TkA01G028950 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G028950

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 7428116-7430773 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1213 bp · TkA01G028950|TK1151|cDNA

CCTTGAATAATTTGACCGTTGCCAAAACAGCTCTTTCTCTCTCCCTCTTTCTTTATTCAAACACCATCATCATCTTCCTGTTGCTGTTGTCCGCCTCTCTCCCTCTCTCATTCTCTCTAAAGAATTTCTCTCATGGCAACAGTGATGGAGACGCATTCTCAGCAAAAGGCATCTACAGAGAAAAAGAGGTGGACACTCAGTGACTTCGACATTGGCAAACCACTAGGAAGGGGAAAATTCGGTCATGTCTATGTAGCAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

870 bp · TkA01G028950|TK1151|CDS

ATGGCAACAGTGATGGAGACGCATTCTCAGCAAAAGGCATCTACAGAGAAAAAGAGGTGGACACTCAGTGACTTCGACATTGGCAAACCACTAGGAAGGGGAAAATTCGGTCATGTCTATGTAGCAAGAGAAAAAAGGAGCAATCATGTTGTGGCATTGAAAGTTCTTTTCAAAAGCCAACTTAAACAGTCTCAAGTGGAACACCAACTTCGCCGTGAAGTTGAAATTCAAAGCCATCTTAGACACCCTAATATTCTAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

289 aa · TkA01G028950|TK1151|PROTEIN

MATVMETHSQQKASTEKKRWTLSDFDIGKPLGRGKFGHVYVAREKRSNHVVALKVLFKSQLKQSQVEHQLRREVEIQSHLRHPNILRLYGYFYDQQRVYLILEYAAKGELYKELQKCKCFTERRSATYVASLARALIYCHGKHVIHRDIKPENLLIGSQGELKIADFGWSVHTFNRRRTMCGTLDYLPPEMVESVEHDASVDIWSLGILCYEFLYGAPPFEAEEHSDTYRRIRQVDLKFPAKPVVSAAAKDLISQMLVKD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G028950`
TK1151 ID	TkA01G028950
OH-1004 ID	LXL04_025901
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	86.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.308 / OH-1004 99.658 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G028950

位置 Chr01:7428116-7430773 (-)

描述 Similar to AUR1: Serine/threonine-protein kinase Aurora-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32830`	在体外特异性磷酸化组蛋白 H3 的“Ser-10”，并在有丝分裂过程中与磷酸化组蛋白 H3 共定位。	Characterization of plant Aurora kinases during mitosis.2005 · DOI: 10.1007/s11103-005-3454-x
`At2g25880`	在体外特异性磷酸化组蛋白H3的'Ser-10'位点。	Characterization of plant Aurora kinases during mitosis.2005 · DOI: 10.1007/s11103-005-3454-x
`At2g45490`	在体外磷酸化组蛋白 H3 的“Ser-10” 和“Ser-28”，但不在“Thr-3” 或“Thr-11” 处磷酸化。	Characterization of plant Aurora kinases during mitosis.2005 · DOI: 10.1007/s11103-005-3454-x Aurora kinase is required for chromosome segregation in tobacco BY-2 cells.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02893.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025901 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000212 meiotic spindle organization 生物过程

GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0007051 spindle organization 生物过程

GO:0007052 mitotic spindle organization 生物过程

GO:0007057 spindle assembly involved in female meiosis I 生物过程

GO:0007098 centrosome cycle 生物过程

GO:0007100 mitotic centrosome separation 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009948 anterior/posterior axis specification 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G25880

ath:AT2G45490

ath:AT4G32830

bta:504437

mmu:20878

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.587

排名 1 · TkA01G028950 · TK1151

细胞核0.551

排名 2 · TkA01G028950 · TK1151

细胞膜0.082

排名 3 · TkA01G028950 · TK1151

线粒体0.058

排名 4 · TkA01G028950 · TK1151

内质网0.040

排名 5 · TkA01G028950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03109ABC123-59 aa

PF00069Pkinase26-276 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr27-272 aa

PF14531Kinase-like29-72 aa

PF03109ABC197-179 aa

PF07387Seadorna_VP7117-167 aa

PF14531Kinase-like134-219 aa

PF17667Pkinase_fungal142-205 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G028950	`PF03109`	ABC1	23	59	1.3e-05	25.2
TkA01G028950	`PF00069`	Pkinase	26	276	1.4e-74	251.5
TkA01G028950	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	27	272	2.3e-42	145.8
TkA01G028950	`PF14531`	Kinase-like	29	72	0.003	17.6
TkA01G028950	`PF03109`	ABC1	97	179	1.3e-05	25.2
TkA01G028950	`PF07387`	Seadorna_VP7	117	167	0.3	10.8
TkA01G028950	`PF14531`	Kinase-like	134	219	0.003	17.6
TkA01G028950	`PF17667`	Pkinase_fungal	142	205	0.13	11.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M077`	拟南芥	sp\|Q9M077\|AUR1_ARATH Serine/threonine-protein kinase Aurora-1	87.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q683C9`	拟南芥	sp\|Q683C9\|AUR2_ARATH Serine/threonine-protein kinase Aurora-2	87.800%	Swiss-Prot	高置信
`O64629`	拟南芥	sp\|O64629\|AUR3_ARATH Serine/threonine-protein kinase Aurora-3	62.500%	Swiss-Prot	高置信

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