	`PF01728`	FtsJ	164	197	0.071	13.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WVD6`	拟南芥	sp\|Q0WVD6\|ANM3_ARATH Probable protein arginine N-methyltransferase 3	46.300%	Swiss-Prot	中等置信
`A3BMN9`	水稻	sp\|A3BMN9\|ANM3_ORYSJ Probable protein arginine N-methyltransferase 3	46.700%	Swiss-Prot	中等置信
`A2YP56`	水稻	sp\|A2YP56\|ANM3_ORYSI Probable protein arginine N-methyltransferase 3	46.700%	Swiss-Prot	中等置信

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