TkA01G121490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G121490

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 30751188-30752890 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1242 bp · TkA01G121490|TK1151|cDNA

GTCAAGTTGACCTTTGCAATTTTGAAGGTAAATATCGATTCTCCGATGATGCTCGAATTGTTCCAGGCCTGTAAATGGCAAGCGTTAAGCAAGGATGCGATATATCGCAGAAGGATCATTAGCGAGTGCAGTTACGCGTAACTTTTACCCACCTGTCCTCTCAATTTCTTCAAAACCGCCATTAATTTCCCCAATCGATCTTATATACAAACCCCAGAATACCCACAATCTGAATTCAGAAACATGTCGTACTCCCATTA...

CDS

下载 CDS FASTA

765 bp · TkA01G121490|TK1151|CDS

ATGTCGTACTCCCATTACACTTCAGGCTACAACACCTCCCCTTCTGCACCGCCCGTGCCGGAAAACCAATCACAATCCGGCGGTGGTTACCCCTACCAACGTCCTCCCTCATCTCAACAACCTAATTACAATTACAATTACGGGCAGCCTCAGAACCCGACTAGTGCTGGTGGTGGTGGGTATGGTTCGCCATATGGGTACGCACCGGCACCGGCACCGAACCCGCCGTCGTTTCCACCAGGTACTCACCCGGAAGTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

254 aa · TkA01G121490|TK1151|PROTEIN

MSYSHYTSGYNTSPSAPPVPENQSQSGGGYPYQRPPSSQQPNYNYNYGQPQNPTSAGGGGYGSPYGYAPAPAPNPPSFPPGTHPEVIRSFQMVDSDRSGFIDAKELQRALSSGYQQFSLRTIRLLMFLFGNSADPHRIGPKEFAELWSCLGQWRGIFERFDRDRSGKIDLAELRDALYSLGFAIPPTVLQLLISKYDDQSGRRADLSFDSFVECGMIVKGLTEKFKEKDTRYTGSATLSYETFMTMVIPFLAAE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G121490`
TK1151 ID	TkA01G121490
OH-1004 ID	LXL04_004696
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G121490

位置 Chr01:30751188-30752890 (+)

描述 Similar to CBP: Calcium-binding protein CBP

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g27480`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At3g10300`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At5g04170`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0137100`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004696 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程

GO:0048208 COPII vesicle coating 生物过程

GO:1902527 positive regulation of protein monoubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0030127 COPII vesicle coat 细胞组分

GO:0031463 Cul3-RING ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0048306 calcium-dependent protein binding 分子功能

GO:1990756 ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G27480

ath:AT3G10300

ath:AT5G04170

dosa:Os12g0137100

osa:4351450

xla:495978

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.730

排名 1 · TkA01G121490 · TK1151

细胞核0.365

排名 2 · TkA01G121490 · TK1151

细胞膜0.091

排名 3 · TkA01G121490 · TK1151

内质网0.055

排名 4 · TkA01G121490 · TK1151

溶酶体／液泡0.051

排名 5 · TkA01G121490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23564EF-hand_FSTL185-111 aa

PF00036EF-hand_186-112 aa

PF13405EF-hand_687-112 aa

PF13202EF-hand_587-108 aa

PF13499EF-hand_788-146 aa

PF14658EF-hand_989-110 aa

PF24548EF_EFCAB10_C90-111 aa

PF25578EF-hand_STIM191-107 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G121490	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	85	111	0.04	15.0
TkA01G121490	`PF00036`	EF-hand_1	86	112	5.1e-15	54.5
TkA01G121490	`PF13405`	EF-hand_6	87	112	2.6e-15	55.3
TkA01G121490	`PF13202`	EF-hand_5	87	108	6.9e-13	48.1
TkA01G121490	`PF13499`	EF-hand_7	88	146	3.5e-14	53.6
TkA01G121490	`PF14658`	EF-hand_9	89	110	0.0013	19.9
TkA01G121490	`PF24548`	EF_EFCAB10_C	90	111	0.066	13.6
TkA01G121490	`PF25578`	EF-hand_STIM1	91	107	0.16	12.8
TkA01G121490	`PF13833`	EF-hand_8	98	125	0.00069	20.0
TkA01G121490	`PF00036`	EF-hand_1	138	148	5.1e-15	54.5
TkA01G121490	`PF21008`	AIF-1	145	213	0.14	13.2
TkA01G121490	`PF13405`	EF-hand_6	153	181	2.6e-15	55.3
TkA01G121490	`PF00036`	EF-hand_1	153	179	5.1e-15	54.5
TkA01G121490	`PF13499`	EF-hand_7	153	199	3.5e-14	53.6
TkA01G121490	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	155	176	0.04	15.0
TkA01G121490	`PF13202`	EF-hand_5	156	175	6.9e-13	48.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZQH1`	拟南芥	sp\|Q9ZQH1\|CML48_ARATH Probable calcium-binding protein CML48	59.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8W4L0`	拟南芥	sp\|Q8W4L0\|CML49_ARATH Probable calcium-binding protein CML49	59.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FYE4`	拟南芥	sp\|Q9FYE4\|CML50_ARATH Probable calcium-binding protein CML50	59.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q2QY10`	水稻	sp\|Q2QY10\|CBP_ORYSJ Calcium-binding protein CBP	59.800%	Swiss-Prot	高置信

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