TkA01G383910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G383910

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 95821042-95830406 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1571 bp · TkA01G383910|TK1151|cDNA

CAAAGCATATATTTAATATAAAATTAACTGATTTTAATCGACAAAAAGGGTTTAAAGCAAAAGAGGGATCAATTGAAATCGTTTGCTTCTCTCTACAGACGCATGAAGAAACCCGAACAAACAAAGACATCAAAACACGAAGATGAGGTCGATTTCATCAGTAACATGCCAGATCATATTCTTCTCTTGATTCTTTCACATATTTTCTCTACTGAAGAAGTAATTCGAACCAGCATCTTGTCCACACGATGGAAGTATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1407 bp · TkA01G383910|TK1151|CDS

ATGAAGGAATTAATGCAAGCAAAAGCATCAGGTCGTGAAGATGAGGTGGACAAGATCAGTAACTTACCAGATCCAATTCTTCACCTGATTCTTTCACATCTTCCAGCTACCGAAGAAGCAATTCGAACCAGCATTTTGTCGAGAAGATGGAGGCATCTATGGACTTCAGTTCCATCAATCGACATAGATTATGCCCGAGGACTGAAACCTGCAAAAGGATTCGAAAGAAACAAATTCAAAGAGTTTGTGTCTTCGGTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

468 aa · TkA01G383910|TK1151|PROTEIN

MKELMQAKASGREDEVDKISNLPDPILHLILSHLPATEEAIRTSILSRRWRHLWTSVPSIDIDYARGLKPAKGFERNKFKEFVSSVLANKSLDLDSFRLICCDFYSMSTVGQWIDTAITKNVKLLYLLFWPWVESQDIEVNCGSLEVLKLFLFGRRLSLLSLTGFSSLKVLKLDSVELCSDDFVKDFLKSCPLLEDLSLKDCLLNQLNVLCISCPNLKTLYIDNLFDFEEICAHEGLGDGPMEIQISCPKLVVLELTAHI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G383910`
TK1151 ID	TkA01G383910
OH-1004 ID	LXL04_026956
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	49.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.718 / OH-1004 94.549 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G383910

位置 Chr01:95821042-95830406 (-)

描述 Similar to At1g78760: Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g78760

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g56370`	与 FBD 相关的 F-box 蛋白 At5g56370。	暂无已核实直接文献
`At1g69630`	F-box/LRR重复蛋白13。	暂无已核实直接文献
`At5g56420`	F-box/FBD/LRR 重复蛋白 At5g56420。	暂无已核实直接文献
`At5g25850`	假定的F-box/FBD/LRR重复蛋白 At5g25850。	暂无已核实直接文献
`At5g56560`	推测的 FBD 相关 F-box 蛋白 At5g56560。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026956 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G66290

ath:AT1G66310

ath:AT1G69630

ath:AT1G78750

ath:AT1G78760

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.864

排名 1 · TkA01G383910 · TK1151

细胞质0.205

排名 2 · TkA01G383910 · TK1151

内质网0.033

排名 3 · TkA01G383910 · TK1151

细胞膜0.033

排名 4 · TkA01G383910 · TK1151

质体0.015

排名 5 · TkA01G383910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box19-58 aa

PF12937F-box-like19-53 aa

PF08387FBD79-89 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF190-438 aa

PF00646F-box93-107 aa

PF24758LRR_At5g56370111-231 aa

PF12799LRR_4153-174 aa

PF27094DUF8346166-223 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G383910	`PF00646`	F-box	19	58	7e-09	36.0
TkA01G383910	`PF12937`	F-box-like	19	53	6.6e-05	23.3
TkA01G383910	`PF08387`	FBD	79	89	0.00092	19.8
TkA01G383910	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	90	438	2.4e-11	44.4
TkA01G383910	`PF00646`	F-box	93	107	7e-09	36.0
TkA01G383910	`PF24758`	LRR_At5g56370	111	231	2.7e-13	50.8
TkA01G383910	`PF12799`	LRR_4	153	174	0.55	11.3
TkA01G383910	`PF27094`	DUF8346	166	223	0.18	11.0
TkA01G383910	`PF08387`	FBD	183	198	0.00092	19.8
TkA01G383910	`PF12799`	LRR_4	186	209	0.55	11.3
TkA01G383910	`PF12799`	LRR_4	194	225	0.55	11.3
TkA01G383910	`PF08387`	FBD	201	213	0.00092	19.8
TkA01G383910	`PF24758`	LRR_At5g56370	247	282	2.7e-13	50.8
TkA01G383910	`PF12799`	LRR_4	247	257	0.55	11.3
TkA01G383910	`PF08387`	FBD	264	278	0.00092	19.8
TkA01G383910	`PF27094`	DUF8346	266	314	0.18	11.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FM94`	拟南芥	sp\|Q9FM94\|FBD21_ARATH FBD-associated F-box protein At5g56370	30.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FWZ1`	拟南芥	sp\|Q9FWZ1\|FBL13_ARATH F-box/LRR-repeat protein 13	31.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FM89`	拟南芥	sp\|Q9FM89\|FDL38_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g56420	29.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q3E944`	拟南芥	sp\|Q3E944\|FDL33_ARATH Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g25850	27.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FJV2`	拟南芥	sp\|Q9FJV2\|FBD27_ARATH Putative FBD-associated F-box protein At5g56560	30.500%	Swiss-Prot	中等置信

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