RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G158920
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 40622479-40635761 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3045 bp · TkA01G158920|TK1151|cDNA

ATGGATACTTCTGTCTTATCCAATCAAACCCTAACCATCGCTCATCAAAACTGTTATGCCAATCTTGATTATACACAATATCCTGATTCACTTCATGTCATTATTGAGTTTCTCAAATCCTCTGTCATCAATAAAGCCCTTACCGCTCGTGCTAACGTTTCTATCAAAACCCTAACCAAGGCGTATACATCATCGAAGTTCAATTTATCGAAGAACATTGTTGAGTTTGAACTCGATTCTGGAAAACGTACCGCCATCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

3045 bp · TkA01G158920|TK1151|CDS

ATGGATACTTCTGTCTTATCCAATCAAACCCTAACCATCGCTCATCAAAACTGTTATGCCAATCTTGATTATACACAATATCCTGATTCACTTCATGTCATTATTGAGTTTCTCAAATCCTCTGTCATCAATAAAGCCCTTACCGCTCGTGCTAACGTTTCTATCAAAACCCTAACCAAGGCGTATACATCATCGAAGTTCAATTTATCGAAGAACATTGTTGAGTTTGAACTCGATTCTGGAAAACGTACCGCCATCAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1014 aa · TkA01G158920|TK1151|PROTEIN

MDTSVLSNQTLTIAHQNCYANLDYTQYPDSLHVIIEFLKSSVINKALTARANVSIKTLTKAYTSSKFNLSKNIVEFELDSGKRTAITKSAFTRLFDLPTDPALIDPDTVSSADMITACNQMGHTPILTRLSAFKKNKLPSIWSCLFTILFKCLAERQTGTDSASKQFLTLMYALFTDAQVDLGKILWTQFCESPTSATKDVEISMGRFWSLVVDYAHRHYKITPEPLADEEIAIFPEVQIGKLQIKSDRNCEFVGKIPEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G158920
TK1151 IDTkA01G158920
OH-1004 IDLXL04_037282
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)56.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.211 / OH-1004 80.192
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G158920
位置Chr01:40622479-40635761 (-)
描述Similar to EEF1AKMT2: EEF1A lysine methyltransferase 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037282 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006479 protein methylation 生物过程
GO:0018022 peptidyl-lysine methylation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能
GO:0016279 protein-lysine N-methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
dre:503749
hsa:399818
mmu:72096
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.887
排名 1 · TkA01G158920 · TK1151
细胞质0.201
排名 2 · TkA01G158920 · TK1151
线粒体0.033
排名 3 · TkA01G158920 · TK1151
细胞膜0.018
排名 4 · TkA01G158920 · TK1151
内质网0.009
排名 5 · TkA01G158920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07889DUF166454-107 aa
PF05600CDK5RAP3455-629 aa
PF07889DUF1664482-541 aa
PF05667CCDC22_CC487-634 aa
PF05884ZYG-11_interact511-582 aa
PF16073SAT519-565 aa
PF07889DUF1664522-602 aa
PF09548Spore_III_AB523-625 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G158920PF07889DUF1664541078.97.1
TkA01G158920PF05600CDK5RAP34556290.004816.5
TkA01G158920PF07889DUF16644825418.97.1
TkA01G158920PF05667CCDC22_CC4876340.1611.8
TkA01G158920PF05884ZYG-11_interact5115826.86.7
TkA01G158920PF16073SAT5195650.1412.4
TkA01G158920PF07889DUF16645226028.97.1
TkA01G158920PF09548Spore_III_AB5236259.46.7
TkA01G158920PF29146UCC1_N5275891.410.1
TkA01G158920PF02743dCache_15276026.67.7
TkA01G158920PF05478Prominin5276668.05.1
TkA01G158920PF05884ZYG-11_interact5826366.86.7
TkA01G158920PF07889DUF16646366678.97.1
TkA01G158920PF05667CCDC22_CC7177500.1611.8
TkA01G158920PF05600CDK5RAP37227410.004816.5
TkA01G158920PF16073SAT8669180.1412.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看