TkA01G076700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G076700

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 19595292-19595853 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

414 bp · TkA01G076700|TK1151|cDNA

ATGGACGGAAGGTCTGTTGATGGGCGAGTTGTAAAAGTAAATGAAGTCAAAAGCAGAGGTGCAAGGTCAAACATTGGACGTGACACTTTCAGAGACATGGAACCCAATAAGGTAAGAGATAGAGATAGAGATAGAGATAGAGATAGAGACTATGGTCGTGTTAGAGATAGATCCAGGGATCAAAATAGAGAATGGTCTAGAGACCGTGATCAAGAAAAAGAAAGAGGATATGACCGTTCACGTGAACGTTTCAATGATAG...

CDS

下载 CDS FASTA

414 bp · TkA01G076700|TK1151|CDS

ATGGACGGAAGGTCTGTTGATGGGCGAGTTGTAAAAGTAAATGAAGTCAAAAGCAGAGGTGCAAGGTCAAACATTGGACGTGACACTTTCAGAGACATGGAACCCAATAAGGTAAGAGATAGAGATAGAGATAGAGATAGAGATAGAGACTATGGTCGTGTTAGAGATAGATCCAGGGATCAAAATAGAGAATGGTCTAGAGACCGTGATCAAGAAAAAGAAAGAGGATATGACCGTTCACGTGAACGTTTCAATGATAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

137 aa · TkA01G076700|TK1151|PROTEIN

MDGRSVDGRVVKVNEVKSRGARSNIGRDTFRDMEPNKVRDRDRDRDRDRDYGRVRDRSRDQNREWSRDRDQEKERGYDRSRERFNDRPHDRDNDMDSIEHEREKTWENDRNKYKDQNTKLPSDYVYAVLIYSMIDIA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G076700`
TK1151 ID	TkA01G076700
OH-1004 ID	LXL04_028022
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	87.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.591 / OH-1004 37.879 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G076700`
位置	Chr01:19595292-19595853 (+)
描述	Similar to cirbp: Cold-inducible RNA-binding protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_028022` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0016477 cell migration 生物过程 GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程 GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程 GO:0060212 negative regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分 GO:0005686 U2 snRNP 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0016607 nuclear speck 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT3G47120 dosa:Os03g0826400 xla:379484 xtr:549982 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.959

排名 1 · TkA01G076700 · TK1151

细胞质0.141

排名 2 · TkA01G076700 · TK1151

细胞膜0.014

排名 3 · TkA01G076700 · TK1151

线粒体0.012

排名 4 · TkA01G076700 · TK1151

细胞外0.006

排名 5 · TkA01G076700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29423DUF854663-86 aa

PF29423DUF854689-123 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G076700	`PF29423`	DUF8546	63	86	6.1	8.1
TkA01G076700	`PF29423`	DUF8546	89	123	6.1	8.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情