TkA01G138910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G138910

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 35279759-35287287 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5393 bp · TkA01G138910|TK1151|cDNA

GTGTTATGTTGAAAATTGCGACTTTGGTCCAAAATTCTTTTCATTAGCATTAGTGGTCCAAAAAGATGGATTTGTTGCATATTTGGTCCAAATGGTTAACGGCCGTTTATATCATCCAGTTAAATTGGTAAACCCCTATCCAGACAAGGGTATTTTCGTCTTTTTATCCCCTTTTAAATTAAATTAAAACCCTTTGACAAATGTAGCATTCTAAAACTCAAACCCAGGGTTTTCCGGTTTTCCGTCACGGTTCTGTGCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3243 bp · TkA01G138910|TK1151|CDS

ATGACCAACATTCTGGTTTTCATCATCTTCCTTGCGATCATATTGGGGATAAAATCGCCGGGGCCTTTAAGTCATCTGGCCACCGCCCAACAGTACCCTGATCCGGAAACCCTGAAGAAAGATCCCGCCAAATTACAAGAGGCCACAAAATCCATCTATACTCGATTCAATTCGCTATCCTCACTTTTCCATGAAGATGCCATGGATGATTTTAGCTTCTGCATGAAAAACATAACTGCCGAGTGGAATGAAGCTTTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1080 aa · TkA01G138910|TK1151|PROTEIN

MTNILVFIIFLAIILGIKSPGPLSHLATAQQYPDPETLKKDPAKLQEATKSIYTRFNSLSSLFHEDAMDDFSFCMKNITAEWNEAFDFSSDTKFLSNCIQKTNGNILQRLCTAADIKFYVTVLSEAERQGFKITNYIKGNKNCNLKSWVSGCEPGWACSVEKDTEVDLKNKEEIPFRTTDCEPCCEGFFCPTGLTCMIPCPSGSYCPLARLNPKTNMCDPYRYQPPPGENNHSCGGADVWAAVVNSREVFCPAGFFCPSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G138910`
TK1151 ID	TkA01G138910
OH-1004 ID	LXL04_004521
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G138910

位置 Chr01:35279759-35287287 (-)

描述 Similar to ABCG28: ABC transporter G family member 28

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60740`	ABC转运蛋白G家族成员28。	暂无已核实直接文献
`At2g37010`	推定白-棕复合体同源蛋白30。	暂无已核实直接文献
`At1g53390`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 24。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B9G5Y5`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 25。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004521 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0015846 polyamine transport 生物过程

GO:0015878 biotin transport 生物过程

GO:0032218 riboflavin transport 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0097744 renal urate salt excretion 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016324 apical plasma membrane 细胞组分

GO:0031966 mitochondrial membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53390

ath:AT2G37010

ath:AT5G60740

dosa:Os10g0442900

mcc:574307

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.764

排名 1 · TkA01G138910 · TK1151

细胞质0.144

排名 2 · TkA01G138910 · TK1151

内质网0.094

排名 3 · TkA01G138910 · TK1151

溶酶体／液泡0.064

排名 4 · TkA01G138910 · TK1151

高尔基体0.060

排名 5 · TkA01G138910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07219HemY_N317-360 aa

PF19055ABC2_membrane_7326-369 aa

PF28479At4g13230337-359 aa

PF13476AAA_23367-367 aa

PF13481AAA_25494-527 aa

PF00005ABC_tran498-648 aa

PF03193RsgA_GTPase506-530 aa

PF02463SMC_N507-666 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G138910	`PF07219`	HemY_N	317	360	0.052	14.4
TkA01G138910	`PF19055`	ABC2_membrane_7	326	369	3.2e-192	639.6
TkA01G138910	`PF28479`	At4g13230	337	359	0.29	12.1
TkA01G138910	`PF13476`	AAA_23	367	367	0.49	11.7
TkA01G138910	`PF13481`	AAA_25	494	527	0.1	12.9
TkA01G138910	`PF00005`	ABC_tran	498	648	3.3e-26	93.2
TkA01G138910	`PF03193`	RsgA_GTPase	506	530	0.038	14.5
TkA01G138910	`PF02463`	SMC_N	507	666	0.083	13.0
TkA01G138910	`PF13604`	AAA_30	507	528	0.32	11.5
TkA01G138910	`PF13476`	AAA_23	507	527	0.49	11.7
TkA01G138910	`PF13555`	AAA_29	508	526	0.17	12.4
TkA01G138910	`PF13304`	AAA_21	509	570	2.4e-05	25.1
TkA01G138910	`PF13401`	AAA_22	509	531	0.21	12.7
TkA01G138910	`PF13671`	AAA_33	511	540	8.5	7.4
TkA01G138910	`PF13604`	AAA_30	635	664	0.32	11.5
TkA01G138910	`PF13304`	AAA_21	636	665	2.4e-05	25.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FF46`	拟南芥	sp\|Q9FF46\|AB28G_ARATH ABC transporter G family member 28	59.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SJK6`	拟南芥	sp\|Q9SJK6\|WBC30_ARATH Putative white-brown complex homolog protein 30	56.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9MAG3`	拟南芥	sp\|Q9MAG3\|AB24G_ARATH ABC transporter G family member 24	54.700%	Swiss-Prot	高置信
`B9G5Y5`	水稻	sp\|B9G5Y5\|AB25G_ORYSJ ABC transporter G family member 25	49.100%	Swiss-Prot	中等置信

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