TkA01G129770 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G129770

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 32770849-32772422 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1066 bp · TkA01G129770|TK1151|cDNA

TAAGCCCCGGCCCAACTAAACAGGAAGAACTAAGAAGACGTCGAGCGACGACTTGAGCGCAAGAGCATCACCGTTTCCGCAGTTTTTACATAGCAGAGACCATCTCCAGTTCAGTTGCAGATGTTGCGATGTTATCCGATTTCGGGCATGTTCCACCAAAAATCTACAGCAAGATGGAGCAAGAGTTTGTCTGTTTCCCTTCTCTCCCCAATTTCTTCTACTACTTTCCACTCCCAATCAATCAAATCCAGCGTTCTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

783 bp · TkA01G129770|TK1151|CDS

ATGTTGCGATGTTATCCGATTTCGGGCATGTTCCACCAAAAATCTACAGCAAGATGGAGCAAGAGTTTGTCTGTTTCCCTTCTCTCCCCAATTTCTTCTACTACTTTCCACTCCCAATCAATCAAATCCAGCGTTCTTCCTACGAACCGGGACTCTCCTCTGACCGGTCTAGAGTCCGTTATGGTGGACTACATATTCGGGAAGAAGAAGGCCACAGAAGTTGCTCACTCTGTTTGGAAACACGTTATCCAAAAAGGGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

260 aa · TkA01G129770|TK1151|PROTEIN

MLRCYPISGMFHQKSTARWSKSLSVSLLSPISSTTFHSQSIKSSVLPTNRDSPLTGLESVMVDYIFGKKKATEVAHSVWKHVIQKGDTVVDATCGNGHDTLAMVNMVSETDKSHGGHVCAMDIQETALKNTMSLLDASLHPNQKEIVKLFATCHSEIEQVVPKGATVRVVAFNLGYLPGGDKTVITKPETTLLGMMAASRVVISGGVISMLVYVGHPGGMDEYEKVETFACGLAVDAWICCKLQMLNRPLAPVLFLLCKR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G129770`
TK1151 ID	TkA01G129770
OH-1004 ID	LXL04_004638
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 89.655 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G129770

位置 Chr01:32770849-32772422 (-)

描述 Similar to ytqB: Putative rRNA methylase YtqB (Bacillus subtilis (strain 168)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g16445`	参与在tRNA摇摆位点（U34）合成5-甲基氨基甲基-2-硫尿苷（mnm(5)s(2)U）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0511700`	参与在tRNA摇摆位点（U34）合成5-甲基氨基甲基-2-硫尿苷（mnm(5)s(2)U）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004638 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008033 tRNA processing 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0004808 tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)(34)-methyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16445

bsu:BSU30490

dosa:Os05g0511700

sao:SAOUHSC_01878

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.884

排名 1 · TkA01G129770 · TK1151

细胞质0.088

排名 2 · TkA01G129770 · TK1151

质体0.069

排名 3 · TkA01G129770 · TK1151

细胞核0.061

排名 4 · TkA01G129770 · TK1151

细胞膜0.021

排名 5 · TkA01G129770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10017Methyltransf_3371-172 aa

PF13679Methyltransf_3276-136 aa

PF01209Ubie_methyltran76-131 aa

PF13847Methyltransf_3184-130 aa

PF01739CheR87-133 aa

PF13649Methyltransf_2589-135 aa

PF06962rRNA_methylase118-258 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G129770	`PF10017`	Methyltransf_33	71	172	0.045	13.5
TkA01G129770	`PF13679`	Methyltransf_32	76	136	0.00045	20.9
TkA01G129770	`PF01209`	Ubie_methyltran	76	131	0.12	12.4
TkA01G129770	`PF13847`	Methyltransf_31	84	130	0.00062	20.3
TkA01G129770	`PF01739`	CheR	87	133	0.051	13.7
TkA01G129770	`PF13649`	Methyltransf_25	89	135	0.19	13.1
TkA01G129770	`PF06962`	rRNA_methylase	118	258	7.2e-38	130.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GUP2`	拟南芥	sp\|Q8GUP2\|MNMM_ARATH tRNA (mnm(5)s(2)U34)-methyltransferase, chloroplastic	59.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q0DGU2`	水稻	sp\|Q0DGU2\|MNMM_ORYSJ tRNA (mnm(5)s(2)U34)-methyltransferase, chloroplastic	57.000%	Swiss-Prot	高置信

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