TkA01G210830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G210830

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 53640624-53648169 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1563 bp · TkA01G210830|TK1151|cDNA

AAAAAATATTAATTGACTTGATCCATGAACTTACGATGGTGCGTGGCGTTTTTAGAAAGCTCGTTTACCCCCTTGCCCTAAATACCTAAATCGAGGAAAGTAAACTGAATTCGGGTCCATAAGTTCCTTCGACAACCTCCAATTCGTGTTTCTGCGTGTCTGAATTACTTGGAATCGAAGTCTCGGACCCATAATTTGAAGAACTCGTATACCTATAATTCAACAAATCAGTCACAATGCTCTTTAACCCCTAAAATTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1077 bp · TkA01G210830|TK1151|CDS

ATGGATCCGAAGAAGAAATCCGTCAAAGAAAAGAACACCAATCGCGAGGAGATAGTGAAGATCATTCACTGGGAAGATTTTCAACAGGAGCTTGCTCGTCTTTCGAGTCTGTCGTCCGCCCTTAACGAAGCTAAGGAGAAGAAGTCTGTTATTCAAGAGAAACTCAACTCTCATTTACAGTTAGAAGCAGAGTCATTAAGTCGATCAAATAAGCTAGACCAAATGCGGGAAAATTTAGAAGCTCGAAAGTTGGTTATGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

358 aa · TkA01G210830|TK1151|PROTEIN

MDPKKKSVKEKNTNREEIVKIIHWEDFQQELARLSSLSSALNEAKEKKSVIQEKLNSHLQLEAESLSRSNKLDQMRENLEARKLVMGNMSMRSKVVQEKSKKQEEQLNSQIRSLLMAGTSLSAASKSLQEANNSLNGERGYVHLRNLQKLLRGRQQFMVSQIALLYPVKVVTGHTSDQELESFSSTSNKLTGNPSGSKPMDNAAGSLTISGLHLTVLPFKKMSFFTDKKEVQRSATALGYVAHAISLIAFYLEIPLRYPL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G210830`
TK1151 ID	TkA01G210830
OH-1004 ID	LXL04_004027
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G210830

位置 Chr01:53640624-53648169 (-)

描述 Similar to UVRAG: UV radiation resistance-associated gene protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g32760`	对于自噬来说是可有可无的，但对于有效靶向和降解液泡的生物合成和内吞货物至关重要。	Vacuolar Trafficking Protein VPS38 Is Dispensable for Autophagy.2018 · DOI: 10.1104/pp.17.01297 The Arabidopsis USL1 controls multiple aspects of development by affecting late endosome morphology.2018 · DOI: 10.1111/nph.15249

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004027 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0007051 spindle organization 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007098 centrosome cycle 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010506 regulation of autophagy 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0032465 regulation of cytokinesis 生物过程

GO:0032801 receptor catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G32760

hsa:7405

mmu:78610

spo:2540836

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.550

排名 1 · TkA01G210830 · TK1151

细胞核0.305

排名 2 · TkA01G210830 · TK1151

高尔基体0.123

排名 3 · TkA01G210830 · TK1151

细胞膜0.114

排名 4 · TkA01G210830 · TK1151

溶酶体／液泡0.103

排名 5 · TkA01G210830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16789YscO-like3-46 aa

PF10186ATG149-294 aa

PF02601Exonuc_VII_L20-156 aa

PF16789YscO-like52-134 aa

PF19187HTH_PafC96-191 aa

PF18706ISPD_C104-191 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G210830	`PF16789`	YscO-like	3	46	0.7	10.6
TkA01G210830	`PF10186`	ATG14	9	294	0.0032	17.4
TkA01G210830	`PF02601`	Exonuc_VII_L	20	156	1.5	8.9
TkA01G210830	`PF16789`	YscO-like	52	134	0.7	10.6
TkA01G210830	`PF19187`	HTH_PafC	96	191	0.081	13.5
TkA01G210830	`PF18706`	ISPD_C	104	191	0.004	17.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S9J3`	拟南芥	sp\|Q8S9J3\|VPS38_ARATH Vacuolar protein sorting 38	57.300%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情