TkA01G128550 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G128550

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 32455397-32467631 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6884 bp · TkA01G128550|TK1151|cDNA

GACCTAAGACATTTGGGGCTGGGCGATATCCTGGTCCATGACTTTCATATACACTTGATAAAGTGAATGTTATTTTATTAGTTCAAAAGATATTGTTTATATTATAATAATTTAATTACATAGTTCTAATTTTTTATTTCATGCATATTGTATGATTATATAAAATGACCGCCGTTGTCGATATCCATAATTTGTACAATTACAAGTAGTCATTTTTCAGAATATTATAATCGGGCTATCGGGACAAAAGAGTCATTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

6486 bp · TkA01G128550|TK1151|CDS

ATGAACGGCGACAATCGAAGAAGAGTAGACCGTAAAGACACAAGGATTTCCAAGAAGCAGAAGCTAATTCTCTCAGCCGAAGAAAAGCTCGAGACCAAGCTCGGCTTTGATCTATTTACCGAAGGGGAAAAACGCCTCGGCTGGCTACTCACATTTGCTACTTCGTCATGGGAGGACCAAGATACTCAGAAAGTGTATAGCTGTGTCGATCTTTTTTTTGTTTGCCAGGATGGCTCGAATTTTAAAGCCAAGTACAAGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2161 aa · TkA01G128550|TK1151|PROTEIN

MNGDNRRRVDRKDTRISKKQKLILSAEEKLETKLGFDLFTEGEKRLGWLLTFATSSWEDQDTQKVYSCVDLFFVCQDGSNFKAKYKFRPYFYAATKDKMEMDVDAYLRRRYEGQIADIQIVEKEDLDLKNHLSGLRKTYLKISFDTVQQLMQVKSDLMHVVERNQEKFNAAEAYESIVAGKSKERIQDFIDYISDLREYDVPYHVRFAIDNDIRSGLWYDVNVSSDGVTLERRHDLLQRAEVHVCAFDIETTKLPLKFPD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G128550`
TK1151 ID	TkA01G128550
OH-1004 ID	LXL04_004655
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G128550

位置 Chr01:32455397-32467631 (+)

描述 Similar to POL2A: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g08260`	DNA聚合酶II，参与染色体DNA复制。	Genetic analysis of two Arabidopsis DNA polymerase epsilon subunits during early embryogenesis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02521.x Epigenetic regulation, somatic homologous recombination, and abscisic acid signaling are influenced by DNA polymerase epsilon mutation in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.061549 EARLY IN SHORT DAYS 7 (ESD7) encodes the catalytic subunit of DNA polymerase epsilon and is required for flowering repression through a mechanism involving epigenetic gene silencing.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.04093.x
`At2g27120`	DNA聚合酶II，参与染色体DNA复制（通过相似性）。	Genetic analysis of two Arabidopsis DNA polymerase epsilon subunits during early embryogenesis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02521.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004655 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000082 G1/S transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0000731 DNA synthesis involved in DNA repair 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006272 leading strand elongation 生物过程

GO:0006287 base-excision repair, gap-filling 生物过程

GO:0006297 nucleotide-excision repair, DNA gap filling 生物过程

GO:0010086 embryonic root morphogenesis 生物过程

GO:0045004 DNA replication proofreading 生物过程

GO:0048579 negative regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0051302 regulation of cell division 生物过程

KEGG 基因交叉引用

afm:AFUA_3G09560

ath:AT1G08260

ath:AT2G27120

hsa:5426

mmu:18973

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.489

排名 1 · TkA01G128550 · TK1151

细胞质0.379

排名 2 · TkA01G128550 · TK1151

线粒体0.143

排名 3 · TkA01G128550 · TK1151

细胞膜0.062

排名 4 · TkA01G128550 · TK1151

内质网0.048

排名 5 · TkA01G128550 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11902DUF3422143-179 aa

PF03104DNA_pol_B_exo1195-401 aa

PF10108DNA_pol_B_exo2307-448 aa

PF13482RNase_H_2313-410 aa

PF00136DNA_pol_B465-527 aa

PF18941DUF5688556-618 aa

PF00136DNA_pol_B596-623 aa

PF23250zf_DPOE_2618-629 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G128550	`PF11902`	DUF3422	143	179	0.078	12.8
TkA01G128550	`PF03104`	DNA_pol_B_exo1	195	401	1.4e-55	189.0
TkA01G128550	`PF10108`	DNA_pol_B_exo2	307	448	1e-05	26.1
TkA01G128550	`PF13482`	RNase_H_2	313	410	0.00092	19.9
TkA01G128550	`PF00136`	DNA_pol_B	465	527	5.3e-18	65.8
TkA01G128550	`PF18941`	DUF5688	556	618	0.0084	16.4
TkA01G128550	`PF00136`	DNA_pol_B	596	623	5.3e-18	65.8
TkA01G128550	`PF23250`	zf_DPOE_2	618	629	8e-19	67.8
TkA01G128550	`PF00136`	DNA_pol_B	762	1066	5.3e-18	65.8
TkA01G128550	`PF18941`	DUF5688	938	982	0.0084	16.4
TkA01G128550	`PF22634`	POL2_thumb	946	1121	4.1e-76	255.6
TkA01G128550	`PF27999`	SMP1	992	1015	0.17	12.6
TkA01G128550	`PF10108`	DNA_pol_B_exo2	1495	1526	1e-05	26.1
TkA01G128550	`PF08490`	DUF1744	1502	1862	1.6e-117	393.3
TkA01G128550	`PF00136`	DNA_pol_B	1807	1869	5.3e-18	65.8
TkA01G128550	`PF23250`	zf_DPOE_2	2022	2088	8e-19	67.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HW04`	拟南芥	sp\|F4HW04\|DPOE1_ARATH DNA polymerase epsilon catalytic subunit A	68.500%	Swiss-Prot	高置信
`F4IFN6`	拟南芥	sp\|F4IFN6\|DPOE2_ARATH DNA polymerase epsilon catalytic subunit B	66.000%	Swiss-Prot	高置信

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