TkA01G053400 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G053400

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 13815223-13816943 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

564 bp · TkA01G053400|TK1151|cDNA

ATGTATTGTCCTGGAGTTGGAGCATTTGCTGCAATGATGGACGTCTTAAACAATAACGGGATGGCTGAAGCACTTAGCACTTACATAGAGAATGATCGCCCATTTCTAGGCATTTGTCTTGGTCTTCAACTTCTCTTTGAGTCAAGTGAAGAAAACGTGCCAGTGAGAGGACTTGGCTTAATTCCTGGTGTGGTTGGGCGTTTTGATTCTTCTAATGGCTGTAGAGTGCCTCATATTGGCTGGATTGCTTTGGATATTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

564 bp · TkA01G053400|TK1151|CDS

ATGTATTGTCCTGGAGTTGGAGCATTTGCTGCAATGATGGACGTCTTAAACAATAACGGGATGGCTGAAGCACTTAGCACTTACATAGAGAATGATCGCCCATTTCTAGGCATTTGTCTTGGTCTTCAACTTCTCTTTGAGTCAAGTGAAGAAAACGTGCCAGTGAGAGGACTTGGCTTAATTCCTGGTGTGGTTGGGCGTTTTGATTCTTCTAATGGCTGTAGAGTGCCTCATATTGGCTGGATTGCTTTGGATATTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

187 aa · TkA01G053400|TK1151|PROTEIN

MYCPGVGAFAAMMDVLNNNGMAEALSTYIENDRPFLGICLGLQLLFESSEENVPVRGLGLIPGVVGRFDSSNGCRVPHIGWIALDITKDSVILDDIISTSALRDRVHDESNRKEGRVQFGVVMLEILTGKQPIDPTIEDGLQIVDWVRQKRGGPQVLDATLRARPDPELEEMMQTLGVALLKEIRQT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G053400`
TK1151 ID	TkA01G053400
OH-1004 ID	LXL04_005416
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	81.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.840 / OH-1004 23.372 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G053400

位置 Chr01:13815223-13816943 (-)

描述 Similar to RCH2: Receptor-like protein kinase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g26900`	IGPS 催化 PRFAR 和谷氨酰胺转化为 IGP、AICAR 和谷氨酸。	暂无已核实直接文献
`At3g24240`	与 RGI2、RGI3、RGI4 和 RGI5 一起，作为 RGF 肽（如 RGF1、GLV5/CLEL1/RGF2、GLV7/CLEL3/RGF3、GLV3/RGF4、GLV10/CLEL7/RGF5 和 RGF10/CLELN）的受体，这些肽激素通过调控转录因子 PLETHORA（PLT，例如 PLT1 和 PLT2）的表达水平和模式来维持胚后根干细胞的生态位。	RGF1 INSENSITIVE 1 to 5, a group of LRR receptor-like kinases, are essential for the perception of root meristem growth factor 1 in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1038/cr.2016.63

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005416 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000105 L-histidine biosynthetic process 生物过程

GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010074 maintenance of meristem identity 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0010082 regulation of root meristem growth 生物过程

GO:0010449 root meristem growth 生物过程

GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程

GO:2000280 regulation of root development 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G34110

ath:AT3G24240

ath:AT4G26900

ath:AT5G48940

ath:AT5G56040

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.432

排名 1 · TkA01G053400 · TK1151

细胞核0.273

排名 2 · TkA01G053400 · TK1151

质体0.104

排名 3 · TkA01G053400 · TK1151

细胞外0.104

排名 4 · TkA01G053400 · TK1151

内质网0.092

排名 5 · TkA01G053400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07685GATase_32-63 aa

PF00117GATase4-53 aa

PF13507GATase_513-48 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G053400	`PF07685`	GATase_3	2	63	1.1e-06	29.2
TkA01G053400	`PF00117`	GATase	4	53	3e-07	31.0
TkA01G053400	`PF13507`	GATase_5	13	48	0.039	13.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZ30`	拟南芥	sp\|Q9SZ30\|HIS4_ARATH Imidazole glycerol phosphate synthase hisHF, chloroplastic	78.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LHP4`	拟南芥	sp\|Q9LHP4\|RGI1_ARATH LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI1	65.100%	Swiss-Prot	低置信

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